Skip to content

Commit

Permalink
implement electronic configuration embedding (#3609)
Browse files Browse the repository at this point in the history 
Co-authored-by: Han Wang <[email protected]>
  • Loading branch information
@wanghan-iapcm
wanghan-iapcm and Han Wang authored Mar 27, 2024
1 parent 8090fa1 commit f16d543
Show file tree
Hide file tree
Showing 3 changed files with 257 additions and 0 deletions.
1 change: 1 addition & 0 deletions backend/dynamic_metadata.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -39,6 +39,7 @@ def dynamic_metadata(
"pytest-cov",
"pytest-sugar",
"dpgui",
"mendeleev",
],
"docs": [
"sphinx>=3.1.1",
Expand Down
209 changes: 209 additions & 0 deletions deepmd/utils/econf_embd.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,209 @@
# SPDX-License-Identifier: LGPL-3.0-or-later
import numpy as np

try:
import dpdata
from mendeleev import (
element,
)
except ImportError:
pass

###
# made by command
# ret = make_econf_embedding(type_map, flatten=True)
# print_econf_embedding(ret)
###
# fmt: off
electronic_configuration_embedding = \
{ kk: np.array(vv, dtype=np.int32) for kk,vv in {
"H" : [1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"He" : [2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Li" : [2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Be" : [2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"B" : [2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"C" : [2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"N" : [2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"O" : [2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"F" : [2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ne" : [2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Na" : [2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Mg" : [2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Al" : [2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Si" : [2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"P" : [2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"S" : [2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Cl" : [2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ar" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"K" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ca" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Sc" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ti" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"V" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Cr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Mn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Fe" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Co" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ni" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Cu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Zn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ga" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ge" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"As" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Se" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Br" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Kr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Rb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Sr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Y" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Zr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Nb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Mo" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Tc" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ru" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Rh" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Pd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ag" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Cd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"In" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Sn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Sb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Te" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"I" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Xe" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Cs" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ba" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"La" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ce" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Pr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Nd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Pm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Sm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Eu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Gd" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Tb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Dy" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ho" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Er" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Tm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Yb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Lu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Hf" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ta" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"W" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Re" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Os" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Ir" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Pt" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Au" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Hg" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Tl" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,0,0,0,0,0,0,0,0],
"Pb" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,0,0,0,0,0,0,0],
"Bi" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,1,1,1,0,0,0,0,0,0],
"Po" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,1,1,0,0,0,0,0,0],
"At" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,1,0,0,0,0,0,0],
"Rn" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0],
"Fr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,1],
"Ra" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Ac" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
"Th" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,1,0,0,0,2],
"Pa" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,0,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
"U" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,0,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
"Np" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,0,0,0,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
"Pu" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Am" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Cm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
"Bk" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Cf" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Es" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Fm" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Md" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"No" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,0,0,0,2],
"Lr" : [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,0,0,0,0,2],
}.items()}
# fmt: on

ln_to_lett = {
0: "s",
1: "p",
2: "d",
3: "f",
4: "g",
}
lett_to_ln = {vv: kk for kk, vv in ln_to_lett.items()}

conf_keys = [
(1, "s"),
(2, "s"),
(2, "p"),
(3, "s"),
(3, "p"),
(3, "d"),
(4, "s"),
(4, "p"),
(4, "d"),
(4, "f"),
(5, "s"),
(5, "p"),
(5, "d"),
(5, "f"),
(6, "s"),
(6, "p"),
(6, "d"),
(7, "s"),
]

maxn = 7
maxl = maxn
maxm = 2 * maxl + 1

type_map = dpdata.periodic_table.ELEMENTS


def make_empty_list_vec():
ret = {}
for kk in conf_keys:
ll = lett_to_ln[kk[1]]
ret[kk] = np.zeros([2 * ll + 1], dtype=np.int32)
return ret


def flatten_list_vec(lv):
ret = np.array([], dtype=np.int32)
for kk in conf_keys:
ret = np.append(ret, lv[kk])
return ret


def make_element_embedding_list_vec(
ename: str,
) -> np.ndarray:
"""Compute the embedding of one element."""
ret = make_empty_list_vec()
ele = element(ename)
ec = ele.ec
occ = ec.spin_occupations()
for kk, vv in occ.items():
assert kk in conf_keys
for ip in range(vv["pairs"]):
ret[kk][ip] = 2
for iu in range(vv["pairs"], vv["pairs"] + vv["unpaired"]):
ret[kk][iu] = 1
return ret


def make_econf_embedding(types, flatten=True):
all_ret = {}
for ii in types:
ir = make_element_embedding_list_vec(ii)
if flatten:
ir = flatten_list_vec(ir)
all_ret[ii] = ir
return all_ret


def print_econf_embedding(res):
for kk, vv in res.items():
vvstr = ",".join([str(ii) for ii in vv])
space = " " * (2 - len(kk))
print(f'"{kk}"{space} : [{vvstr}],') # noqa: T201
47 changes: 47 additions & 0 deletions source/tests/common/test_econf_embd.py
View file
Original file line number Diff line number Diff line change
@@ -0,0 +1,47 @@
# SPDX-License-Identifier: LGPL-3.0-or-later
import unittest

from deepmd.utils.econf_embd import (
electronic_configuration_embedding,
make_econf_embedding,
)


class TestEConfEmbd(unittest.TestCase):
def test_fe(self):
res = make_econf_embedding(["Fe"], flatten=False)["Fe"]
expected_res = {
(1, "s"): [2],
(2, "s"): [2],
(2, "p"): [2, 2, 2],
(3, "s"): [2],
(3, "p"): [2, 2, 2],
(3, "d"): [2, 1, 1, 1, 1],
(4, "s"): [2],
(4, "p"): [0, 0, 0],
(4, "d"): [0, 0, 0, 0, 0],
(4, "f"): [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
(5, "s"): [0],
(5, "p"): [0, 0, 0],
(5, "d"): [0, 0, 0, 0, 0],
(5, "f"): [0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
(6, "s"): [0],
(6, "p"): [0, 0, 0],
(6, "d"): [0, 0, 0, 0, 0],
(7, "s"): [0],
}
self.assertDictEqual({kk: list(vv) for kk, vv in res.items()}, expected_res)

def test_fe_flatten(self):
res = make_econf_embedding(["Fe"], flatten=True)["Fe"]
# fmt: off
expected_res = [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
# fmt: on
self.assertEqual(list(res), expected_res)

def test_dict(self):
res = electronic_configuration_embedding["Fe"]
# fmt: off
expected_res = [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,1,1,1,1,2,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0]
# fmt: on
self.assertEqual(list(res), expected_res)

0 comments on commit f16d543

Please sign in to comment.