NIG_usage.txt

#稼働状況の確認
 qstat -g c

#実行ジョブの確認
 qstat  -> r (実行中), qw (待機中)

#簡単な処理であればjobを投入しなくてもこれで実行できる。
 qlogin -l s_vmem=32G -l mem_req=32G とかにするとメモリ量を増やせる。

#使用可能なディスク容量を確認できる。
 lfs quota -u [user name] /lustre7
 lfs quota -g [group name] /lustre7

#ファイルの権限など(chmod)
 https://qiita.com/ntkgcj/items/6450e25c5564ccaa1b95

#NCBIのデータベースを使ったBLASTサーチ
singularity exec --bind /usr/local/seq \
 /usr/local/biotools/b/blast\:2.6.0--boost1.64_2 blastn \
 -query contigs.fa \
 -db /usr/local/seq/blast/ncbi/nt \
 -evalue 1e-10 \
 -num_threads 24 \
 -num_alignments 5 \
 -outfmt 6 >contigs.fa.blast_vs_nt.blastout

#BLASTサーチの結果
 sc3568	FJ032693.1	95.712	723	27	3	1	722	2157	2876	0.0	1160
 sc3568	KY364697.1	95.291	722	34	0	1	722	4704	5425	0.0	1146
 sc3568	KY364696.1	95.152	722	35	0	1	722	4708	5429	0.0	1140
 sc3568	AF289049.1	95.166	724	25	5	1	722	2798	3513	0.0	1134
 sc3568	LC258398.1	94.606	723	37	2	1	722	2840	3561	0.0	1118

#ヒットした配列の取得もできる
 blastdbcmd -entry FJ032693.1 -db /usr/local/seq/blast/ncbi/nt -dbtype nucl