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docker/index.qmd

@@ -259,8 +259,9 @@ docker [action] [docker options] [docker container image] [command to run inside
 
 ## 実際の Docker の例を見て見ましょう
 
-- https://github.com/joelnitta/pleurosoriopsis
+- <https://github.com/joelnitta/pleurosoriopsis>
   - 一つのイメージで解析を再現する方法
 
-- https://github.com/joelnitta/targets_bioinfo_example
-  - 複数のイメージを組み込んだ解析
+- <https://github.com/joelnitta/targets_vcf_example>
+  - 複数のイメージを組み込んだパイプライン
+  - docker に加えて、conda が必要

git/index.qmd

@@ -273,7 +273,7 @@ git pull origin main
 
 ## １日目のおさらい
 
-- シェルは理系研究に必須なスキル
+- シェルは研究に必須なスキル
   - オープンソースソフトウエア
   - サーバー
   - git, Docker
@@ -282,14 +282,42 @@ git pull origin main
 
 ## よくできたこと
 
+- 「スタッフの方々の手いフォローでてんとかついていけた」
 
+- 「コードの意味や一連の流れが分かりやすく言されていた」
 
 ## 改善できること
 
-- 
+- 最後に何が出来るのか、目的設定があると分かりやすくなる
+
+- チャレンジをやる時、隣の方と相談できたらいい
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+- 図があるのに、あまり活用できていない
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+- 声が小さい
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+## 今日の目的
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+- gitでコードの衝突が起きた時の**解決策**を身につける
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+- dockerの**基本的な操作**が出来るようになる
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+- dockerをどのように自分の研究に使えるのか、**具体的にイメージ**ができるようになる
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+# 共同作業（続き）
+
+## 共同作業（続き）
+
+- 昨日の役割を交代して、もう一度やってみましょう
 
 # 衝突の管理
 
+## 衝突とは
+
+- 共同作業をしていると、いつか、それぞれで同じ箇所に**異なった変更**を加えることがあるでしょう。これは git でいう「衝突」（conflict）
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+- git にはどちらが正しいのか、分からないので、**手で直さないといけない**
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 ![](https://swcarpentry-ja.github.io/git-novice/fig/conflict.svg)