Merge branch 'develop' into feature/consolidate_link

jobs/rocoto/aerosol_init.sh

@@ -0,0 +1,38 @@
+#!/bin/bash
+
+set -x
+
+###############################################################
+# Source FV3GFS workflow modules
+source $HOMEgfs/ush/load_fv3gfs_modules.sh
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+###############################################################
+# Source relevant configs
+configs="base aerosol_init"
+for config in $configs; do
+    source $EXPDIR/config.${config}
+    status=$?
+    [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+done
+
+###############################################################
+# Source machine runtime environment
+source $BASE_ENV/${machine}.env aerosol_init
+status=$?
+[[ $status -ne 0 ]] && exit $status
+
+$HOMEgfs/scripts/exgfs_aero_init_aerosol.py
+
+status=$?
+if [[ $status -ne 0 ]]; then
+    echo "FATAL ERROR: exgfs_chem_init_aerosol.py failed with error code $status"
+    exit $status
+fi
+
+##############################################################
+# Exit cleanly
+
+set +x
+exit 0

jobs/rocoto/anal.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/analcalc.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/analdiag.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/awips.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/earc.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/ecen.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/echgres.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/ediag.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/efcs.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/eobs.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/eomg.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/epos.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/esfc.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/eupd.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/fcst.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/gempak.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/getic.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/gldas.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/init.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/metp.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/ocnpost.sh

@@ -81,16 +81,8 @@ fi
 ##############################################
 # Begin JOB SPECIFIC work
 ##############################################
-
-if [ $RUN_ENVIR = "nco" ]; then
-    export COMIN=${COMIN:-$ROTDIR/$RUN.$PDY/$cyc}
-    export COMOUT=${COMOUT:-$ROTDIR/$RUN.$PDY/$cyc}
-else
-    export COMIN="$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc"
-    export COMOUT="$ROTDIR/$CDUMP.$PDY/$cyc"
-fi
-[[ ! -d $COMOUT/ocean ]] && mkdir -p $COMOUT/ocean
-[[ ! -d $COMOUT/ice ]] && mkdir -p $COMOUT/ice
+[[ ! -d $COMOUTocean ]] && mkdir -p $COMOUTocean
+[[ ! -d $COMOUTice ]] && mkdir -p $COMOUTice
 
 fhrlst=$(echo $FHRLST | sed -e 's/_/ /g; s/f/ /g; s/,/ /g')
 
@@ -121,31 +113,31 @@ for fhr in $fhrlst; do
 
 
     #break up ocn netcdf into multiple files:  
-    if [ -f $COMOUT/ocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
-      echo "File $COMOUT/ocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists"
+    if [ -f $COMOUTocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
+      echo "File $COMOUTocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists"
     else
-      ncks -x -v vo,uo,so,temp $COMOUT/ocean/ocn$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUT/ocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
+      ncks -x -v vo,uo,so,temp $COMOUTocean/ocn$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUTocean/ocn_2D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
       status=$?
       [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
     fi 
-    if [ -f $COMOUT/ocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
-       echo "File $COMOUT/ocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
+    if [ -f $COMOUTocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
+       echo "File $COMOUTocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
     else 
-      ncks -x -v Heat_PmE,LW,LwLatSens,MLD_003,MLD_0125,SSH,SSS,SST,SSU,SSV,SW,cos_rot,ePBL,evap,fprec,frazil,latent,lprec,lrunoff,sensible,sin_rot,speed,taux,tauy,wet_c,wet_u,wet_v $COMOUT/ocean/ocn$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUT/ocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
+      ncks -x -v Heat_PmE,LW,LwLatSens,MLD_003,MLD_0125,SSH,SSS,SST,SSU,SSV,SW,cos_rot,ePBL,evap,fprec,frazil,latent,lprec,lrunoff,sensible,sin_rot,speed,taux,tauy,wet_c,wet_u,wet_v $COMOUTocean/ocn$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUTocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
       status=$?
       [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
     fi 
-    if [ -f $COMOUT/ocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
-       echo "File $COMOUT/ocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
+    if [ -f $COMOUTocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
+       echo "File $COMOUTocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
     else 
-      ncks -v temp -d yh,503 -d xh,-299.92,60.03 $COMOUT/ocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUT/ocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
+      ncks -v temp -d yh,503 -d xh,-299.92,60.03 $COMOUTocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUTocean/ocn-temp-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
       status=$?
       [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
     fi 
-    if [ -f $COMOUT/ocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
-       echo "File $COMOUT/ocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
+    if [ -f $COMOUTocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc ]; then 
+       echo "File $COMOUTocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc already exists" 
     else 
-      ncks -v uo -d yh,503 -d xh,-299.92,60.03 $COMOUT/ocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUT/ocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
+      ncks -v uo -d yh,503 -d xh,-299.92,60.03 $COMOUTocean/ocn_3D_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc $COMOUTocean/ocn-uo-EQ_$VDATE.$ENSMEM.$IDATE.nc
       status=$?
       [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
     fi
@@ -155,7 +147,7 @@ done
 
 # Restore CDATE to what is expected
 export CDATE=$IDATE
-$NMV ocn_ice*.grb2 $COMOUT/ocean/
+$NMV ocn_ice*.grb2 $COMOUTocean/
 status=$?
 [[ $status -ne 0 ]] && exit $status
 

jobs/rocoto/post.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## NCEP post driver script

jobs/rocoto/postsnd.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/prep.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 # Source FV3GFS workflow modules

jobs/rocoto/vrfy.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 ## Abstract:

jobs/rocoto/wafs.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wafsblending.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wafsblending0p25.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wafsgcip.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wafsgrib2.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wafsgrib20p25.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/waveawipsbulls.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/waveawipsgridded.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wavegempak.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/waveinit.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wavepostbndpnt.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wavepostbndpntbll.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wavepostpnt.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/wavepostsbs.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

jobs/rocoto/waveprep.sh

@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/bin/ksh -x
+#!/bin/bash -x
 
 ###############################################################
 echo

modulefiles/module_base.hera.lua

@@ -31,7 +31,7 @@ load(pathJoin("fms", "2021.03"))
 
 load(pathJoin("bacio", "2.4.1"))
 load(pathJoin("g2", "3.4.2"))
-load(pathJoin("g2tmpl", "1.10.1"))
+load(pathJoin("g2tmpl", "1.10.0"))
 load(pathJoin("ip", "3.3.3"))
 load(pathJoin("nemsio", "2.5.2"))
 load(pathJoin("sp", "2.3.3"))
@@ -41,9 +41,17 @@ load(pathJoin("w3nco", "2.4.1"))
 load(pathJoin("wgrib2", "2.0.8"))
 setenv("WGRIB2","wgrib2")
 
-append_path("MODULEPATH", "/contrib/anaconda/modulefiles")
-load(pathJoin("anaconda", "2.3.0"))
-
 load(pathJoin("cdo", "1.9.5"))
 
+load(pathJoin("R", "3.5.0"))
+
+-- Temporary until official hpc-stack is updated
+prepend_path("MODULEPATH", "/scratch2/NCEPDEV/ensemble/save/Walter.Kolczynski/hpc-stack/modulefiles/stack")
+load(pathJoin("hpc", "1.2.0"))
+load(pathJoin("hpc-intel", "18.0.5.274"))
+load(pathJoin("hpc-miniconda3", "4.6.14"))
+load(pathJoin("ufswm", "1.0.0"))
+load(pathJoin("met", "9.1"))
+load(pathJoin("metplus", "3.1"))
+
 whatis("Description: GFS run environment")