forked from ontoportal/ontoportal_web_ui
-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 6
Commit
This commit does not belong to any branch on this repository, and may belong to a fork outside of the repository.
add bash script to run ontoportal web ui in dev mode or run tests
- Loading branch information
1 parent
8bc339b
commit 2b7d34a
Showing
6 changed files
with
168 additions
and
274 deletions.
There are no files selected for viewing
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -1,130 +1,15 @@ | ||
| bioportal_web_ui | ||
| ================ | ||
|
|
||
| A rails application for biological ontologies, see http://bioportal.bioontology.org/ | ||
|
|
||
| ## Todo | ||
|
|
||
| ### Finir les metadata (grosse prio) | ||
|
|
||
| #### Grosses tâches | ||
|
|
||
| * Faire en sorte de bien récupèrer quand on a des array de metadata (en ajoutant les champs) | ||
| * Faire une method générique (genre une class) qui permet de facilement distinguer les types de metadata (pas besoin d'ajouter les champs en dur dans le code) | ||
|
|
||
| * Passer à bootstrap pour faire le joli layout? | ||
| * Dans un premier temps import bootstrap seulement dans le form? | ||
| * On pourrait faire des col pour ranger les metadata par "dates", "description", "links" dans des panels bootstrap | ||
|
|
||
| * Meilleur affichage des metadata : | ||
| * Bouton pour les valeurs qui reviennent tout le temps | ||
|
|
||
| #### Plein de petits todo | ||
|
|
||
| * Permettre de filtrer les ontos en fct des metadata | ||
| Voir col P : https://docs.google.com/spreadsheets/d/1r1twxJvXdQXrkX0Ocis6YY08nlO5cGneCAQ5F7U_CoA/edit#gid=0 | ||
| Surtout dans les pages browse et welcome (voir les trucs en orange). Page Landscape plus tard | ||
|
|
||
| Le but c'est d'avoir des résultats visibles | ||
|
|
||
| * 3 blocks dans edit submission metadata | ||
| * Origin | ||
| * Toutes les prop qui ont la valeur S (colonne Q de docs.google Review of metadata prop) pour Simple | ||
| * Toutes les prop qui ont la valeur C (colonne Q de docs.google Review of metadata prop) pour Complete | ||
|
|
||
|
|
||
| **SEPARER License, onto hasSyntax, etc. Des meatdata de base de NCBO** | ||
|
|
||
| **Change tout** | ||
| * Premier bloc avec les metadata pas du tout extraites (formats, contact, file upload...) | ||
| * 2eme bloc avec les metadata que le portal utilise: description, documentation... | ||
| * Expliquer que quand on ajoute un fichier les metadata sont updatés avec les metadata contenues dans le fichier (après le bloc des metadata non extraites)a | ||
|
|
||
| X Add contact > même type de bouton que Add new Language | ||
|
|
||
| Petit ? quand tu le survoles on dit qu'on extrait normalement cette metadata de l'onto à partir de: list des metadata mappings | ||
| Et on note "omv:description + rdfs:comment" quand on prend les valeurs de chaque propriété | ||
| Trouver comment montrer qu'on prend omv:naturalLanguage plusieurs fois si remplis plusieurs fois | ||
|
|
||
| Rassembler toutes les dates ensembles (au lieu de simple et complete) dans un même table | ||
|
|
||
| X Attention date picker par défaut marche pas sur firefox (utiliser date picker de jQuery, celui used par NCBO) | ||
|
|
||
| Mettre des espaces : HASCONTRIBUTOR & cie | ||
|
|
||
| Afficher dans l'interface graphique quelle metadata on remplis par défaut (on les met toutes au même endroit ?) | ||
|
|
||
| TODO list : mettre un champ text plus gros ? (comme description) | ||
|
|
||
| Le but est d'éviter d'avoir un gros listing indigeste de metadata | ||
|
|
||
| Exemple : | ||
| Sous description ajouter bouton "voulez-vous ajouter un abstract?" | ||
| Sous release date "voulez-vous ajouter d'autre dates" | ||
| Sous contact "voulez-vous ajouter d'autres peoples" ? | ||
| Sous publisher "voulez-vous ajouter d'autre rôle d'institut etc" | ||
|
|
||
| Depiction et logo à côté l'un de l'autre | ||
|
|
||
| Generalizes, HASDISJUNCTIONSWITH, et toutes les metadata de relations entre onto: faire en sorte de pouvoir choisir des ontos dans BioPortal (pitit popip) | ||
|
|
||
| Dans Default Properties sur le spreadsheet des metadata elles sont groupées | ||
|
|
||
|
|
||
| * Dans browse: permettre de trier dans l'ordre alphabétique | ||
| * Ajouter des petits drapeaux à côté des naturalLang (dans browse et dans la page de présentation des submissions) | ||
|
|
||
| * IncludedInDataCatalog: faudrait avoir des boutons plutôt (voir avec logo, pour les catalogs connus comme ontobee) | ||
|
|
||
| * Handling des metadata plus propre et | ||
|
|
||
|
|
||
| ### Fermer les issues | ||
|
|
||
|
|
||
|
|
||
| ### Page Welcome | ||
|
|
||
| https://github.com/sifrproject/bioportal_web_ui/issues/12 | ||
| https://github.com/agroportal/agroportal_web_ui/issues/59 | ||
|
|
||
|
|
||
| Dans links par exemple on peut mettre "need an ontology mapper: yamplusplus.lirmm.fr" | ||
|
|
||
| Feed twitter: https://support.twitter.com/articles/20170071 | ||
| https://twitter.com/agrohackathon | ||
|
|
||
|
|
||
| ## Resolve problems | ||
|
|
||
| * Ca lag beaucoup sur des ontos avec beaucoup de submissions (comme TRANSMAT sur AgroPortal) | ||
|
|
||
| * En particulier quand on ajoute une nouvelle submission | ||
|
|
||
| * Add New submission bug parfois (avec uploadFile) : faire des tests, s'il faut ça fait un moment que ça plante sans qu'on s'en rende compte (on utilise beaucoup l'URL en ce moment) | ||
| ```ruby | ||
| TypeError (no implicit conversion of Symbol into Integer): | ||
| app/controllers/submissions_controller.rb:28:in `[]' | ||
| app/controllers/submissions_controller.rb:28:in `create' | ||
| # Following line bugs | ||
| if @errors[:error][:uploadFilePath] && @errors[:error][:uploadFilePath].first[:options] | ||
| end | ||
| ### Configuration | ||
| ``` | ||
| cp .env.sample .env | ||
| ``` | ||
|
|
||
| ## How to | ||
| ### Add a facet filter for a metadata in browse | ||
| In 3 files : | ||
| * app/views/ontologies/browse.html.erb | ||
| * public/browse/app.js | ||
| * app/controllers/ontologies_controller.rb | ||
| ## Log to production.log | ||
| ### Run dev | ||
| ```bash | ||
| bin/ontoportal dev | ||
| ``` | ||
|
|
||
| ```ruby | ||
| Rails.logger.warn "Submission params: #{params[:submission]}" | ||
| ### Run test with a local OntoPortal API | ||
| ```bash | ||
| bin/ontoportal test | ||
| ``` | ||
|
|
This file contains bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
| Original file line number | Diff line number | Diff line change |
|---|---|---|
| @@ -0,0 +1,45 @@ | ||
| #!/usr/bin/env bash | ||
| docker compose run --rm rails bash -c "bundle check || bundle install" > /dev/null 2>&1 | ||
|
|
||
| case "$1" in | ||
| "bundle") | ||
| echo "Run: $*" | ||
| docker compose run --rm -it rails bash -c "$*" | ||
| ;; | ||
| "dev") | ||
| echo "Starting development server..." | ||
| if [ ! -f ".env" ]; then | ||
| echo "the file .env was not found" | ||
| exit 0 | ||
| fi | ||
|
|
||
| if [ ! -f "config/bioportal_config_development.rb" ]; then | ||
| echo "Creating config/bioportal_config_development.rb file from config/bioportal_config_env.rb.sample" | ||
| cp config/bioportal_config_env.rb.sample config/bioportal_config_development.rb | ||
| fi | ||
|
|
||
| if [ ! -f "config/database.yml" ]; then | ||
| echo "Creating config/database.yml file from config/database.yml.sample" | ||
| cp config/database.yml.sample config/database.yml | ||
| fi | ||
|
|
||
| echo "Run: bundle exec rails s -b 0.0.0.0" | ||
| docker compose run --rm -it --service-ports rails bash -c "bin/rails db:prepare && bundle exec rails s -b 0.0.0.0" | ||
| ;; | ||
| "test") | ||
| echo "Running API..." | ||
| bin/run_api | ||
|
|
||
| echo "Running tests..." | ||
| echo "Run: API_URL=http://localhost:9393 bundle exec rails test -v $*" | ||
| docker compose run --rm -it test bash -c "RAILS_ENV=test bin/rails db:prepare && API_URL=http://localhost:9393 bundle exec rails test -v $*" | ||
|
|
||
| echo "Stopping API..." | ||
| bin/stop_api | ||
|
|
||
| ;; | ||
| *) | ||
| echo "Usage: $0 {dev|test|bundle}" | ||
| exit 1 | ||
| ;; | ||
| esac |
Oops, something went wrong.