assert label.max() == self.num_classes-1, label.max() #24
Comments
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comment了这一行后assert label.max() == self.num_classes-1, label.max() |
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哈喽，谢谢你提供了很详细的信息来帮助我分析。 我想要指出，你把 修改成 是不正确的，尽管能够跑通。这是因为： 而之所以为什么“config文件里我把test的config改了，因为不改的话找不到数据”，这个是因为这些测试的3D volume不需要进行预处理，因此没有写在预处理的脚本当中。实际上，应该要手动将这几个volume复制粘贴到 我的建议是你先按照我这里说的来重新处理一下数据集（不需要修改config文件），然后再看看会不会出现“label最大值为-1了，是数据载入的问题”这些错误。理应是不会的。 祝好！ |
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感谢您的回答！请问测试的3D volume在哪里找到呢，我根据您的指示下载 BTCV dataset: Abdomen/RawData.zip. RawData/Testing/img$ ls 感谢您的帮助！ |
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这些.nii.gz文件就是3D volume呀
nii2format.py中应该有记录所使用的测试集volume是哪些
Tianyu Lin
Master of Science in Biomedical Engineering
Whiting School of Engineering, Johns Hopkins University
…________________________________
From: Han Liu ***@***.***>
Sent: Tuesday, December 10, 2024 9:23:55 PM
To: lin-tianyu/Stable-Diffusion-Seg ***@***.***>
Cc: Tianyu Lin ***@***.***>; Comment ***@***.***>
Subject: Re: [lin-tianyu/Stable-Diffusion-Seg] assert label.max() == self.num_classes-1, label.max() (Issue #24)
感谢您的回答！请问测试的3D volume在哪里找到呢，我根据您的指示下载 BTCV dataset: Abdomen/RawData.zip.
然后用./data/synapse/nii2format.py进行预处理，把预处理后的所有文件都放在了data/synapse下面。RawData下面貌似都是压缩文件
RawData/Testing/img$ ls
img0061.nii.gz img0064.nii.gz img0067.nii.gz img0070.nii.gz img0073.nii.gz img0076.nii.gz img0079.nii.gz
img0062.nii.gz img0065.nii.gz img0068.nii.gz img0071.nii.gz img0074.nii.gz img0077.nii.gz img0080.nii.gz
img0063.nii.gz img0066.nii.gz img0069.nii.gz img0072.nii.gz img0075.nii.gz img0078.nii.gz
感谢您的帮助！
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所使用的测试集volume在nii2format.py中： |
谢谢！我把test文件copy过去后确实测试集上的表现提升了很多 |
作者您好！
我在用您的代码跑实验的时候遇到了这个错误，training可以正常运行10个epoch，在validation的时候崩了，具体error为：
File "/home/server1/Documents/MedSoK/Stable-Diffusion-Seg/main.py", line 405, in log_img
metrics_dict, seg_label_dict = pl_module.log_dice()
File "/home/server1/Documents/hanliu/miniconda3/envs/sdseg/lib/python3.8/site-packages/torch/autograd/grad_mode.py", line 27, in decorate_context
return func(*args, **kwargs)
File "/home/server1/Documents/MedSoK/Stable-Diffusion-Seg/ldm/models/diffusion/ddpm.py", line 1688, in log_dice
ema_dice, ema_iou, seg_label_pair = get_dice(data, used_sampler="direct", save_dir=save_dir)
File "/home/server1/Documents/MedSoK/Stable-Diffusion-Seg/ldm/models/diffusion/ddpm.py", line 1682, in get_dice
ema_dice_list, ema_iou_list, seg_label_pair = get_dice_loop(data, sampler,
File "/home/server1/Documents/MedSoK/Stable-Diffusion-Seg/ldm/models/diffusion/ddpm.py", line 1390, in get_dice_loop
assert label.max() == self.num_classes-1, label.max()
AssertionError: tensor(-1.)
我用的命令是：
nohup python -u main.py --base configs/latent-diffusion/synapse-cls2-ldm-kl-8.yaml -t --gpus 0, --name normal > nohup/normal.log 2>&1
数据集为BTCV，看上去是label最大值为-1了，是数据载入的问题。config文件里我把test的config改了，因为不改的话找不到数据，并且我吧BTCV的数据放在了./Stable-Diffusion-Seg/data/synapse/train和./Stable-Diffusion-Seg/data/synapse/test下，具体config为：
data:
target: main.DataModuleFromConfig
params:
batch_size: 4
num_workers: 8
wrap: False
train:
target: ldm.data.synapse.SynapseTrain
params:
size: 256
validation:
target: ldm.data.synapse.SynapseValidation
params:
size: 256
test:
target: ldm.data.synapse.SynapseValidation
params:
size: 256
提前感谢您的帮助！
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