Aperçu

ProtView est une « Single Page Application » qui permet de créer une représentation vectorielle (SVG) d‘une protéine transmembranaire en fonction de paramètres définis par l’utilisateur. Le premier jet est calculé selon un algorithme défini. Le résultat peut être modifié en interagissant avec la souris directement sur le graphique généré. L’architecture applicative s’appuie sur :

• xfm (PHP 5 / MySQL)
• jQuery / jQuery SVG / jQWidgets
• HTML 5 / SVG / Bootstrap CSS
• Backbone.js / Underscore.js
• REST
• MVC / PubSub / Façade / Médiateur / Décorateur

Installation

Prérequis

• Apache, PHP 5.3, MySQL (p.ex: WAMP, LAMP, MAMP)
• [git] (http://git-scm.com/downloads)

Mac OSX

Installation de ProtView

• Ouvrir /Applications/Utilities/Terminal.app et exécuter les commandes suivantes:

# Aller dans le dossier d'installation
cd {DOSSIER_INSTALLATION}
# Télécharger l'application ProtView avec les dépendances
git clone --recursive https://github.com/unil/protview
# Aller sur la branche heigvd
git checkout heigvd

Configuration MySQL

• Ouvrir /Applications/Utilities/Terminal.app et exécuter les commandes suivantes:

# Se connecter à MySQL en root
mysql -uroot -p
# Créer une base des données pour protview
CREATE DATABASE protview DEFAULT CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_unicode_ci;
# Créer un utilisateur 'protview' avec les droits pour la base des données protview
GRANT ALL PRIVILEGES ON protview.* TO 'protview'@'localhost' IDENTIFIED BY 'protview';
exit

Configuration Apache

• Création d'un hôte virtuel selon la configuration suivante:

Alias /protview "{DOSSIER_INSTALLATION}/app/public"

<Directory "{DOSSIER_INSTALLATION}">
    Options Indexes MultiViews
    Options FollowSymLinks
    AllowOverride All
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

• Ajouter la ligne suivante au fichier `app/public/.htaccess

RewriteBase /protview

Configuration ProtView

• Ouvrir /Applications/Utilities/Terminal.app et exécuter les commandes suivantes:

# Création de la base de données
php app/lib/xfm/scripts/deploy/database.php


# Aller dans le dossier public de l'application
cd {DOSSIER_INSTALLATION}/app/public
# Création d'un dossier tmp pour l'export
mkdir tmp
# Donner tous les droits sur ce dossier
chmod -R 777 tmp

Utilisation

• http://localhost/protview
  Aller à la page d'accueil de l'application