diff --git a/README.md b/README.md index a08fd86..30974bf 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -206,7 +206,7 @@ Sample_2021,barcode01,good * poreCov was coded with "easy to use" in mind, while staying flexible * therefore we provide a few input types which adjusts the workflow automatically (see image below) * fast5 raw data, fastq files (one sample per file), fastq_pass (the basecalling output) or fasta (supports multifastas) -* primer schemes for ARTIC can be V1, V2, V3(default), V4, V4.1 or V1200 (the 1200bp amplicon ones) +* primer schemes for ARTIC can be V1, V2, V3(default), V4, V4.1 (the 400bp amplicon ones), V1200 or V5.2.0_1200 (the 1200bp amplicon ones)

diff --git a/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/README.md b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/README.md new file mode 100644 index 0000000..fe2c676 --- /dev/null +++ b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/README.md @@ -0,0 +1 @@ +https://github.com/quick-lab/SARS-CoV-2/blob/a716b8b5f5a1f31946ddf075e3ec60b09e09096d/1200/v5.2.0_1200/SARS-CoV-2_v5.2.0_1200.primer.bed \ No newline at end of file diff --git a/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.primer.bed b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.primer.bed new file mode 100644 index 0000000..13dd3bf --- /dev/null +++ b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.primer.bed @@ -0,0 +1,58 @@ +MN908947.3 45 73 SARS-CoV-2_1200_1_LEFT 1 + ATCTCTTGTAGATCTGTTCTCTAAACGA +MN908947.3 1157 1185 SARS-CoV-2_1200_1_RIGHT 1 - GCAACTGGATAGACAGATCGAATTCTAC +MN908947.3 1073 1103 SARS-CoV-2_1200_2_LEFT 2 + GTCCAAATTTTGTATTTCCCTTAAATTCCA +MN908947.3 2185 2213 SARS-CoV-2_1200_2_RIGHT 2 - TAACAATTTCCCAACCGTCTCTAAGAAA +MN908947.3 2105 2135 SARS-CoV-2_1200_3_LEFT 1 + CTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAAC +MN908947.3 3226 3246 SARS-CoV-2_1200_3_RIGHT 1 - CTGCCGTCTTGTTGACCAAC +MN908947.3 3154 3176 SARS-CoV-2_1200_4_LEFT 2 + GCCACTTCTGCTGCTCTTCAAC +MN908947.3 4270 4294 SARS-CoV-2_1200_4_RIGHT 2 - CTTTGCCTCCTCTACAGTGTAACC +MN908947.3 4187 4211 SARS-CoV-2_1200_5_LEFT 1 + GCACTACTGAAATGCTAGCGAAAG +MN908947.3 5299 5327 SARS-CoV-2_1200_5_RIGHT 1 - ACTCTATTTGTTGGAGTGTTAACAATGC +MN908947.3 5198 5229 SARS-CoV-2_1200_6_LEFT 2 + GGTACATGTCAGCATTAAATCACACTAAAAA +MN908947.3 6329 6356 SARS-CoV-2_1200_6_RIGHT 2 - CTGACTTCAGTACATCAAACGAATTTG +MN908947.3 6250 6279 SARS-CoV-2_1200_7_LEFT 1 + AATGCAACTAATAAAGCCACGTATAAACC +MN908947.3 7357 7390 SARS-CoV-2_1200_7_RIGHT 1 - GGCCATTTGTACAAGATTAATTATTAACCACAT +MN908947.3 7282 7306 SARS-CoV-2_1200_8_LEFT 2 + GTACTTGGATTGGCTGCAATCATG +MN908947.3 8393 8423 SARS-CoV-2_1200_8_RIGHT 2 - ACATGAAATCTTTAACGTTCCATATCAAAG +MN908947.3 8320 8343 SARS-CoV-2_1200_9_LEFT 1 + CGTGACCTTGGTGCTTGTATTGA +MN908947.3 9430 9460 SARS-CoV-2_1200_9_RIGHT 1 - CATAAAATAGTAGGCAAGGCATGTTACTAC +MN908947.3 9347 9380 SARS-CoV-2_1200_10_LEFT 2 + CTAATATGTTTACACCACTAATTCAACCTATTG +MN908947.3 10461 10488 SARS-CoV-2_1200_10_RIGHT 2 - CATGAACCATTAAGGAATGAACCCTTA +MN908947.3 10381 10411 SARS-CoV-2_1200_11_LEFT 1 + CAGACTTTTTCAGTGTTAGCTTGTTACAAT +MN908947.3 11474 11507 SARS-CoV-2_1200_11_RIGHT 1 - CTACACCTGAGTAGTTAGAAGTAACAGAGATTA +MN908947.3 11390 11417 SARS-CoV-2_1200_12_LEFT 2 + GGACACTTATGAATGTCTTGACACTCG +MN908947.3 12498 12530 SARS-CoV-2_1200_12_RIGHT 2 - ATGTTGTACCATCACACGTATTTTTATATGTG +MN908947.3 12419 12444 SARS-CoV-2_1200_13_LEFT 1 + CAAGAGATGGTTGTGTTCCCTTGAA +MN908947.3 13530 13559 SARS-CoV-2_1200_13_RIGHT 1 - TCATTGTAGATGTCAAAAGCCCTGTATAC +MN908947.3 13458 13480 SARS-CoV-2_1200_14_LEFT 2 + GTTTTTAAACGGGTTTGCGGTG +MN908947.3 14579 14599 SARS-CoV-2_1200_14_RIGHT 2 - GATTACCAGAAGCAGCGTGC +MN908947.3 14491 14524 SARS-CoV-2_1200_15_LEFT 1 + TAGGTGTTGTACATAATCAGGATGTAAACTTAC +MN908947.3 15601 15631 SARS-CoV-2_1200_15_RIGHT 1 - GACACTCATAAAGTCTGTGTTGTAAATTGC +MN908947.3 15531 15551 SARS-CoV-2_1200_16_LEFT 2 + CAAGCTGTCACGGCCAATGT +MN908947.3 16646 16671 SARS-CoV-2_1200_16_RIGHT 2 - AAATGTCTCCTCAGTAGCTTTGAGC +MN908947.3 16571 16596 SARS-CoV-2_1200_17_LEFT 1 + TGACTGGACAAATGCTGGTGATTAC +MN908947.3 17686 17711 SARS-CoV-2_1200_17_RIGHT 1 - TGTGGCCTGTTAATTGCAGATGAAA +MN908947.3 17595 17627 SARS-CoV-2_1200_18_LEFT 2 + GCTTTGGTTTATGATAATAAGCTTAAAGCACA +MN908947.3 18712 18737 SARS-CoV-2_1200_18_RIGHT 2 - AATCCAATAGAATGATGCCAACAGG +MN908947.3 18636 18658 SARS-CoV-2_1200_19_LEFT 1 + AAAATAGGACCTGAGCGCACCT +MN908947.3 19762 19790 SARS-CoV-2_1200_19_RIGHT 1 - AGCTCAAATGCTACATTAACAGGTAATG +MN908947.3 19679 19712 SARS-CoV-2_1200_20_LEFT 2 + TGAAGTACCAGTTTCTATCATTAATAACACTGT +MN908947.3 20787 20819 SARS-CoV-2_1200_20_RIGHT 2 - AAATATTGACACAGTTGAGTATATTTTGCGAC +MN908947.3 20682 20711 SARS-CoV-2_1200_21_LEFT 1 + GTTGCTATGCCTAATCTTTACAAAATGCA +MN908947.3 21801 21828 SARS-CoV-2_1200_21_RIGHT 1 - CCATCATTAAATGGTAGGACAGGGTTA +MN908947.3 21695 21723 SARS-CoV-2_1200_22_LEFT 2 + CCTCAGTTTTACATTCAACTCAGGACTT +MN908947.3 22825 22858 SARS-CoV-2_1200_22_RIGHT 2 - GCAGCCTGTAAAATCATCTGGTAATTTATAATT +MN908947.3 22742 22774 SARS-CoV-2_1200_23_LEFT 1 + ATGTCTATGCAGATTCATTTGTAATTAGAGGT +MN908947.3 23868 23895 SARS-CoV-2_1200_23_RIGHT 1 - GTGTTTTTGTCTTGTTCAACAGCTATT +MN908947.3 23784 23811 SARS-CoV-2_1200_24_LEFT 2 + CATTTGTGGTGATTCAACTGAATGCAG +MN908947.3 24875 24905 SARS-CoV-2_1200_24_RIGHT 2 - TGATTTGTGGTTCATAAAAATTCCTTTGTG +MN908947.3 24797 24822 SARS-CoV-2_1200_25_LEFT 1 + CTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGC +MN908947.3 25911 25937 SARS-CoV-2_1200_25_RIGHT 1 - TGTTCAGAAATAGGACTTGTTGTGCC +MN908947.3 25784 25809 SARS-CoV-2_1200_26_LEFT 2 + GAAATGCCGTTCCAAAAACCCATTA +MN908947.3 26899 26924 SARS-CoV-2_1200_26_RIGHT 2 - TAGAAGCGGTCTGGTCAGAATAGTG +MN908947.3 26818 26840 SARS-CoV-2_1200_27_LEFT 1 + TTTCAGACTGTTTGCGCGTACG +MN908947.3 27934 27962 SARS-CoV-2_1200_27_RIGHT 1 - CTGTAAACTACATTCTTGGTGAAATGCA +MN908947.3 27832 27860 SARS-CoV-2_1200_28_LEFT 2 + TATCTTTTGGTTCTCACTTGAACTGCAA +MN908947.3 28945 28969 SARS-CoV-2_1200_28_RIGHT 2 - GCTCTCAAGCTGGTTCAATCTGTC +MN908947.3 28702 28723 SARS-CoV-2_1200_29_LEFT 1 + GATCACATTGGCACCCGCAAT +MN908947.3 29779 29802 SARS-CoV-2_1200_29_RIGHT 1 - GGCTCTTCCATATAGGCAGCTCT \ No newline at end of file diff --git a/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.reference.fasta b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.reference.fasta new file mode 100644 index 0000000..4072957 --- /dev/null +++ b/data/external_primer_schemes/nCoV-2019/V5.2.0_1200/nCoV-2019.reference.fasta @@ -0,0 +1,500 @@ +>MN908947.3 +ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCT +GTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAGTGCACT +CACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAACTCGTCTATC +TTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGCACATCTAGGTTT +CGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGGTTTCAACGAGAAAAC +ACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGTGCTCGTACGTGGCTTTGG +AGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAACATCTTAAAGATGGCACTTGTGG +CTTAGTAGAAGTTGAAAAAGGCGTTTTGCCTCAACTTGAACAGCCCTATGTGTTCATCAA +ACGTTCGGATGCTCGAACTGCACCTCATGGTCATGTTATGGTTGAGCTGGTAGCAGAACT +CGAAGGCATTCAGTACGGTCGTAGTGGTGAGACACTTGGTGTCCTTGTCCCTCATGTGGG +CGAAATACCAGTGGCTTACCGCAAGGTTCTTCTTCGTAAGAACGGTAATAAAGGAGCTGG +TGGCCATAGTTACGGCGCCGATCTAAAGTCATTTGACTTAGGCGACGAGCTTGGCACTGA +TCCTTATGAAGATTTTCAAGAAAACTGGAACACTAAACATAGCAGTGGTGTTACCCGTGA +ACTCATGCGTGAGCTTAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGG +CCCTGATGGCTACCCTCTTGAGTGCATTAAAGACCTTCTAGCACGTGCTGGTAAAGCTTC +ATGCACTTTGTCCGAACAACTGGACTTTATTGACACTAAGAGGGGTGTATACTGCTGCCG +TGAACATGAGCATGAAATTGCTTGGTACACGGAACGTTCTGAAAAGAGCTATGAATTGCA +GACACCTTTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTTGACACCTTCAATGGGGAATGTCCAAA +TTTTGTATTTCCCTTAAATTCCATAATCAAGACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAAAA +GCTTGATGGCTTTATGGGTAGAATTCGATCTGTCTATCCAGTTGCGTCACCAAATGAATG +CAACCAAATGTGCCTTTCAACTCTCATGAAGTGTGATCATTGTGGTGAAACTTCATGGCA +GACGGGCGATTTTGTTAAAGCCACTTGCGAATTTTGTGGCACTGAGAATTTGACTAAAGA +AGGTGCCACTACTTGTGGTTACTTACCCCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTATTGTCCAGC +ATGTCACAATTCAGAAGTAGGACCTGAGCATAGTCTTGCCGAATACCATAATGAATCTGG +CTTGAAAACCATTCTTCGTAAGGGTGGTCGCACTATTGCCTTTGGAGGCTGTGTGTTCTC +TTATGTTGGTTGCCATAACAAGTGTGCCTATTGGGTTCCACGTGCTAGCGCTAACATAGG +TTGTAACCATACAGGTGTTGTTGGAGAAGGTTCCGAAGGTCTTAATGACAACCTTCTTGA +AATACTCCAAAAAGAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGTGACTTTAAACTTAATGAAGA +GATCGCCATTATTTTGGCATCTTTTTCTGCTTCCACAAGTGCTTTTGTGGAAACTGTGAA +AGGTTTGGATTATAAAGCATTCAAACAAATTGTTGAATCCTGTGGTAATTTTAAAGTTAC +AAAAGGAAAAGCTAAAAAAGGTGCCTGGAATATTGGTGAACAGAAATCAATACTGAGTCC +TCTTTATGCATTTGCATCAGAGGCTGCTCGTGTTGTACGATCAATTTTCTCCCGCACTCT +TGAAACTGCTCAAAATTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGGCCGCTATAACAATACTAGATGG +AATTTCACAGTATTCACTGAGACTCATTGATGCTATGATGTTCACATCTGATTTGGCTAC +TAACAATCTAGTTGTAATGGCCTACATTACAGGTGGTGTTGTTCAGTTGACTTCGCAGTG +GCTAACTAACATCTTTGGCACTGTTTATGAAAAACTCAAACCCGTCCTTGATTGGCTTGA +AGAGAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCTTAGAGACGGTTGGGAAATTGTTAAATTTAT +CTCAACCTGTGCTTGTGAAATTGTCGGTGGACAAATTGTCACCTGTGCAAAGGAAATTAA +GGAGAGTGTTCAGACATTCTTTAAGCTTGTAAATAAATTTTTGGCTTTGTGTGCTGACTC +TATCATTATTGGTGGAGCTAAACTTAAAGCCTTGAATTTAGGTGAAACATTTGTCACGCA +CTCAAAGGGATTGTACAGAAAGTGTGTTAAATCCAGAGAAGAAACTGGCCTACTCATGCC +TCTAAAAGCCCCAAAAGAAATTATCTTCTTAGAGGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTGTT +AACAGAGGAAGTTGTCTTGAAAACTGGTGATTTACAACCATTAGAACAACCTACTAGTGA +AGCTGTTGAAGCTCCATTGGTTGGTACACCAGTTTGTATTAACGGGCTTATGTTGCTCGA +AATCAAAGACACAGAAAAGTACTGTGCCCTTGCACCTAATATGATGGTAACAAACAATAC +CTTCACACTCAAAGGCGGTGCACCAACAAAGGTTACTTTTGGTGATGACACTGTGATAGA +AGTGCAAGGTTACAAGAGTGTGAATATCACTTTTGAACTTGATGAAAGGATTGATAAAGT +ACTTAATGAGAAGTGCTCTGCCTATACAGTTGAACTCGGTACAGAAGTAAATGAGTTCGC +CTGTGTTGTGGCAGATGCTGTCATAAAAACTTTGCAACCAGTATCTGAATTACTTACACC +ACTGGGCATTGATTTAGATGAGTGGAGTATGGCTACATACTACTTATTTGATGAGTCTGG +TGAGTTTAAATTGGCTTCACATATGTATTGTTCTTTCTACCCTCCAGATGAGGATGAAGA +AGAAGGTGATTGTGAAGAAGAAGAGTTTGAGCCATCAACTCAATATGAGTATGGTACTGA +AGATGATTACCAAGGTAAACCTTTGGAATTTGGTGCCACTTCTGCTGCTCTTCAACCTGA +AGAAGAGCAAGAAGAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAACAAACTGTTGGTCAACAAGA +CGGCAGTGAGGACAATCAGACAACTACTATTCAAACAATTGTTGAGGTTCAACCTCAATT +AGAGATGGAACTTACACCAGTTGTTCAGACTATTGAAGTGAATAGTTTTAGTGGTTATTT +AAAACTTACTGACAATGTATACATTAAAAATGCAGACATTGTGGAAGAAGCTAAAAAGGT +AAAACCAACAGTGGTTGTTAATGCAGCCAATGTTTACCTTAAACATGGAGGAGGTGTTGC +AGGAGCCTTAAATAAGGCTACTAACAATGCCATGCAAGTTGAATCTGATGATTACATAGC +TACTAATGGACCACTTAAAGTGGGTGGTAGTTGTGTTTTAAGCGGACACAATCTTGCTAA +ACACTGTCTTCATGTTGTCGGCCCAAATGTTAACAAAGGTGAAGACATTCAACTTCTTAA +GAGTGCTTATGAAAATTTTAATCAGCACGAAGTTCTACTTGCACCATTATTATCAGCTGG +TATTTTTGGTGCTGACCCTATACATTCTTTAAGAGTTTGTGTAGATACTGTTCGCACAAA +TGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAAAAATCTCTATGACAAACTTGTTTCAAGCTTTTTGGA +AATGAAGAGTGAAAAGCAAGTTGAACAAAAGATCGCTGAGATTCCTAAAGAGGAAGTTAA +GCCATTTATAACTGAAAGTAAACCTTCAGTTGAACAGAGAAAACAAGATGATAAGAAAAT +CAAAGCTTGTGTTGAAGAAGTTACAACAACTCTGGAAGAAACTAAGTTCCTCACAGAAAA +CTTGTTACTTTATATTGACATTAATGGCAATCTTCATCCAGATTCTGCCACTCTTGTTAG +TGACATTGACATCACTTTCTTAAAGAAAGATGCTCCATATATAGTGGGTGATGTTGTTCA +AGAGGGTGTTTTAACTGCTGTGGTTATACCTACTAAAAAGGCTGGTGGCACTACTGAAAT +GCTAGCGAAAGCTTTGAGAAAAGTGCCAACAGACAATTATATAACCACTTACCCGGGTCA +GGGTTTAAATGGTTACACTGTAGAGGAGGCAAAGACAGTGCTTAAAAAGTGTAAAAGTGC +CTTTTACATTCTACCATCTATTATCTCTAATGAGAAGCAAGAAATTCTTGGAACTGTTTC +TTGGAATTTGCGAGAAATGCTTGCACATGCAGAAGAAACACGCAAATTAATGCCTGTCTG +TGTGGAAACTAAAGCCATAGTTTCAACTATACAGCGTAAATATAAGGGTATTAAAATACA +AGAGGGTGTGGTTGATTATGGTGCTAGATTTTACTTTTACACCAGTAAAACAACTGTAGC +GTCACTTATCAACACACTTAACGATCTAAATGAAACTCTTGTTACAATGCCACTTGGCTA +TGTAACACATGGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGTATATGAGATCTCTCAAAGTGCC +AGCTACAGTTTCTGTTTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCGTATAATGGTTATCTTACTTC +TTCTTCTAAAACACCTGAAGAACATTTTATTGAAACCATCTCACTTGCTGGTTCCTATAA +AGATTGGTCCTATTCTGGACAATCTACACAACTAGGTATAGAATTTCTTAAGAGAGGTGA +TAAAAGTGTATATTACACTAGTAATCCTACCACATTCCACCTAGATGGTGAAGTTATCAC +CTTTGACAATCTTAAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGGACTATTAAGGTGTTTAC 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+MN908947.3 23868 23895 SARS-CoV-2_1200_23_RIGHT 1 - +MN908947.3 23784 23811 SARS-CoV-2_1200_24_LEFT 2 + +MN908947.3 24875 24905 SARS-CoV-2_1200_24_RIGHT 2 - +MN908947.3 24797 24822 SARS-CoV-2_1200_25_LEFT 1 + +MN908947.3 25911 25937 SARS-CoV-2_1200_25_RIGHT 1 - +MN908947.3 25784 25809 SARS-CoV-2_1200_26_LEFT 2 + +MN908947.3 26899 26924 SARS-CoV-2_1200_26_RIGHT 2 - +MN908947.3 26818 26840 SARS-CoV-2_1200_27_LEFT 1 + +MN908947.3 27934 27962 SARS-CoV-2_1200_27_RIGHT 1 - +MN908947.3 27832 27860 SARS-CoV-2_1200_28_LEFT 2 + +MN908947.3 28945 28969 SARS-CoV-2_1200_28_RIGHT 2 - +MN908947.3 28702 28723 SARS-CoV-2_1200_29_LEFT 1 + +MN908947.3 29779 29802 SARS-CoV-2_1200_29_RIGHT 1 - \ No newline at end of file diff --git a/modules/filter_fastq_by_length.nf b/modules/filter_fastq_by_length.nf index 9c264e3..06a67c4 100644 --- a/modules/filter_fastq_by_length.nf +++ b/modules/filter_fastq_by_length.nf @@ -9,7 +9,7 @@ process filter_fastq_by_length { read_min_length = params.minLength read_max_length = params.maxLength - if ( params.primerV.matches('V1200')) { + if ( params.primerV.matches('V1200') || params.primerV.matches('V5.2.0_1200') ) { if ( !params.minLength ) { read_min_length = 100 } if ( !params.maxLength ) { read_max_length = 1500 } } diff --git a/poreCov.nf b/poreCov.nf index 0cf7d5e..bb130bb 100755 --- a/poreCov.nf +++ b/poreCov.nf @@ -521,11 +521,11 @@ ${c_yellow}Parameters - SARS-CoV-2 genome reconstruction (optional)${c_reset} --primerV Supported primer variants or primer bed files - choose one [default: ${params.primerV}] ${c_dim}ARTIC:${c_reset} V1, V2, V3, V4, V4.1, V.5, V.5.1, V.5.3.2_400 ${c_dim}NEB:${c_reset} VarSkipV1a, VarSkipV2, VarSkipV2b - ${c_dim}Other:${c_reset} V1200 ${c_dim}(also known as midnight)${c_reset} + ${c_dim}Other:${c_reset} V1200, V5.2.0_1200 ${c_dim}(also known as midnight)${c_reset} ${c_dim}Primer bed file:${c_reset} e.g. primers.bed ${c_dim}See Readme for more help${c_reset} --rapid rapid-barcoding-kit was used [default: ${params.rapid}] --minLength min length filter raw reads [default: 100] - --maxLength max length filter raw reads [default: 700 (primer-scheme: V1-4, rapid); 1500 (primer-scheme: V1200)] + --maxLength max length filter raw reads [default: 700 (primer-scheme: V1-4, rapid); 1500 (primer-scheme: V1200, V5.2.0_1200)] --min_depth nucleotides below min depth will be masked to "N" [default ${params.min_depth}] --medaka_model medaka model for the artic workflow [default: ${params.medaka_model}] e.g. "r941_min_hac_g507" or "r941_min_sup_g507" @@ -632,7 +632,7 @@ def read_length() { log_msg_read_min_length = params.minLength log_msg_read_max_length = params.maxLength - if ( params.primerV.matches('V1200')) { + if ( params.primerV.matches('V1200') || params.primerV.matches('V5.2.0_1200') ) { if ( !params.minLength ) { log_msg_read_min_length = 400 } if ( !params.maxLength ) { log_msg_read_max_length = 1500 } } diff --git a/workflows/process/seqrs.nf b/workflows/process/seqrs.nf index 34b11b9..751c9af 100644 --- a/workflows/process/seqrs.nf +++ b/workflows/process/seqrs.nf @@ -14,6 +14,7 @@ process seqrs { seqrs --genomes ${fasta} --primerbed ${primerbed}/V5.1/nCoV-2019.primer.bed --results V5-1-primer-to-repair-Ns-for_${name}.tsv -a 400 seqrs --genomes ${fasta} --primerbed ${primerbed}/V5.3.2_400/nCoV-2019.primer.bed --results V5.3.2_400-primer-to-repair-Ns-for_${name}.tsv -a 400 seqrs --genomes ${fasta} --primerbed ${primerbed}/V1200/nCoV-2019.bed --results V1200-primer-to-repair-Ns-for_${name}.tsv -a 1200 + seqrs --genomes ${fasta} --primerbed ${primerbed}/V5.2.0_1200/nCoV-2019.primer.bed --results V5.2.0_1200-primer-to-repair-Ns-for_${name}.tsv -a 1200 """ stub: """