Formation FRB-Cesab/GDR EcoStat - Edition 2020

Le Cesab de la FRB et le GDR EcoStat proposent la seconde édition de la formation « Bonnes pratiques pour une recherche reproductible en écologie numérique ». Cette formation de cinq jours a pour objectif de former de jeunes chercheurs / chercheuses aux outils de reproductibilité, de développement logiciel et de gestion de versions (e.g. R, git, markdown, tidyverse, docker) appliqués à la recherche en biodiversité.

👷 En raison des conditions sanitaires dues à la crise de la Covid-19, la formation, dispensée en français, se déroulera du 2 au 6 novembre 2020 en distanciel.

Intervenants

• Nicolas CASAJUS (FRB-Cesab)
• Stéphane DRAY (CNRS LBBE)
• Olivier GIMENEZ (CNRS Cefe)
• François GUILHAUMON (IRD Marbec)
• Nina SCHIETTEKATTE (EPHE Criobe)

Programme

• Lundi 2 Novembre 2020

  • 09h00 – 10h00 : Icebreaker virtuel
  • 10h00 – 11h00 : Science ouverte et Recherche reproductible
  • 11h00 – 12h30 : Gestion des versions et partage (git, GitHub, GitLab)
  • 14h00 – 15h30 : Gestion des versions et partage (git, GitHub, GitLab) - suite
  • 15h30 – 17h30 : Programmation lettrée (Rmarkdown)

• Mardi 3 Novembre 2020

  • 09h00 – 11h00 : Construction d’un package R - Live coding
  • 11h00 – 12h30 : Research Compendium
  • 14h00 – 17h30 : Manipulation et visualisation de données (tidyverse et sf)

• Mercredi 4 Novembre 2020

  • 09h00 – 12h30 : Optimisation du flux de travail (drake)
  • 14h00 – 17h30 : Introduction à la conteneurisation (docker)

• Jeudi 5 Novembre 2020

  • 09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes
  • 14h00 – 17h30 : Projets en sous-groupes - suite

• Vendredi 6 Novembre 2020

  • 09h00 – 12h30 : Projets en sous-groupes - suite
  • 14h00 – 16h30 : Restitution des projets

Ressources

🌐 Page de l'événement

Dépôt des exercices