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QntMapの使い方、FAQを貯めていきます(主に日本語)。

インストール

devtoolsパッケージをインストールしていない方はまず、

install.packages("devtools")

を実行して下さい。

その後、以下のコマンドにてQntMapをインストールできます。

devtools::install_github("atusy/qntmap")

以下は、X線マップの定量にRとQntMapを使うが、分析結果さえ保存されていれば、後は慣れた環境 (EXCEL、MATLAB、Pythonなど) を使うという方を想定しています。

以下のコマンドにより必要なファイルや設定を選択しながらX線マップを定量できます。

library(qntmap)
qntmap()

解析結果の保存先は、マッピングデータの入ったディレクトリ中に生成された、以下のディレクトリです。

定量マップをcsv形式とRDS形式にて保存しています。

csv形式は汎用なテキストファイルですので、EXCELやMATLAB、Pythonなどによる集計、ImageJなどによる疑似カラーマップの作成が可能になります。

RDS形式はR言語専用のバイナリ形式で、 readRDS() 関数によって読み込めます。

クラスター分析結果をpng形式とRDS形式にて保存しています。

png画像を見ることで、どこにどの鉱物が分布しているのか確認できます。

ソフトクラスタリングによるメンバーシップなどを確認したい場合は、 readRDS() 関数を用いてRにRDS形式のファイルを読み込みます。