Init

.gitignore

@@ -0,0 +1,4 @@
+.Rproj.user
+.Rhistory
+.RData
+.Ruserdata

01_nedelja/.gitignore

@@ -0,0 +1 @@
+/.quarto/

01_nedelja/uvod.ipynb

@@ -0,0 +1,234 @@
+{
+  "cells": [
+    {
+      "cell_type": "raw",
+      "metadata": {},
+      "source": [
+        "---\n",
+        "title: \"Uvod u medicinsku statistiku\"\n",
+        "author: \"Dr Nikola N. Grubor\"\n",
+        "date: last-modified\n",
+        "date-format: \"DD.MM.YYYY.\"\n",
+        "lang: sr\n",
+        "format: \n",
+        "  revealjs:\n",
+        "    logo: \"logo_stat.png\"\n",
+        "    footer: \"Medicinski fakultet, Univerzitet u Beogradu\"\n",
+        "editor: visual\n",
+        "---"
+      ],
+      "id": "643b86e9"
+    },
+    {
+      "cell_type": "markdown",
+      "metadata": {},
+      "source": [
+        "## Plan {.smaller .scrollable}\n",
+        "\n",
+        "\n",
+        "\n",
+        "```{css}\n",
+        "#| echo: false\n",
+        "\n",
+        ".reveal table {\n",
+        "  font-size: smaller;\n",
+        "}\n",
+        "\n",
+        "```\n",
+        "\n",
+        "\n",
+        "|            |      |         |\n",
+        "|------------|------|---------|\n",
+        "| Nedelja 1  | Tema | Lekcija |\n",
+        "| Nedelja 2  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 3  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 4  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 5  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 6  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 7  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 8  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 9  |      |         |\n",
+        "| Nedelja 10 |      |         |\n",
+        "| Nedelja 11 |      |         |\n",
+        "| Nedelja 12 |      |         |\n",
+        "| Nedelja 13 |      |         |\n",
+        "| Nedelja 14 |      |         |\n",
+        "| Nedelja 15 |      |         |\n",
+        "\n",
+        ": Raspored\n",
+        "\n",
+        "# Osnovni statistički pojmovi\n",
+        "\n",
+        "Statistika je nauka o generisanju informacija i znanja kroz prikupljanje, analizu i interpretaciju podataka koji su podložni slučajnom variranju. Predstavlja opšti intelektualni metod koji se primenjuje kad god postoje podaci sa osobinama variranja i slučajnošću pojavljivanja. Ukratko, moglo bi se reći da je statistika nauka o odlučivanju u uslovima nesigurnosti.\n",
+        "\n",
+        "Medicinska statistika je statistika primenjena u oblastima povezanim sa zdravljem i bolešću (biomedicinske i javnozdravstvene nauke), kao i nauka koja razvija nove alate i metode za istraživanje ovih oblasti. Kraće, medicinska statistika je nauka o odlučivanju u uslovima nesigurnosti u oblastima povezanim sa zdravljem i bolešću.\n",
+        "\n",
+        "## Osnovni skup...\n",
+        "\n",
+        "Osnovni skup je skup svih istovrsnih elemenata sa zajedničkom promenljivom karakteristikom. Elementi osnovnog skupa, odnosno njegovi sastavni delovi, nazivaju se jedinice posmatranja. U kliničkim istraživanjima, jedinica posmatranja je najčešće pojedinačna obolela osoba (ispitanik, pacijent), u eksperimentalnim istraživanjima može biti laboratorijska životinja ili bakterijska kolonija, kao i bolnica u javnozdravstvenim istraživanjima. Osnovni skup (populacija) je dakle, kompletan skup jedinica posmatranja od interesa u istraživanju, npr. svi oboleli od osteoporoze, svi učenici osnovnih škola itd. To je stvaran i konačan skup. Isti naziv se takođe odnosi i na beskonačan skup svih mogućih rezultata posmatrane karakteristike, npr. u teorijskom smislu beskonačan broj merenja koncentracije hemoglobina u krvi.\n",
+        "\n",
+        "Jedinice posmatranja su nosioci brojnih obeležja (karakteristika, osobina). Obeležje posmatranja je bilo koja kvantitativna ili kvalitativna karakteristika (osobina) jedinica posmatranja. Obeležje može imati konstantne vrednosti (konstanta) ili promenljive vrednosti (varijabla). Varijable su obeležja koja su podložna variranju. Pod variranjem (varijabilitetom, varijacijom) podrazumeva se promenljivost obeležja posmatranja od jedinice do jedinice posmatranja.\n",
+        "\n",
+        "## Uzorak\n",
+        "\n",
+        "![Shema](shema.png)\n",
+        "\n",
+        "## Primer\n",
+        "\n",
+        "U istraživanju uvek treba definisati osnovni skup, jer se na osnovu njega određuju (1) kriterijumi za biranje jedinica posmatranja u uzorak i (2) na koji osnovni skup se mogu generalizovati zaključci. Na primer, cilj istraživanja bio je ocena efektivnosti leka za hipertenziju u populaciji hipertoničara starijih od 55 godina. Istraživanje je sprovedeno na uzorku od 7000 ispitanika, a dobijeni zaključak, da lek značajno smanjuje krvni pritisak, može se generalizovati na osnovni skup - populaciju hipertoničara starijih od 55 godina.\n",
+        "\n",
+        "## Varijable\n",
+        "\n",
+        "U cilju ispitivanja povezanosti konzumiranja alkohola i patoloških promena na jetri, iz opšte populacije izabran je reprezentativan uzorak od 500 ispitanika. Prikupljeni su podaci o konzumiranju alkohola, kao i postojanju patoloških promena na jetri. Nađena je veća učestalost patoloških promena na jetri kod ispitanika koji konzumiraju u odnosu na grupu ispitanika koji ne konzumiraju alkohol (31% prema 5%). Zaključeno je da postoji povezanost konzumiranja alkohola i prisustva patoloških promena na jetri.\n",
+        "\n",
+        "## Podaci\n",
+        "\n",
+        "Predmet statistike je podatak, pojedinačna činjenica ili zapažanje (opservacija) koji se dobija merenjem. Merenje predstavlja proces dodeljivanja brojeva ili drugih simbola specifičnim karakteristikama jedinica posmatranja (osoba, objekata...).\n",
+        "\n",
+        "Podaci se mogu generisati u mernom procesu na različite načine:\n",
+        "\n",
+        "• Direktnim merenjem primenom instrumenta, npr. merenje telesne mase ili koncentracije holesterola u plazmi\n",
+        "\n",
+        "• Opservacijom, npr. zapažanja o patološkim promenama na koži\n",
+        "\n",
+        "• Intervjuom u kojem ispitanik odgovarajući na pitanja ispitivača daje tražene podatke, npr. da li je ispitanik pušač\n",
+        "\n",
+        "• Upitnikom, na kojem ispitanik sam daje odgovore na postavljena pitanja.\n",
+        "\n",
+        "Prilikom merenja može doći do grešaka u merenju, koje mogu biti: sistematske ili slučajne.\n",
+        "\n",
+        "Do primarnih podataka dolazi se kroz istraživanja, dok se termin sekundarni medicinski podaci odnosi na podatke u medicinskoj/zdravstvenoj dokumentaciji i medicinskim bazama podataka.\n",
+        "\n",
+        "## Tipovi podata\n",
+        "\n",
+        "Podaci i varijable, po tipu mogu biti kategorijalni ili numerički:\n",
+        "\n",
+        "1.  Kategorijalni (kvalitativni) podaci postoje kada se svaka jedinica posmatranja može svrstati u samo jednu od više kategorija varijable. Mogu biti:\n",
+        "\n",
+        "<!-- -->\n",
+        "\n",
+        "a)  Nominalni podaci -- kategorije su označene imenima i nemaju poredak. Primeri su:\n",
+        "\n",
+        "• Pol (ženski, muški)\n",
+        "\n",
+        "• Krvna grupa (A, B, AB, O)\n",
+        "\n",
+        "• Ishod lečenja (izlečen, neizlečen)\n",
+        "\n",
+        "• Navika pušenja (nepušač, pušač)\n",
+        "\n",
+        "• Lokalizacija patoloških promena na koži (glava, trup, ekstremiteti)\n",
+        "\n",
+        "b)  Ordinalni podaci -- kategorije su uređene ili rangirane na neki način (od manjeg ka većem ili obrnuto). Primeri su:\n",
+        "\n",
+        "• Zadovoljstvo pacijenata zdravstvenom zaštitom (vrlo nezadovoljan, nezadovoljan, neutralan, zadovoljan, vrlo zadovoljan)\n",
+        "\n",
+        "• Stadijum bolesti (bez bolesti, početni stadijum, uznapredovali stadijum)\n",
+        "\n",
+        "• Navika pušenja (nepušač, umereni pušač, prekomerni pušač)\n",
+        "\n",
+        "• Uhranjenost (pothranjenost, normalna uhranjenost, gojaznost)\n",
+        "\n",
+        "Kategorijalni podaci koji imaju samo dve međusobno isključive kategorije, jesu binarni odnosno dihotomni. Primeri su pol (ženski, muški) i ishod lečenja (izlečen, neizlečen).\n",
+        "\n",
+        "2.  Numerički (kvantitativni) podaci -- nastaju merenjem ili prebrojavanjem. Mogu biti:\n",
+        "\n",
+        "<!-- -->\n",
+        "\n",
+        "a)  Diskretni (diskontinuirani, prekidni) numerički podaci -- kada varijabla može imati samo određene celobrojne vrednosti. Primeri su:\n",
+        "\n",
+        "• Broj dece u porodici\n",
+        "\n",
+        "• Broj porođaja\n",
+        "\n",
+        "• Broj poseta lekaru\n",
+        "\n",
+        "• Broj obolelih\n",
+        "\n",
+        "• Frekvencija srca\n",
+        "\n",
+        "• Broj trombocita\n",
+        "\n",
+        "b)  Kontinuirani (neprekidni) numerički podaci -- varijabla može imati bilo koju vrednost iz intervala variranja. Primeri su:\n",
+        "\n",
+        "• Telesna masa\n",
+        "\n",
+        "• Telesna visina\n",
+        "\n",
+        "• Starost\n",
+        "\n",
+        "• Telesna temperatura\n",
+        "\n",
+        "• Pritisak\n",
+        "\n",
+        "Kod merenja neprekidnih varijabli, preciznost merenja zavisi od preciznosti mernog instrumenta i potreba samog istraživanja. Na primer, krvni pritisak predstavlja numeričku kontinuiranu varijablu, iako se najčešće zapisuje u obliku celih brojeva, međutim ukoliko se koristi precizniji merni instrument mogli bismo zabeležiti i decimalne vrednosti. Broj decimala zavisi ponovo od preciznosti mernog instrumenta.\n",
+        "\n",
+        "Numerički podaci se mogu transformisati u kategorijalne podatke (nominalne ili ordinalne). Tada dolazi do gubitka jednog dela informacija. Na primer, podaci o uhranjenosti mogu biti izraženi kao indeks telesne mase (kg/m2), odnosno u vidu kontinuiranih numeričkih podataka. Ovi podaci se mogu transformisati u kategorijalne podatke, sa mogućim kategorijama: pothranjenost, normalna uhranjenost i gojaznost. Ovde dolazi do gubitka jednog dela informacija, jer više nije poznato u kojoj meri se jedinice posmatranja unutar kategorija, npr. unutar kategorije pothranjenih, razlikuju prema indeksu telesne mase.\n",
+        "\n",
+        "Dva su osnovna razloga da se kontinuirane varijable beleže po tipu kategorijalnih podataka:\n",
+        "\n",
+        "1.  sa kategorijalnim podacima je lakše opisivanje osnovnog skupa (npr. koliki je procenat gojaznih u populaciji), i\n",
+        "\n",
+        "2.  donošenje odluka o nekoj intervenciji je olakšano kada su podaci grupisani na neki način, npr. da se gojazni podvrgnu preventivnom delovanju.\n",
+        "\n",
+        "## Granularni podaci, gubitak informacija\n",
+        "\n",
+        "Ako se u beleženju podataka o arterijskom pritisku prešlo sa mmHg na kategorije \"hipotenzija\", \"normotenzija\" i\"hipertenzija\" došlo je do.\n",
+        "\n",
+        "## Vezba: sta su koji podaci?\n",
+        "\n",
+        "BONUS:\n",
+        "\n",
+        "Sistematske greske Slucajne greske\n",
+        "\n",
+        "Tacnost, Slaganje preciznost\n",
+        "\n",
+        "# R-Commander, EZR\n",
+        "\n",
+        "# Sredjivanje podataka\n",
+        "\n",
+        "## Grupisanje\n",
+        "\n",
+        "-   Frekvencije\n",
+        "-   Statisticke tabele\n",
+        "-   Graficko prikazivanje\n",
+        "\n",
+        "## Nominalni podaci\n",
+        "\n",
+        "-   Kruzni dijagram\n",
+        "-   Stubicasti dijagram\n",
+        "\n",
+        "## Ordinalni podaci\n",
+        "\n",
+        "-   Kruzni dijagram\n",
+        "-   Stubicasti dijagram\n",
+        "\n",
+        "## Numericki diskontinuirani podaci\n",
+        "\n",
+        "-   Ucestalost\n",
+        "-   \n",
+        "\n",
+        "## Numericki kontinuirani podaci\n",
+        "\n",
+        "-   Histogram\n",
+        "-   \n",
+        "-   Klasni intervali\n",
+        "-   \n",
+        "\n",
+        "## Bonus\n",
+        "\n",
+        "-   Kumulativne učestalosti"
+      ],
+      "id": "0db31ffd"
+    }
+  ],
+  "metadata": {
+    "kernelspec": {
+      "display_name": "Python 3",
+      "language": "python",
+      "name": "python3"
+    }
+  },
+  "nbformat": 4,
+  "nbformat_minor": 5
+}