BREAKING CHANGES name of example dataset

R/00_dt_potato.R

@@ -15,7 +15,7 @@
 #'   \item{Red - Canopy}{dbl denoting the drone-derived traits}
 #' }
 #' @source UW - Potato Breeding Program
-"dt_potato"
+"dt_potato_20"
 
 
 #' Drone Data in Potato 2022
@@ -35,4 +35,4 @@
 #'   \item{Red - Canopy}{dbl denoting the drone-derived traits}
 #' }
 #' @source UW - Potato Breeding Program
-"dt_chips"
+"dt_potato_22"

R/01_read.R

@@ -23,8 +23,8 @@
 #'
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' results <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' results <- dt_potato_20 |>
 #'   explorer(
 #'     x = DAP,
 #'     y = c(Canopy, PH),

R/02_modeler.R

@@ -47,10 +47,10 @@
 #'
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
 #' # Example 1
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = GLI_2,
@@ -63,7 +63,7 @@
 #' plot(mod_1, id = 195)
 #' print(mod_1)
 #' # Example 2
-#' mod_2 <- dt_potato |>
+#' mod_2 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,
@@ -337,9 +337,9 @@ modeler <- function(data,
 #'
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = GLI_2,

R/03_metrics.R

@@ -65,9 +65,9 @@ r_squared <- function(actual, predicted) {
 #'
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

R/04_predict.R

@@ -33,8 +33,8 @@
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

R/05_coefficients.R

@@ -16,9 +16,9 @@
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

R/06_vcov.R

@@ -15,8 +15,8 @@
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

R/07_confint.R

@@ -20,8 +20,8 @@
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

R/utils_S3_plots.R

@@ -126,10 +126,10 @@ plot_fn <- function(fn = "fn_piwise",
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, GLI_2), id = Plot)
 #' # Example 1
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,
@@ -345,9 +345,8 @@ plot.modeler <- function(x,
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' dt_potato <- dt_potato
-#' results <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
+#' data(dt_potato_20)
+#' results <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
 #' table <- plot(results, label_size = 4, signif = TRUE, n_row = 2)
 #' table
 #' plot(results, type = "x_by_var", label_size = 4, signif = TRUE)

R/utils_S3_print.R

@@ -14,9 +14,9 @@
 #' @export
 #' @examples
 #' library(flexFitR)
-#' data(dt_potato)
-#' explorer <- explorer(dt_potato, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
-#' mod_1 <- dt_potato |>
+#' data(dt_potato_20)
+#' explorer <- explorer(dt_potato_20, x = DAP, y = c(Canopy, PH), id = Plot)
+#' mod_1 <- dt_potato_20 |>
 #'   modeler(
 #'     x = DAP,
 #'     y = Canopy,

_pkgdown.yml

@@ -61,8 +61,8 @@ reference:
 - title: Data
   desc: Example Datasets
 - contents:
-  - dt_potato
-  - dt_chips
+  - dt_potato_20
+  - dt_potato_22
 - title: Growth Modelling
   desc: Collection of functions
 - contents:

data-raw/DATASET.R

@@ -1,12 +1,11 @@
 ## code to prepare `DATASET` dataset goes here
 
-dt_potato <- readr::read_csv("data-raw/dt_potato.csv")
+dt_potato_20 <- readr::read_csv("data-raw/dt_potato.csv")
+usethis::use_data(dt_potato_20, overwrite = TRUE)
 
-usethis::use_data(dt_potato, overwrite = TRUE)
 
-
-dt_chips <- readr::read_csv("data-raw/chips_2022.csv") |>
+dt_potato_22 <- readr::read_csv("data-raw/chips_2022.csv") |>
   select(Trial, DAP, Plot, row, range, Name, Total.yield, vine.maturity, Red:Canopy)
-names(dt_chips) <- names(dt_potato)
+names(dt_potato_22) <- names(dt_potato_20)
 
-usethis::use_data(dt_chips, overwrite = TRUE)
+usethis::use_data(dt_potato_22, overwrite = TRUE)