PhyTA

Phylogenetic tree analysis on Windows

采用极简主义中的"One Step", 基于 DNA 和 Protein 序列采用最大似然算法在 windows 系统平台中进行系统发育分析

>> Just One Step <<

• 初衷 -- 不想重复性地 coding! 不想重复性地 coding! 不想重复性地 coding!

• 解放双手 ==>> To Think!!!

1 序列对齐处理有两种选择: mafft & muscle

2 修剪对齐序列: trimAl

3 最大似然法系统发育分析有两种选择: FastTree & IQTree & RAxML (推荐使用 FastTree & IQTree, 两者速度快与 raxmlHPC)

4 系统发育树形的进一步美化, 可至 iTOL; 为快捷进行发育树的可视化调整, 增加了 table2itol 的处理操作, BeautifyTreeITOL 文件夹中有相应的脚本和相关说明(相关数据的准备中尽量使用制表符进行分割)

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• 为了便于流程的顺畅处理, 待分析的 fasta 格式序列文件统一使用 Input.fasta 进行命名, 因此需要将序列复制到 Input.fasta 文件中;

• 序列对齐的 fasta 结果文件统一使用 Align.fasta 进行命名;

! 需要有 R语言 编译环境(提前安装R包: install.packages("parallel"))