既存の定量マップの実行結果を利用して点分析していないマップを定量する

はじめに

既存の定量マップの実行結果を利用して点分析していないマップを定量する方法を紹介する．

要件

• qntmap 0.3.2 以降
• 定量済みのマップ
  • 定量は qntmap 0.3.2 以降で行っていること．
  • 定量時には quantify() 関数の saving 引数を TRUE にしておくこと (既定値)．
• 定量したいマップ
  • 定量済みのマップと同等の分析条件であること．
  • 分析領域の鉱物組み合わせが，定量済みのマップの鉱物組み合わせの部分集合であること．

手順

qntmap パッケージの読み込み

library(qntmap)

定量したいマップの読み込み

xmap <- read_xmap("例えば.map/2")

クラスター分析

初期重心の決定

定量済みのマップを作成した際，"Basic usage" に従っていれば，find_centers() 関数を利用した時に. centers_inital0.csv というファイルが生成されている． このファイルを以下のように読み込む．

centers <- read.csv("example/centers_initial0.csv")

centers_inital0.csv を編集し初期重心を調整してもよい． 不要な相があれば，事前に除去しておく．

クラスター分析の実行

cluster <- cluster_xmap(xmap, centers)

結果を plot(cluster) により確認すること．

定量

定量済みのマップを作成した時に作成された qntmap ディレクトリ中には， parameters.csv というファイルが保存されている． このファイルへのパスを quantify() 関数の fix 引数に指定することで定量に必要なパラメータ (α，β，γ) を流用できる．

なお，通常は quantify() 関数の第二引数には read_qnt() 関数で読み込んだ点定量分析結果を指定するが，今回は指定すべきデータがないため NULL を指定しておく．

quantify(xmap = xmap, qnt = NULL, cluster = cluster, fix = "example/qntmap/parameters.csv")