diff --git a/tools/pairtools/parse.xml b/tools/pairtools/parse.xml index 2a39a8198c2..9c78ac223b8 100644 --- a/tools/pairtools/parse.xml +++ b/tools/pairtools/parse.xml @@ -1,4 +1,4 @@ - + Find ligation pairs in alignments and create pairs. macros.xml @@ -8,7 +8,9 @@ pairtools parse '$sam_path' -c '$chroms_path' - $assembly + #if str($assembly_name).strip(): + --assembly '$assembly_name' + #end if -o '$output_parsed_pairs' --min-mapq '$min_mapq' --max-molecule-size '$max_molecule_size' @@ -27,7 +29,7 @@ - + @@ -112,6 +114,16 @@ + + + + + + + + + +