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acharkq · Feb 5, 2024 · 930ffb4 · 930ffb4
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diff --git a/script/chebi.sh b/script/chebi.sh
@@ -1,8 +1,6 @@
 {
 export TOKENIZERS_PARALLELISM=false;
 
-# python stage2.py --root 'data/ChEBI-20_data' --devices '0,1' --filename "ft_chebi"  --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 100 --mode ft --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES]. ' --tune_gnn --llm_tune lora --inference_batch_size 8 --peft_config lora_config.json 
-
-python stage2.py --root 'data/ChEBI-20_data' --devices '0,1' --filename "ft_chebi"  --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 100 --mode ft --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES]. ' --tune_gnn --llm_tune lora --inference_batch_size 8 --peft_config lora_config.json --caption_eval_epoch 1
+python stage2.py --root 'data/ChEBI-20_data' --devices '0,1' --filename "ft_chebi"  --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 100 --mode ft --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES]. ' --tune_gnn --llm_tune lora --inference_batch_size 8 --peft_config lora_config.json --caption_eval_epoch 10  --stage2_path 'path-to-stage2-ckpt';
 exit
 }
diff --git a/script/stage2.sh b/script/stage2.sh
@@ -1,7 +1,6 @@
 {
 export TOKENIZERS_PARALLELISM=false;
-# python stage2.py --root 'data/PubChem324k' --devices '0,1' --filename "stage2" --stage1_path "all_checkpoints/stage1/last.ckpt" --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 10 --mode pretrain --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES].' --tune_gnn --llm_tune freeze --inference_batch_size 4
 
-python stage2.py --root 'data/PubChem324k' --devices '1,5' --filename "stage2" --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 10 --mode pretrain --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES].' --tune_gnn --llm_tune freeze --inference_batch_size 4 --caption_eval_epoch 1 --filtered_cid_path data/PubChem324k/filtered_pretrain_cids.txt
+python stage2.py --root 'data/PubChem324k' --devices '0,1' --filename "stage2" --opt_model 'facebook/galactica-1.3b' --max_epochs 10 --mode pretrain --prompt '[START_I_SMILES]{}[END_I_SMILES].' --tune_gnn --llm_tune freeze --inference_batch_size 4 --caption_eval_epoch 10 --filtered_cid_path data/PubChem324k/filtered_pretrain_cids.txt
 exit
 }