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QntMapの使い方、 FAQ を貯めていきます(主に日本語)。

注意 QntMapはまだバージョン1.0.0未満の開発中です。 予期せぬバグや突然の仕様変更があり得ます。

意見・質問などは Issues にお願いします。

QntMapのインストール・読み込み

QntMapのインストール・読み込みには pacman パッケージが便利です。

pacman パッケージをインストールするには下記のコマンドを実行します。

install.packages("pacman")

以下のコマンドにより、QntMap ( qntmap パッケージ) のインストールと読み込みが完了します ¹ 。

pacman::p_load("atusy/qntmap")

常に最新版を使いたい

p_load_current_gh("atusy/qntmap")

とりあえず結果の欲しい方へ

以下は、X線マップの定量にRとQntMapを使うが、分析結果さえ保存されていれば、後は慣れた環境 (EXCEL、MATLAB、Pythonなど) を使うという方を想定しています。

以下のコマンドにより必要なファイルや設定を選択しながらX線マップを定量できます。

library(qntmap)
qntmap()

解析結果の保存先は、マッピングデータの入ったディレクトリ中に生成された、以下のディレクトリです。

qntmap ディレクトリ

定量マップをcsv形式とRDS形式にて保存しています。

csv形式は汎用なテキストファイルですので、EXCELやMATLAB、Pythonなどによる集計、ImageJなどによる疑似カラーマップの作成が可能になります。

RDS形式はR言語専用のバイナリ形式で、 readRDS() 関数によって読み込めます。

clustering ディレクトリ

クラスター分析結果をpng形式とRDS形式にて保存しています。

png画像を見ることで、どこにどの鉱物が分布しているのか確認できます。

ソフトクラスタリングによるメンバーシップなどを確認したい場合は、 readRDS() 関数を用いてRにRDS形式のファイルを読み込みます。

注釈

1 pacman::p_load_gh() は指定したパッケージがインストールされていれば単に読み込み、されていなければインストールした上で読み込みます。↩