Code Organization

Layers

The aitom is partitioned into the following layers:

• tomominer: Provides general utilities and user interface building blocks

Target Environments

Dependency Injection

File Tree Diagram

aitom
├── classify
│   └── unsupervised
│       └── autoencoder
├── examples
├── filter
│   ├── gaussian.py
│   └── local_extrema.py
├── image
│   └── vol
│       └── partition.py
├── io
│   ├── file.py
│   └── mrcfile_proxy.py
├── pick
│   └── dog
│       └── particle_picking_dog__util.py
└── tomominer
    ├── align
    │   ├── fast
    │   │   ├── full.py
    │   │   └── util.py
    │   ├── refine
    │   │   └── gradient_refine.py
    │   └── util.py
    ├── average
    │   ├── genetic_algorithm
    │   │   └── aligned_refine.py
    │   └── util.py
    ├── common
    │   └── obj.py
    ├── core
    │   ├── cython
    │   │   ├── core.cpp
    │   │   ├── core.pyx
    │   â��   ├── wrap_core.cpp
    │   │   └── wrap_core.hpp
    │   └── src
    │       ├── affine_transform.cpp
    │       ├── affine_transform.hpp
    │       ├── align.cpp
    │       ├── align.hpp
    │       ├── arma_extend.cpp
    │       ├── arma_extend.hpp
    │       ├── dilate.cpp
    │       ├── dilate.hpp
    │       ├── fatal_error.hpp
    │       ├── fft.cpp
    │       ├── fft.hpp
    │       ├── fft_fftw.cpp
    │       ├── geometry.cpp
    │       ├── geometry.hpp
    │       ├── interpolation.cpp
    │       ├── interpolation.hpp
    │       ├── io.cpp
    │       ├── io.hpp
    │       ├── legendre.cpp
    │       ├── legendre.hpp
    │       ├── rotate.cpp
    │       ├── rotate.hpp
    │       ├── segmentation
    │       │   â��── active_contour
    │       │   │   ├── BinaryHeap.h
    │       │   │   ├── ac_distance_transform_3d.hpp
    │       │   │   ├── ac_div_AOS_3D_dll.hpp
    │       │   │   └── zy_binary_boundary_detection.hpp
    │       │   └── watershed
    │       │       ├── watershed_segmentation.cpp
    │       │       └── watershed_segmentation.hpp
    │       ├── sht.cpp
    │       ├── sht.hpp
    │       ├── wigner.cpp
    │       └── wigner.hpp
    ├── dimension_reduction
    │   ├── empca.py
    │   └── util.py
    ├── filter
    │   ├── band_pass.py
    │   └── gaussian.py
    ├── fitting
    │   └── gaussian
    │       └── one_dim.py
    ├── geometry
    │   ├── ang_loc.py
    │   └── rotate.py
    ├── image
    │   └── vol
    │       └── util.py
    ├── io
    │   ├── cache.py
    │   └── file.py
    ├── model
    │   └── util.py
    ├── parallel
    │   ├── RPCClient.py
    │   ├── RPCLoggingHandler.py
    │   ├── RPCServer.py
    │   ├── Task.py
    │   ├── queue_master.py
    │   ├── queue_server.py
    │   └── queue_worker.py
    ├── pose
    │   └── normalize
    │       ├── segmentation
    │       │   └── batch
    │       │       └── run_json_1.py
    │       └── util.py
    ├── pursuit
    │   └── multi
    │       ├── main.py
    │       ├── pattern_generate
    │       │   └── genetic_algorithm_ssnr_fsc.py
    │       ├── run.py
    │       └── util.py
    ├── readme.txt
    ├── segmentation
    │   ├── active_contour
    │   │   └── chan_vese
    │   │       └── segment.py
    │   └── watershed.py
    ├── statistics
    │   ├── regression
    │   │   └── linear.py
    │   └── ssnr.py
    └── template
        └── search
            └── cluster
                └── kmeans.py