文献管理助手（Reference Manager）帮助您更好地管理文献。文献管理助手具有全文PDF批量下载并标准化重命名、文献附件管理、文献标注等多种实用功能。
每位科研工作者都需要花费大量的时间进行文献阅读，而文献管理通常比较繁琐、耗时。在我阅读文献过程中，总结了以下常见的‘痛点’：
- 多软件切换问题：阅读文献时需要在浏览器、文献管理软件甚至PDF阅读器之间反复切换，对阅读连贯性偶有影响。
- 文献分类管理问题：文献管理软件通常默认将文献收藏至一个项目，如希望将文献进行分类收藏通常需要返回文献管理软件进行设置，此过程繁琐，如不仔细常导致收藏文献分类混乱。
- 文献备注问题：将文献导入文献管理软件时通常无法即刻对文献做备注，随着收藏文献数量的增多，很多时候已忘记此文献内容及收藏此文献的用意。
- 全文下载问题：尽管很多文献管理软件有自动下载文献全文功能，但通常比较鸡肋，很多文献无法自动找到并下载。
- 全文PDF文件名问题：无论是自动还是手动下载的文献全文PDF，其默认文件名通常为类似乱码的格式，如不及时更改很快便难以寻找。此外，很多研究团队要求将全文PDF的文件名设置为统一格式如第一作者-杂志名-标题，而修改文件名这一过程非常繁琐、耗时。在导师要求将全文发给他的时候，学生通常需要花费大量时间整理文献并重命名PDF。
- 文献附件管理问题：很多文献有附件（supplemental material），这些附件多有很重要的价值，但默认下载的附件文件名形式各异，且文献管理软件通常不能对附件进行很好分类管理，管理文献附件有时会十分棘手。
基于对以上‘痛点’的理解，我制作了EasyPubMed文献管理助手（Reference Manager）。针对以上各‘痛点’，文献管理器具备以下特点予以解决：
- 多软件切换问题：文献管理助手完全在浏览器中运行。此外，目前浏览器如Edge，其PDF阅读功能已经十分完备，不但可以阅读PDF还可以做标记、备注。因此，文献阅读时文献搜索、管理、阅读均可以在浏览器中完成，不必再多个软件中反复切换。
- 文献分类管理问题：文献管理助手默认文献按照项目（Project）进行分类存放。在PubMed搜索界面设计了收藏（Collect）功能，可以一键快速收藏文献至所对应项目。
- 文献备注问题：收藏时可以即刻对文献进行旗标、星价、加标签并输入备注，方便以后查找、阅读。在文献管理界面可以随时对上述标注进行修改。
- 全文下载问题：默认支持从UnpayWall、Sci-Hub、Libgen多渠道下载文献全文，大多数文献都可以轻易获取
- 全文PDF文件名问题：支持自动重命名下载的全文PDF，所有下载的全文PDF命名整齐划一。
- 文献附件管理问题：每篇文献的附件都保存在独立的文件夹中，且下载时可以自定义文件名，方便寻找。
目前支持三种方式：
- 通过PubMed网站EasyPubMed工具条Collect功能收藏文献
- 在菜单栏点击"New Article"进入界面，可以通过搜索PubMed、Zotero、PMID、DOI号码插入文献
- 在菜单栏点击‘IMPORT’通过导入BIBTEX、RIS、CSL-JSON格式的文件将其他文献管理软件内文献插入。建议使用RIS格式导入，其与文献管理软件兼容性最好。
文献管理提供两种文献下载方式：单篇文献下载、批量文献下载
- 单篇文献下载：点击每条文献右侧操作按键区‘Download’按键，即可自动下载单篇文献。
- 批量文献下载：点击‘Batch Download’按键进入批量下载文献全文界面。
- 1. 设置 在地址栏输入‘chrome://settings/downloads’（chrome浏览器）或‘edge://settings/downloads’（edge浏览器）打开浏览器下载设置界面。**确保关闭‘下载前询问每个文件的保存位置’功能。如不关闭，当文献批量下载时，每下载一篇文献就会询问一次文献全文PDF保存的位置。**设置完成后，点击‘Downloads settings have been set correctly’进入下一步
- 2. 批量下载 选择希望批量下载文献的项目，点击下载（Download）开始批量下载。批量下载时会显示批量下载界面信息（Download Article Detail）界面，界面会展示下载进度、需下载文章数、成功下载文章数（Success）、正在下载文章数（Downloading）、等待下载文章（Waiting）。下载过程会需要一定时间，可以点击隐藏（Hide）隐藏下载界面。当下载完成后会出现如下界面提示下载已完成（Download Complete）。如下载过程中出现错误，可以通过刷新页面（按F5键）停止全部下载。
文献全文默认保存在‘浏览器默认下载文件夹/EasyPubMed/项目名’内，文献附件保存在‘浏览器默认下载文件夹/EasyPubMed/项目名/文献名/’文件夹内。浏览器默认下载文件夹可在chrome://settings/downloads（chrome浏览器）或edge://settings/downloads（edge浏览器）设置。
可以，点击‘Export’进入文献导出界面，选择希望导出的项目名称及文献格式（BIBTEX、RIS、CSL-JSON）。建议使用RIS格式导出，其与文献管理软件兼容性最好。点击复制按键即可复制相应文献信息到剪贴板，点击‘Export to file’即可将文献以选定格式导出到您选定的文件夹内。一般文献管理软件均支持BIBTEX、RIS格式的文献导入，具体操作参见各软件使用指南。
添加文献 全文：如果您已经通过其他途径获取到原文PDF或其下载地址，您可以通过此按键将全文添加到助手中。点击‘ATTACH’按键，进入添加全文界面（‘Attach Full-text URL/PDF’）。操作过程见上方动图。
- 如您可获得全文下载网址，可在‘Input Full-text URL’输入框中输入此网址，点击其后方的绿色按键完成添加
- 如您已下载全文PDF至电脑，可点击‘Input Full-text PDF’，您可以在弹出的文件选择框中选择已下载的全文PDF，而后点击其后方绿色按键完成添加
添加文献附件：文献管理助手可以帮助管理文献的附件（supplementary material）。将鼠标悬停到‘Attach’按键上方，其下方会出现‘Supplement’按键，点击此按键可以进入添加附件界面。操作过程见上方动图。
- 可在‘Supplementary Material Label’设置附件标签，此标签将被自动重命名下载的附件
- 与添加全文PDF一致，助手也提供两种添加附件的方式：通过链接（Supplementary Material URL）或通过选择已下载文件（Upload Supplementary Material）添加附件，详情参考上图动画
- 当该文献存在附件（Supplement）时，将鼠标悬停到‘Download’/‘Open’按键上方，其下方会出现‘Supplement’按键，点击此按键可以进入打开附件界面
点击EasyPubMed图标，在弹出页面点击Reference Manager即可进入文献管理助手。目前文献文献管理助手仅有英文版本。
当选择文献全文命名格式后，文件名样例将在Filename Example处展示。目前支持以下几种格式
- Title：全文PDF以标题命名
- LastAuthorFamilyName-FirstAuthorFamilyName-Year-JournalName-Title：全文PDF以最后作者姓-第一作者姓-发表年份-杂志名缩写-标题命名
- PMID：全文PDF以PMID命名
- PMID-Title：全文PDF以PMID-标题形式命名
如果您研究团队需要其他文献命名方式，您可以通过发送邮件到[email protected]或在https://github.com/naivenaive/EasyPubMed/issues中发起新提议以将您的需求告知我，我将在后续版本中加入反馈需求较集中的全文PDF命名格式。
文献管理助手默认的标签（Tag）有Read、Go throurh reference、Discussion，即新建项目时，这些标签是默认可选择的。如果您需要设置其他默认标签，您可以在Add Default Tag处输入，并按回车键或点击后方'+'添加。双击标签可以删除。
- 备份： 在更换浏览器或更换电脑时需要导出插件中所有文献及附件，点击“BACKUP”按键可一键备份插件中所包含的全部文献及附件信息（注意：附件信息仅在允许插件访问文件 URL时可实现，请点击管理插件->详细信息->允许访问文件 URL设置）,备份成功会自动下载.epbak文件。
- 加载：点击“LOAD BACKUP FROM FILE”选择需加载的备份文件（.epbak）,即可自动加载。如果在相同项目内存在相同标签的文献，那么备份文件中相关内容将被自动忽略。
菜单区位于界面上方，其中各按键功能如下
可在此处下拉菜单选择项目（Project），默认项目为My Collection。除设置项目外，第一个项目为‘ALL PROJECT’，选择此项目将会在文献展示界面展示所有的文献（如多个项目含有同一个文献，此文献将只展示一次）。选择‘ALL PROJECT’项目主要用于搜索文献食用。
在此界面可以对项目进行编辑。可在‘Add Project’输入框中输入新建的项目名称，点击回车或后方＋按键创建新的项目。项目名称不能重复且不能以下划线‘_’开始。项目列表（Project List）展示已创建的项目，点击各项目后方✎按键重命名项目，点击项目后方🗑按键删除此项目。
在此界面可以搜索并添加文献至项目。目前支持四种搜索模式：Pubmed、Zotero、PMID、DOI
- Pubmed：搜索Pubmed数据库，可以键入文章题目、PMID号等内容，其搜索结果与PubMed搜索基本一致
- Zotero：搜索Zotero数据库，可以搜索论文、书籍等内容
- PMID：根据PMID号码搜索
- DOI：根据DOI搜索，DOI号码为以‘10.’开头如‘10.1080/13548506.2018.1529323’
搜索结果将在下方展示，点击文献将进入文献标注编辑界面,操作方式介绍见编辑文献标注。点击‘ADD’将文献添加到目前项目。
导入完成后，会出现如下界面，请再次确认希望导入的项目，并点击确定（Confirm）完成导入。
为了最佳的兼容性，建议选择RIS格式导入。导入文献操作请参见导入演示。
可以通过文献导出（Export Article）界面将文献管理助手中的参考文献导出。导出前请选择需要将文献所导出的项目名称（Export Project），如果希望导出部分参考文献，请先勾选希望导出文献前方的选择框，并选择输出项目（Export Project）框中的‘Selected Articles ’项目。目前助手支持三种导出格式（Reference Type）：BIBTEX、RIS、CSL-JSON。可以点击‘🗍’标志复制复制文献信息，也可以选择将参考文献信息导出到文件（Export to file）。为了最佳的兼容性，建议选择RIS格式导出。导出文献操作请参见导出演示。
在此界面可以批量下载文献全文。实现批量下载分为两个步骤：
- 设置
-
- 下载设置（Downloads Settings） 初次使用，通过在地址栏输入‘chrome://settings/downloads’（chrome浏览器）或‘edge://settings/downloads’（edge浏览器）打开浏览器下载设置界面。
-
- 在此界面可以设置默认文献下载目录（Location）。
-
- 请确保关闭‘下载前询问每个文件的保存位置’功能。如不关闭，当文献批量下载时，每下载一篇文献就会询问一次文献全文PDF保存的位置。
-
- 设置完成后，点击‘Downloads settings have been set correctly’进入下一步
-
- 批量下载
-
- 选择希望批量下载文献的项目
-
- 点击下载（Download）开始批量下载。
-
进入批量下载界面信息（Download Article Detail）界面后上方会展示下载进度、需下载文章数、成功下载文章数（Success）、正在下载文章数（Downloading）、等待下载文章（Waiting）。下载过程会需要一定时间，可以点击隐藏（Hide）隐藏下载界面。当下载完成后会出现如下界面提示下载已完成（Download Complete）。如希望了解此次下载信息，可以在Batch Download Article界面点击Last download detail了解。如下载过程中出现错误，可以通过刷新页面（按F5键）停止全部下载。
批量下载演示参见如何通过文献管理助手下载文献全文PDF
点击‘⚙️’进入设置界面，此界面功能与初次使用时页面相同。可在此界面设置文献全文文件名格式、默认标签。具体介绍请参考初次使用。
可在搜索（Search）输入框内输入论文标题、作者、杂志名、标签、备注、PMID、PMCID、DOI以搜索。搜索结果将在文献展示区展示。
过滤界面默认是隐藏状态，点击右侧‘⬇’打开过滤界面，在此点击可隐藏过滤界面。在过滤界面可以通过标签（Tags）、星价（Star）、论文发表年份（Year）范围、论文影响因子（Impact factor）范围、旗标（蓝旗标、红旗标）及是否有已下载全文PDF进行过滤。过滤结果将在文献展示区展示。
如上图所示，文献展示界面包含四个功能部分选择、排序、文献信息及标注、操作按键。
点击上方全选按键（Select All），可以选择当前项目全部文献。点击文献前方框，可以选中此文献。该功能主要用于将特定的文献输出。
目前支持5种排序方法，再次点击排序按键将以相反顺序排序，
- 依据更新时间（Update Time）排序：默认先展示近期添加文献
- 依据标题（Title）排序：默认根据标题首字母顺序排序
- 依据杂志（Journal）排序：默认根据杂志首字母顺序排序
- 依据发表年份（Year）排序：默认根据文章发表年份由小到大顺序排序
- 依据杂志影响因子（IF）排序：默认根据杂志首影响因子由小到大排序
- 依据文章星价（Star）排序：默认根据文章星价由小到大（1星至5星）顺序排序
- 由上至下、由左至右依次展示：文章标题、杂志（包含杂志影响因子（IF）、JCR分区（Q）、中科院分区（B）)、发表年份、第一作者姓名、最后作者姓名、PMID（点击可连接至PubMed）、PMCID（点击可链接至PMC）、DOI（点击可链接至文章页面）
- 下方依次展示您对此文章的标记：星价、旗标、标签（Tag）以及备注
- 最后一行展示杂志摘要，点击‘下箭头’按键即可展示此文章在PubMed中摘要,此区域支持选中+翻译按键（默认为‘T’）翻译。
- 初次加载文章时，‘Download’按键初始为失活（灰色）状态。系统会自动获取文献全文PDF链接，如获取成功，‘Download’按键变为蓝色激活状态。
- 点击激活的‘Download’按键会自动下载PDF，下载成功后按键会变为‘Open’。下载演示参见如何通过文献管理助手下载文献全文PDF
- 点击‘Open’按键会在浏览器内打开此篇PDF文档。
- 如上图,当该文献存在附件（Supplement）时（附件添加方法见文献附件添加），将鼠标悬停到此按键上方，其下方会出现‘Supplement’按键，点击此按键可以打开附件界面
- 附件界面展示此片文献存在的所有附件，可以通过操作右侧按键进行操作包括：打开附件、打开附件所在文件夹、删除附件
此界面与EasyPubMed工具条点击‘Citation’所展示界面相同，在此界面进行的设置可以自动保存与EasyPubMed工具条‘Citation’所展示界面同步
- ① 选择需要的引用格式（Citation Style），可选择的引用格式包括CSL格式和自定义的3种格式。CSL(Citation Style language)是目前开发最为完备的文献引用编辑语言，支持自动生成10000+杂志的文内引用格式及文末参考文献格式。CSL支持的杂志EasyPubMed插件均支持。自定义的3种格式为科研人员经常在做论文笔记时使用的文献引用格式：
- Quick Reference（Last Author）：文内引用格式为通讯作者，发表年份，杂志名缩写[影响因子，PMID],文末参考文献格式为杂志名缩写.发表年份 月份 日期；卷（期）：页码
- Quick Reference（First, Last Author）：文内引用格式为通讯作者，发表年份，杂志名缩写[影响因子，PMID],文末参考文献格式同上
- Powerpoint Reference:为制作幻灯片时常用的文献引用格式，形式为第一作者（如作者有多人则跟随et al.） 杂志名缩写 发表年份 如您在使用中有其他文献引用格式需求，可以通过错误报告及建议联系我，我将在后续版本中加入反馈需求较集中的文献引用格式。
- ② 选择引用语言，默认为自动（Auto），通常不需要更改
- ③ 展示文内引用格式，点击前方🗍可复制
- ④ 展示文末参考文献格式，点击前方🗍可复制
- ⑤ 选择文献格式，支持BIBTEX、RIS、CSL-JSON三种格式，可将文献信息导入Endnote、Citavi、Zotero、NoteExpress等文献管理软件
- ⑥ 复制文献信息
- ⑦ 根据⑤选择的格式展示相应文献信息
- 点击此按键链接至所找到全文PDF的网站
- 将鼠标悬停到此按键上方，如果该文献存在doi号，其下方会出现‘SCI-HUB LINK’按键，点击此按键可以直接打开此文献所对应SCI-HUB网站链接
当导入从文献管理软件输出的文献时，该文献的信息可能并不完整如没有PMID、DOI号，因此助手可能无法通过导入的信息帮助找到文章全文。此时，可以点击‘Update Ref’按键进入更新参考文献界面，可通过以下操作帮助从互联网获取文献更完整的信息。
- 点击‘Find PMID/DOI’，助手会默认搜索PubMed数据库，并展示搜索结果。
- 如果搜索到您想加载的文献，请点击此文章，界面会在上方展示原始文献信息（Original Information），下方展示更新后的文献信息（New Information）。点击下方Update完成更新。
- 如果PubMed数据库未找到心仪的文献，可以点击Find more，助手将会搜索DOI数据库查找文献，若能找到目标文献，可以通过上述方法更新。
- 如果两种方法均不能找到此文件信息，您可以在‘Reference Data’处以CSL格式手动输入文献信息并更新。如您对CSL不熟悉，不建议常规使用。
添加全文 如果您已经通过其他途径获取到原文PDF或其下载地址，您可以通过此按键将全文添加到助手中。点击‘ATTACH’按键，进入添加全文界面（‘Attach Full-text URL/PDF’）
助手提供两种添加文献全文方式
- 如您可获得全文下载网址，可在‘Input Full-text URL’输入框中输入此网址，点击其后方的绿色按键完成添加
- 如您已下载全文PDF至电脑，可点击‘Input Full-text PDF’，您可以在弹出的文件选择框中选择已下载的全文PDF，而后点击其后方绿色按键完成添加
添加文献附件 文献管理助手可以帮助管理文献的附件（supplementary material）。将鼠标悬停到此按键上方，其下方会出现‘Supplement’按键，点击此按键可以进入添加附件界面
- 可在‘Supplementary Material Label’设置附件标签，此标签将被自动重命名下载的附件
- 与添加全文PDF一致，助手也提供两种添加附件的方式：通过链接（Supplementary Material URL）或通过选择已下载文件（Upload Supplementary Material）添加附件，详情参考上图动画
- 当该文献存在附件（Supplement）时，将鼠标悬停到‘Download’/‘Open’按键上方，其下方会出现‘Supplement’按键，点击此按键可以进入打开附件界面
如插件未能寻找到全文、或下载的文献全文不正确，可以点击‘Reload’按键，助手将会清除已下载原文，并重新从网络获取文献全文地址。
文献全文默认保存在‘浏览器默认下载文件夹/EasyPubMed/项目名’内，文献附件保存在‘浏览器默认下载文件夹/EasyPubMed/项目名/文献名/’内。浏览器默认下载文件夹可在chrome://settings/downloads（chrome浏览器）或edge://settings/downloads（edge浏览器）设置。
另存为文献全文PDF到您希望保存的位置，见上图
此界面与EasyPubMed工具条点击‘Collect’所展示界面类似，在此界面进行的设置可以自动保存与EasyPubMed工具条。
- ① 界面上方显示此篇文章的基本信息包括题目（Title）、发表杂志（Journal）、作者（Author）、PMID、DOI
- ② 为此文章进行星价，点击末端‘🗘’键可以重新评价
- ③ 为此文章设立红旗标记或绿旗标记，您可以自定义各标记意义，如红旗表示文章重要，蓝旗表示文章需要进一步阅读等
- ④、⑤为此文章设立标签（Tag），默认标签有Read、Go through reference、Discussion，默认标签可在设置处设置。点击‘Add Tag’输入框会弹出目前项目已设立标签并可选择，也可在输入框输入新的标签，点按回车或后方➕键加入标签。已设立的标签会在左侧展示，双击已加入标签可以将其删除
- ⑥ 为此文章注释（note），如可输入备注信息
- ⑦ 点击‘Update’键，文献标注信息将被更新，点击‘Close’键关闭界面
如上图，点击‘Delete’删除此篇参考文献。如果勾选‘Delete the linked PDF file’，与此文献关联的全文PDF也将被删除。
文献管理助手（Reference Manager）是EasyPubMed插件最新开发的功能。EasyPubMed是完全免费的，但此扩展开发过程需要耗费很多的时间和精力。
如果您觉得此扩展有用、好用，能否请作者吃一份烤冷面（10元），喝一杯咖啡（20元），一盘锅包肉（50元）或一顿美味的海底捞（100元）呢？我将深受鼓舞并尽力维护好此项目。
田振
经历
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2010-2015：上海交通大学医学院就读临床医学
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2015-2018：复旦大学上海医学院就读；华山医院皮肤科住院医生
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2018-今：自由职业，等待机会与希望，运似轻舟，世间沧海，愿神庇佑
兴趣爱好
- 聊人生和希望
- 皮肤病诊疗 (银屑病、痤疮、脱发等), 医疗美容 (护肤品、激光等)
- 医学科普及医学教育
- 医学统计及生物信息学，使用R、Python处理医学相关数据
- 前端编程（JavaScript、CSS、HTML、Vue）开发扩展
如果您和我有相似的兴趣，或者您遇到困难觉得我的兴趣爱好可能对您有所帮助，亦或您单纯想同我聊一聊人生和希望，欢迎与我联系。
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