ezcox包问题求解

[zhaoliang0302]

翔哥好，在使用你的ezcox包时有几个问题不太明白，还请帮忙解答下

• ezcox这个函数中的covariates和controls分别是什么意思，我的理解是covariates是想要研究的目标变量，control是可能对目标变量有影响的变量作为校正。我搜了一些cox回归的资料没搞明白
• filter_ezcox这个函数中的levels如何设定？我看你的vignettes中设置成c("0", "2")，没搞明白含义是什么。还有type参数的contrast、ref和both代表什么？不清楚什么时候该用什么。我看survival包中的cox分析似乎没有这些参数设置
• show_models中合并model的意义是什么？

# Merge all models and drop control variables
show_models(mds, merge_models = TRUE, drop_controls = TRUE)

这些好像都是统计知识，但是我自己检索了资料发现这些问题自己解决不了，还请翔哥有时间帮忙解答下，感谢！

[ShixiangWang]

@zhaoliang0302 这个包的初衷是批处理Cox模型的，所以之前开发的时候很多设定都是围绕这个展开的。

• 这里的协变量和控制变量本质上都是Cox模型中的协变量。我这个参数的名称设定可能会让人有些困惑，我之前也回答过类似的问题。我举例你就比较好理解了。

假设我们有3个基因A, B, C，还有患者的年龄信息。如果我要分别对基因建立Cox模型，同时将年龄信息纳入模型（校正年龄的影响）。那么：

covariats = c("A", "B", "C")
controls = "age"

会建立3个模型

Cox ~ A + age

Cox ~ B + age

Cox ~ C + age

在程序里面会对age打个标记，后续绘图可以隐藏这种我们可能不关注的变量。

2. filter_ezcox其实就是一个数据集的过滤行操作，这个完全你可以自己做。我就加了一些参数方便过滤一些特定的行，比如有患者的不同阶段的信息，例如临床阶段stage有I, II, III这3个因子，那么结果是每个因子都有结果的，我们可以只保留特定的，如I的结果。

3. show_models就是指Cox模型，例如第1点提到的3个基因的模型，那么show_models()可以在一个图中分别展示它们，为了简便，我们可能会需要隐藏不重要的信息，只保留基因（不展示校正的变量age），就是第3点的设定。

这些倒不怎么设计统计，你有兴趣可以翻翻源代码。

[ShixiangWang]

我尝试了下，这样确实和coxph结果一样的，也就是说把covariates设置成一个，controls设置成多个，这种情况下等同于coxph函数中surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog这样的形式，而不再是controls代表校正变量？

surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog 这个模型里面看你怎么看待变量，如果你想关注的是性别对生存的影响，那么其他两个就是被控制的（它们的影响被校正了），如果你关注的是age，那么同样推理。这里模型都是同一个，看你关注的变量。

最简单的，Cox ~ x1，我们研究x1的影响，但由于x2也可以对生存造成影响，那么Cox ~ x1 + x2就可以得到去除x2影响的x1结果。这里的结果主要是x1的系数。

[ShixiangWang]

covariates一但设置不止一个变量最后的结果和coxph就不一样了

这个不可能的，我代码内部就是分开建模的。

[zhaoliang0302]

我搞明白了，ezcox中的covariates其实就是存放批量变量的，controls为空时就是对covariates中每个变量做单因素cox，controls不为空就表示分别对covariates中的每个变量和controls的变量结合后批量做多因素cox。我说的独立预后模型、风险模型其实就是covariates是一个变量，因为不需要批量做，最后的结果和coxph是一样的

[ShixiangWang]

对的。

[zhaoliang0302]

感谢翔哥！