找不到TCGA数据集Silde Image类型数据标签 #92
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各位大佬好，最近开始入门病理切片分析，要复现的一个工作用到了
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Replies: 2 comments 6 replies
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第一个问题没有接触过，所以没有什么建议。 第二个需要区别sample barcode和file name。第一个截图里的file name是说明文件的一个编号，而第二个截图说的是肿瘤（或正常）样本的编号。比如同一个样本，可能做了2个不同的实验，产生了一堆不同的数据结果文件。 第二个问题的解决可以将所要分析的文件添加到购物车，然后点击购物车，下载相关的元数据文件。我记得有个sample sheet非常重要，里面记录了文件和样本的关系。另外，GDC还采用了UUID的编码体系。http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAutils.html 这个包可能会有用。 |
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我把你的问题发到生信技能树讨论了下。你看看最新的release数据中能不能找到有用的信息 https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/#data-release-310。 |
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我是在11月底下的数据，因此是在31.0版本之后的最新数据，而且我看了它的版本更新内容，感觉和标签信息没关系。 不过在您第一个回答的启发下，我发现标签信息仍然隐藏在文件名之中。正如您上面所说，每个病例会采集多个样本，每个样本有一个barcode，如下图： 总之，非常感谢你的帮助！ |
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这个数据集有yolo的标签吗 |
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你好，这个数据集有yolo的格式吗 |
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一般是 svs |
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你好，问题解决了吗？我最近也在研究WSI相关的问题，想问一下TCGA下载的WSI数据的标签在哪里看 |
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第一个问题没有接触过，所以没有什么建议。
第二个需要区别sample barcode和file name。第一个截图里的file name是说明文件的一个编号，而第二个截图说的是肿瘤（或正常）样本的编号。比如同一个样本，可能做了2个不同的实验，产生了一堆不同的数据结果文件。
第二个问题的解决可以将所要分析的文件添加到购物车，然后点击购物车，下载相关的元数据文件。我记得有个sample sheet非常重要，里面记录了文件和样本的关系。另外，GDC还采用了UUID的编码体系。http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/TCGAutils.html 这个包可能会有用。