2.1.0

a. Configureerbare job tijden en memory. Zonder direct de code aan te passen de mogelijkheid bieden om de slurmjob tijd en slurmjob memory aan te passen. Bijvoorbeeld in tijden dat het HPC erg vol zit, om time-out errors te voorkomen of als de ruwe date veel groter is en er meer processing kracht nodig is.
b. Checkt of de sample name aan de voorwaarden voldoet, zoals omschreven in de SOP (aMEZ0220) als de Z-score aanstaat
c. Bugfix van een filtered error probleem die ervoor zorgde dat het script niet helemaal afrondde als alle technical replicates van een sample uitgefilterd worden gedurende de pipeline door slechte/te weinig data. Bovendien gebeurt dit ook nog verderop in het script als dit plaatsvindt bij de positieve controles ('P1002.1', 'P1003.1', 'P1005.1').
d. Vermeld in de completion e-mail welke samples en/of positieve controles uitgevallen zijn doordat alle technical replicates uitgefilterd zijn (update c).
e. Bij het creëren van de bestanden “Pos_Contr.Rdata” en “IS_results.RData” de projectnaam in naam verwerken (unieke naamgeving). Vergelijkbaar als nu al met de Excel file gedaan wordt. Veranderd naar “[Run_name]Pos_Contr.RData” en “[Run_name] IS_results.RData”.
f. De Leucine plots “Leucine_sum.png”, “Leucine_pos.png” en “Leucine_neg.png” zijn komen te vervallen.
g. Er zijn extra plots die de meest belangrijke (selectie) Interne standaarden (IS-plots) laat zien per modus. (“IS_bar_select_sum.png“, “IS_bar_select_pos.png“, “IS_bar_select_neg.png“) en de bestaande plots waar alle IS getoond worden zijn hernoemd naar “IS_bar_all_sum.png“, “IS_bar_all_pos.png“, “IS_bar_all_neg.png“.
h. Punt g kan precies hetzelfde toegepast worden voor de line plots. Er zijn extra plots die de meest belangrijke (selectie) Interne standaarden (IS-plots) laat zien per modus. (“IS_line_select_sum.png“, “IS_line_select_pos.png“, “IS_line_select_neg.png“) en de bestaande plots waar alle IS getoond worden zijn hernoemd naar “IS_line_all_sum.png“, “IS_line_all_pos.png“, “IS_line_all_neg.png“.
i. Een nieuwe excelfile “[Run_name]_Pos_Contr.xlsx”, waarin de Z-scores staan van de positieve controles, Run name, gebruikte matrix en run date.