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tuto_quentin_rebuild.md

File metadata and controls

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Ce tuto explique comment j'ai recombiné les outputs d'une simu MEDWEST60.

J'ai utilisé la version Laurent de l'outil de recombinaison NEMO. C'est un outil à compiler avec le maketools du DCM. :

  • Copier ces fichiers depuis chez moi (la version _tr m'a été donnée par Laurent. Je crois que ça permet de mieux gérer la mémoire que l'outil standard quand on recombine de gros fichiers):

    cd /gpfsstore/rech/egi/commun/MEDWEST60/MEDWEST60-GSL19-CONFIG/LB_REBUILD/

cp rebuild_nemo_tr_SLX.ksh /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/

cp rebuild_nemo_tr.f90 /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/src/

  • Se rendre dans le repertoire du DCM:

    cd /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS
# QUENTIN: remplace regi915

    Dans ce repertoire normalement tu dois avoir un executable du DCM qui s'appelle maketools et un lien vers ton fichier ARCH (.fcm). Si non, refais le lien, par exemple pour moi:

    ln -sf /linkhome/rech/genige01/regi915/CONFIGS/CONFIG_MEDWEST60/MEDWEST60-GSL01/ARCH/arch-X64_JEANZAY_SLX.fcm .
 # QUENTIN: remplace regi915

  • Pour compiler l'outil:

    ./maketools -n REBUILD_NEMO -m X64_JEANZAY_SLX
 # (modifier le -m en fonction du nom du fichier arch à utiliser)

    --> SI tout se passe bien, tu as un script .ksh et un executable .exe qui ont été créés dans le sous repertoire REBUILD_NEMO. Par exemple chez moi:

    regi915@jean-zay3:TOOLS>>ls REBUILD_NEMO/
total 35
drwxr-s--- 7 regi915 egi 4096 Sep  8 14:51 BLD
-rwxr-x--- 1 regi915 egi 8507 Sep 27  2019 icb_combrest.py
lrwxrwxrwx 1 regi915 egi  114 Sep  8 14:51 rebuild_nemo.exe -> /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/BLD/bin/rebuild_nemo.exe
-rwxr-x--- 1 regi915 egi 4632 Feb  6  2020 rebuild_nemo_SLX.ksh
lrwxrwxrwx 1 regi915 egi  117 Sep  8 14:51 rebuild_nemo_tr.exe -> /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/BLD/bin/rebuild_nemo_tr.exe
lrwxrwxrwx 1 regi915 egi  118 Sep  8 14:51 rebuild_nemo_tr2.exe -> /gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/BLD/bin/rebuild_nemo_tr2.exe
-rwxr-x--- 1 regi915 egi 2207 Feb  6  2020 rebuild_nemo_tr_SLX.ksh
drwxr-s--- 3 regi915 egi 4096 Sep  8 14:46 src

  • Ensuite pour utiliser cet outil:

    Tu te mets dans le repertoire où sont les fichiers à recombiner:

    TOOLDIR=/gpfswork/rech/egi/regi915/DEVGIT/NEMODRAK_release-3.6/NEMOREF/NEMOGCM/TOOLS/REBUILD_NEMO/
# QUENTIN: remplace regi915

NXIOS=30   # nombre de serveurs xios (ou nombre de fichiers à recombiner)
CX=883     # taille du domaine en x
CY=803     # taille du domaine en y
DL=2       # deflation level (niveau de compression  je crois)

${TOOLDIR}rebuild_nemo_tr_SLX.ksh -d ${DL} -x ${CX} -y ${CY} ${FILIN} ${NXIOS}

    $FILIN est le début du nom du fichier à recombiner (sans la fin du nom avec les chiffres _xxxx.nc ). Du coup moi pour traiter tous les fichiers je faisais une boucle du genre:

      for g in ${KK}MEDWEST60-${CONFCASE}-${eexp}_1h_2010*_${typ}* ; do
  # remove suffix (proc nb and .nc extension)
    FILIN=${g%%_0*.*}   
    ${TOOLDIR}rebuild_nemo_tr_SLX.ksh -d ${DL} -x ${CX} -y ${CY} ${FILIN} ${NXIOS}
   done

    Et tu peux aussi looper sur KK, sur typ, etc.