1.完成《多个单细胞数据集整合分析》

2.新增《预测和去除单细胞转录组的环境游离RNA污染》
3.更改原始数据获取链接

README.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # R语言学习笔记
 杜俊宏
-2023-12-26
+2024-01-19
 
 **网址：**<https://djhcod.github.io/r-notes/>**。**
 
@@ -18,11 +18,7 @@ Markdown——的编写和发布进行简单总结。目前该项目处于最开
 
 > **Tip**
 >
-> 由于GitHub对文件大小的限制，本书涉及的原始数据文件（data）可通过下列方式获取：
->
-> - [iCloud共享文件夹](https://www.icloud.com.cn/iclouddrive/018ENTDGZBLoJOI1Dgvh8c_4w#data)（实时同步，Mac用户建议选择此项）
->
-> - [OneDrive](https://1drv.ms/f/s!AnnPVQqdpGpjgo0e6lIMuLHPc5GvXw)（定期上传，不保证最新）
+> 由于GitHub对文件大小的限制，本书涉及的原始数据文件（data）可通过[此链接](https://www.123pan.com/s/v7Vmjv-4gPLh.html)获取。
 
 </div>
 

README.qmd

@@ -17,11 +17,7 @@ format:
 本书基于Quarto创建。
 
 ::: callout-tip
-由于GitHub对文件大小的限制，本书涉及的原始数据文件（data）可通过下列方式获取：
-
--   [iCloud共享文件夹](https://www.icloud.com.cn/iclouddrive/018ENTDGZBLoJOI1Dgvh8c_4w#data)（实时同步，Mac用户建议选择此项）
-
--   [OneDrive](https://1drv.ms/f/s!AnnPVQqdpGpjgo0e6lIMuLHPc5GvXw)（定期上传，不保证最新）
+由于GitHub对文件大小的限制，本书涉及的原始数据文件（data）可通过[此链接](https://www.123pan.com/s/v7Vmjv-4gPLh.html)获取。
 :::
 
 ## R学习资源推荐

_freeze/quarto_foundation/cross_references/execute-results/html.json

@@ -0,0 +1,14 @@
+{
+  "hash": "bbcd541a11bf22f7657cd6623994d004",
+  "result": {
+    "markdown": "---\nexecute:\n      eval: false\n      warning: false\n---\n\n\n# 交叉引用 {#sec-cross_reference}\n\n如果要使用交叉引用，则每个待引用对象需要有以下两个元素：\n\n-   `label`：标签。\n\n    ::: callout-caution\n    -   必须以类型为前缀，如#fig-1、#tbl-1、#fig-boxplot\n\n    -   标签名不能重复\n\n    -   标签名最好由英文+下划线组成\n    :::\n\n-   `caption`：标题。\n\n拥有了这两个元素的对象会被自动加上序号，如Figure 1，并可以被交叉引用。 可引用的对象包括：图表、公式、章节、代码和定理等。注意在交叉引用时要在两端加上空格。\n\n::: callout-tip\n有关交叉引用的详细指南，参考：<https://quarto.org/docs/authoring/cross-references.html>。\n:::\n\n## 标题/节的交叉引用\n\n只需通过`sec-`定义`label`，基本语法：Introduction `{#sec-introduction}`。注意：要使用节的引用，需要在YAML开启标题编号（`number-sections: true`），以便读者能够看到这些编号。\n\n## 图片的交叉引用 {#sec-Cross_referencing_of_figs}\n\n实现的方法：\n\n-   方法一：在源代码模式下修改被引用对象的属性，如：`![Example for cross reference](images/crossref-figure.png){#fig-elephant width=\"290\"}`。其中，方括号内的是对象的`caption`，小括号内是图片所在的目录，\"{}\"内的内容是图像的`label`以及其他可选设置。\n-   方法二：点击待引用对象右上角的三个点，进入对象设置。分别输入`caption`和`ID`（即`label`）（@fig-demo )。\n\n::: {#fig-demo layout-ncol=\"2\"}\n![](images/screenshot_2023-11-09%2009.39.02.png){width=\"240\"}\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2009.39.13-01.png){width=\"244\"}\n\n交叉引用的设置\n:::\n\n例如下面的图片，可以被引用：@fig-elephant 。\n\n![Example for cross reference](images/crossref-figure.png){#fig-elephant width=\"290\"}\n\n### 组图的交叉引用\n\n基本语法：\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2015.13.14.png)\n\n案例：\n\n::: {#fig-组图的交叉引用 layout-ncol=\"2\"}\n![素描大象](images/crossref-figure.png){#fig-组图_素描大象 width=\"219\"}\n\n![油画大象](images/screenshot_2023-11-09%2015.02.31.png){#fig-组图-油画大象 width=\"292\"}\n\n组图的交叉引用\n:::\n\n现在，我们就可以将组图一起引用（@fig-组图的交叉引用 ），或是单独引用组图内的某一张图（@fig-组图-油画大象 ，@fig-组图_素描大象 ）。\n\n## 表格的交叉引用\n\n### Markdown表格的引用\n\n只需在表格后加上`: My Caption {#tbl-letters}`即可使该表格能够被引用。如下面的表格 @tbl-表格交叉引用 。\n\n| Col1 | Col2 | Col3 |\n|------|------|------|\n| A    | B    | C    |\n| E    | F    | G    |\n| A    | G    | G    |\n\n: 表格的交叉引用示例 {#tbl-表格交叉引用}\n\n### 代码输出表格的引用\n\n-   `label：tbl-`：表格的标签。\n\n-   `tbl-cap`：表格的标题。\n\n-   knitr包提供了一个 `kable()` 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格，支持HTML、docx、LaTeX等格式。\n\n\n::: {#tbl-iris .cell tbl-cap='Iris数据' hash='cross_references_cache/html/tbl-iris_e6f74e03256dd432e65bef336562cf1e'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: tbl-iris\n#| tbl-cap: \"Iris数据\"\n\nlibrary(knitr)\nkable(head(iris))\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n| Sepal.Length| Sepal.Width| Petal.Length| Petal.Width|Species |\n|------------:|-----------:|------------:|-----------:|:-------|\n|          5.1|         3.5|          1.4|         0.2|setosa  |\n|          4.9|         3.0|          1.4|         0.2|setosa  |\n|          4.7|         3.2|          1.3|         0.2|setosa  |\n|          4.6|         3.1|          1.5|         0.2|setosa  |\n|          5.0|         3.6|          1.4|         0.2|setosa  |\n|          5.4|         3.9|          1.7|         0.4|setosa  |\n:::\n:::\n\n\n现在，就可以通过 @tbl-iris 来引用该表格了。\n\n::: callout-note\n关于表格的详细指南，参考：<https://quarto.org/docs/authoring/tables.html>。\n:::\n",
+    "supporting": [],
+    "filters": [
+      "rmarkdown/pagebreak.lua"
+    ],
+    "includes": {},
+    "engineDependencies": {},
+    "preserve": {},
+    "postProcess": true
+  }
+}

_freeze/quarto_foundation/images_settings/execute-results/html.json

@@ -0,0 +1,14 @@
+{
+  "hash": "669194199d21fcfc2363523e2e3d5b19",
+  "result": {
+    "markdown": "---\nexecute:\n      eval: false\n      warning: false\n---\n\n\n# 图片设置 {#sec-fig_Settings}\n\n## 插入图片的设置 {#sec-Settings_for_inserting_figs}\n\n图片可以通过复制粘贴直接插入，Quarto定义图像的基本语法是：\n\n`![图片标题](images/crossref-figure.png){#fig-elephant width=\"290\"}`。\n\n其中，方括号内的是对象的`caption`（可选），小括号内是图像所在目录，\"{}\"内的内容是图像的`label`以及其他可选设置，各参数间用空格进行分割。常用的图像设置如下：\n\n-   `width`和`height`：图像的宽、高。默认单位为像素。\n\n-   `fig-align`：图片的对齐方式，如\"left\"，\"right\"。\n\n-   可以在小括号内添加超链接，如``` [![](``images/crossref-figure.png``)](https://en.wikipedia.org/wiki/Elephant) ```，当点击该图像时会跳转该网站。\n\n-   `caption`和`label`的设置会使该图像能够被交叉引用（详见 @sec-Cross_referencing_of_figs ）。\n\n-   `.column-page`：让图片以整个文档的宽度展示。需要首先建立一个Pandoc Div块（@fig-div）。然后在Pandoc Div块的参数项内填上`{.column-page}`。如下所示：\n\n\n    ::: {.cell hash='images_settings_cache/html/unnamed-chunk-1_d96d014ee104da28c4558fb3fad516f3'}\n    \n    ```{.r .cell-code}\n    :::{.column-page}\n    ![](images/elephant.jpg)\n    :::\n    ```\n    :::\n\n\n    这样这张图片就会以文档最大宽度显示：\n\n::: column-page\n![](images/aerial-beautiful-color-2553004.jpg)\n:::\n\n::: {.callout-note appearance=\"minimal\"}\n应用于代码块时为：`#| column: page`\n:::\n\n-   `.column-screen`：让图片占满整个网页的宽度。应用于代码块时为：`#| column: screen`。\n\n::: column-screen\n![](images/aerial-beautiful-color-2553004.jpg)\n:::\n\n-   `column-screen-inset-shaded`：让图片以整个文档的宽度展示，但是在后方加上一个网页宽度的阴影。应用于代码块时为：`#| column: screen-inset-shaded`。\n\n::: column-screen-inset-shaded\n![](images/aerial-beautiful-color-2553004.jpg)\n:::\n\n### 组图的设置 {#sec-Setting_of_group_figs}\n\n要容纳和排版组图，需要首先建立一个Pandoc Div块（@fig-div）。\n\n![建立Div块](images/screenshot_2023-11-09%2010.23.28.png){#fig-div width=\"288\"}\n\nDiv块的图像排版基本语法如下：\n\n![Div块的基本语法](images/screenshot_2023-11-09%2010.38.16.png){#fig-div_code width=\"458\"}\n\n-   \"{}\"内为组图的label、排版设置。\n\n-   在所有图片最后可输入组图的总标题，如上图中的\"交叉引用的设置\"。\n\n设置图片的排版方式。\n\n`layout-ncol`和`layout-nrow`：设置组图的行和列分别排多少张图片。如`::: {layout-ncol=\"2\"}`。\n\n::: {layout-ncol=\"2\"}\n![](images/upregulate_genes.png){width=\"326\"}\n\n![](images/VENN%20down.jpeg){width=\"334\"}\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2010.27.15.png){width=\"236\"}\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2010.27.25.png){width=\"261\"}\n:::\n\n### `Layout`复杂排版\n\n其基本语法和 @sec-Code_chunk_figs_output_settings 一致。不同点在于需要在Div块开头的\"{}\"内设置，同时`layout`后要接\"=\"，并且注意加引号，例如：`layout=\"[[1，1]，[1]]\"`。通过设置`layout`可以完成对多图的复杂排版。`layout`属性是一个二维数组，其中第一维定义行，第二维定义列。`layout=\"[[1，1]，[1]]\"`表示：创建两行，第一行有两列大小相等的列，第二行只有一列。\n\n::: {#组图复杂排版设置 layout=\"[[1,1], [1]]\"}\n![](images/upregulate_genes.png){width=\"195\"}\n\n![](images/VENN%20down.jpeg){width=\"205\"}\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2010.27.25.png){width=\"569\"}\n\n组图复杂排版设置\n:::\n\n::: callout-note\n关于图片设置的详细指南，参考：<https://quarto.org/docs/authoring/figures.html>。\n:::\n\n## 代码块图片输出设置 {#sec-Code_chunk_figs_output_settings}\n\n对于代码块运行后生成的图片，我们也可以对其进行各种设置以使其在编译后的文档中符合理想的展示要求。基本语法和 中类似，只不过需要在前面加上\"**#\\|**\"符号，然后将其放置在代码块开头。常用的参数有：\n\n-   `#| lable`：图片标签。\n\n-   `#| fig-cap`：图片标题（`caption`）。`fig-cap`和`lable`共同用于图片的交叉引用，详见 @sec-Cross_referencing_of_figs 。\n\n-   `#| fig-width`：图片的宽度。\n\n-   `#| fig-height`：图片的高度。\n\n其他设置包括`#| fig-align`、`#| fig-cap-location`等，见 @sec-Settings_for_inserting_figs 。\n\n\n::: {.cell hash='images_settings_cache/html/fig-散点图_c60830f38f70002346c5d382caba265d'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: fig-散点图\n#| fig-cap: \"38种流行车型的城市和高速公路里程\"\n#| fig-width: 6\n#| fig-height: 3.5\nlibrary(ggplot2)\nggplot(mpg, aes(x = hwy, y = cty, color = cyl)) +\n  geom_point(alpha = 0.5, size = 2) +\n  scale_color_viridis_c() +\n  theme_minimal()\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![38种流行车型的城市和高速公路里程](images_settings_files/figure-html/fig-散点图-1.png){#fig-散点图 width=576}\n:::\n:::\n\n\n### 代码块组图输出设置\n\n如果一个代码块运行后可以生成多张图像，那么我们也可以和 @sec-Setting_of_group_figs 中一样，对这些图片进行组图排版。常用的参数包括：\n\n-   `layout-ncol`和`layout-nrow`：设置组图的行和列分别排多少张图片。如`layout-ncol: \"2\"`。\n\n-   `label`：组图的标签。\n\n-   `fig-cap`：每张图的标题。通过\"-\"符号分别设置。效果如下所示：\n\n\n::: {.cell layout-ncol=\"2\" hash='images_settings_cache/html/fig-组图输出_a6670e65e7748dc953ede5bc57491f06'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| layout-ncol: 2\n#| label: fig-组图输出\n#| fig-cap:\n#|   - \"车辆的速度和停车距离\"\n#|   - \"汽压与温度的关系\"\n\nplot(cars)\nplot(pressure)\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![车辆的速度和停车距离](images_settings_files/figure-html/fig-组图输出-1.png){#fig-组图输出-1 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![汽压与温度的关系](images_settings_files/figure-html/fig-组图输出-2.png){#fig-组图输出-2 width=672}\n:::\n:::\n\n\n-   `fig-subcap`：每张图以小标题进行标注，如\"*(a) sub caption\"*、\"*(b) sub caption\"*。效果如下所示：\n\n\n::: {#fig-小标题组图输出 .cell layout-ncol=\"2\" hash='images_settings_cache/html/fig-小标题组图输出_081e9096e3f45e93a00161a3acb3f8c7'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: fig-小标题组图输出\n#| fig-cap: \"小标题组图输出\"\n#| fig-subcap:\n#|   - \"汽车\"\n#|   - \"压力\"\n#| layout-ncol: 2\n\nplot(cars)\nplot(pressure)\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![汽车](images_settings_files/figure-html/fig-小标题组图输出-1.png){#fig-小标题组图输出-1 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![压力](images_settings_files/figure-html/fig-小标题组图输出-2.png){#fig-小标题组图输出-2 width=672}\n:::\n\n小标题组图输出\n:::\n\n\n#### 用`layout`进行复杂排版\n\n`layout`属性是一个二维数组，其中第一维定义行，第二维定义列。如`layout: \"[[1，1]，[1]]`表示：创建两行，第一行有两列大小相等的列，第二行只有一列。\n\n\n::: {#fig-输出复杂排版图片 .cell layout=\"[[1],[1,1]]\" hash='images_settings_cache/html/fig-输出复杂排版图片_099448e113591e632c23671110a6c5b0'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: fig-输出复杂排版图片\n#| fig-cap: 复杂排版组图输出\n#| fig-subcap:\n#|   - 汽车\n#|   - 压力\n#|   - mtcars\n#| layout: [[1], [1, 1]]\n\nplot(cars)\nplot(pressure)\nplot(mtcars)\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![汽车](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片-1.png){#fig-输出复杂排版图片-1 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![压力](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片-2.png){#fig-输出复杂排版图片-2 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![mtcars](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片-3.png){#fig-输出复杂排版图片-3 width=672}\n:::\n\n复杂排版组图输出\n:::\n\n\n`layout`后的\"\\[\\]\"中的数字大小表示各个图像的相对大小。所以可以用任何值来自定义：\n\n\n::: {#fig-输出复杂排版图片2 .cell layout=\"[[100],[30,70]]\" hash='images_settings_cache/html/fig-输出复杂排版图片2_12d581ee8c6cfbfa7c2dcff30e078e0c'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: fig-输出复杂排版图片2\n#| fig-cap: 复杂排版组图输出2\n#| fig-subcap:\n#|   - 汽车\n#|   - 压力\n#|   - mtcars\n#| layout: [[100], [30, 70]]\n\nplot(cars)\nplot(pressure)\nplot(mtcars)\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![汽车](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片2-1.png){#fig-输出复杂排版图片2-1 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![压力](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片2-2.png){#fig-输出复杂排版图片2-2 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![mtcars](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片2-3.png){#fig-输出复杂排版图片2-3 width=672}\n:::\n\n复杂排版组图输出2\n:::\n\n\n如果我们输入负数，如下面的\"-10\"，则会在两个图之间加上相应的间距：\n\n\n::: {#fig-输出复杂排版图片3 .cell layout=\"[[45,-10,45],[100]]\" hash='images_settings_cache/html/fig-输出复杂排版图片3_023ce4bc1fb69c810f84659d78671a12'}\n\n````{.cell-code}\n```{{r}}\n#| eval: true\n#| label: fig-输出复杂排版图片3\n#| fig-cap: 复杂排版组图输出3\n#| fig-subcap:\n#|   - 汽车\n#|   - 压力\n#|   - mtcars\n#| layout: [[45,-10, 45], [100]]\n\nplot(cars)\nplot(pressure)\nplot(mtcars)\n```\n````\n\n::: {.cell-output-display}\n![汽车](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片3-1.png){#fig-输出复杂排版图片3-1 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![压力](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片3-2.png){#fig-输出复杂排版图片3-2 width=672}\n:::\n\n::: {.cell-output-display}\n![mtcars](images_settings_files/figure-html/fig-输出复杂排版图片3-3.png){#fig-输出复杂排版图片3-3 width=672}\n:::\n\n复杂排版组图输出3\n:::\n",
+    "supporting": [],
+    "filters": [
+      "rmarkdown/pagebreak.lua"
+    ],
+    "includes": {},
+    "engineDependencies": {},
+    "preserve": {},
+    "postProcess": true
+  }
+}

_freeze/quarto_foundation/insert_other_content/execute-results/html.json

@@ -0,0 +1,14 @@
+{
+  "hash": "35d7fea9ed678ac182de9dd84964984b",
+  "result": {
+    "markdown": "---\nexecute:\n      eval: false\n      warning: false\n---\n\n\n# 插入其他内容 {#sec-Insert_other_content}\n\n## 插入参考文献\n\n在插入菜单中选择\"Citation\"：\n\n![参考文献的引用](images/screenshot_2023-11-09%2022.02.13.png){#fig-参考文献的引用 width=\"231\"}\n\n然后通过DOI或标题检索参考文献，选择目标文献：\n\n![参考文献的选择](images/screenshot_2023-11-09%2022.02.44.png){#fig-参考文献的选择 width=\"539\"}\n\n现在就会出现参考文献的交叉引用，如： [@fujii2023] 、[@sprumont2023]。并且会在文档最后生成参考文献列表，同时YAML中会新增参考文献的配置选项：`bibliography: references.bib`。同时根目录下会生成一个名为\"references.bib\"的参考文献配置文件。\n\n如果想改变参考文献展示的位置，可以在YAML中设置，如：\n\n\n::: {.cell hash='insert_other_content_cache/html/unnamed-chunk-1_4403cba6c93a255070c567b14376b146'}\n\n```{.r .cell-code}\n---\ncitation-location: margin\n---\n```\n:::\n\n\n可用的值参见 @tbl-图表标题位置设置 。这份文档的参考文献就设置为了在页面最后展示（`citation-location: document`）。\n\n::: callout-note\n关于参考文献和脚注的详细指南，参考：<https://quarto.org/docs/authoring/footnotes-and-citations.html>。\n:::\n\n## 插入Callouts\n\nCallouts**会生成一个标注框，可以用来标注重要内容：**\n\n![](images/screenshot_2023-11-09%2022.21.46.png){width=\"248\"}\n\n例如：\n\n::: callout-tip\n这是一个Callouts示例。\n:::\n\n**其样式包括：**\n\n-   `callout-note`\n\n    ![](images/screenshot_2023-11-09%2022.23.12.png)\n\n-   `callout-tip`\n\n    ![](images/screenshot_2023-11-09%2022.23.59.png)\n\n-   `callout-important`\n\n    ![](images/screenshot_2023-11-09%2022.24.45.png)\n\n-   `callout-caution`\n\n    ![](images/screenshot_2023-11-09%2022.26.12.png)\n\n-   `callout-warning`\n\n    ![](images/screenshot_2023-11-09%2022.27.16.png)\n\n## 插入在线视频\n\n通过以下语法可以在输出文档中插入可直接播放的在线视频：\n\n\n::: {.cell hash='insert_other_content_cache/html/unnamed-chunk-2_3f0f7c362d13bbf0b3caa5e67cbad902'}\n\n```{.r .cell-code}\n{{< video https://www.youtube.com/embed/wo9vZccmqwc >}}\n```\n:::\n",
+    "supporting": [],
+    "filters": [
+      "rmarkdown/pagebreak.lua"
+    ],
+    "includes": {},
+    "engineDependencies": {},
+    "preserve": {},
+    "postProcess": true
+  }
+}