diff --git a/tools/miniprot/macros.xml b/tools/miniprot/macros.xml index 44748209a1e..3c33e93db1a 100644 --- a/tools/miniprot/macros.xml +++ b/tools/miniprot/macros.xml @@ -1,5 +1,5 @@ - 0.10 + 0.12 10.1093/bioinformatics/btad014 diff --git a/tools/miniprot/miniprot.xml b/tools/miniprot/miniprot.xml index 60b2d594615..2b3ec7f2083 100644 --- a/tools/miniprot/miniprot.xml +++ b/tools/miniprot/miniprot.xml @@ -30,7 +30,7 @@ #if str($adv.mapping.intron_size.mode) == 'manual' -G $adv.mapping.intron_size.max_intron #elif str($adv.mapping.intron_size.mode) == 'auto' - -I + -I #end if #if str($adv.output.prefix) != 'MP' @@ -40,6 +40,8 @@ --outn=$adv.output.outputs_per_query --outc=$adv.output.output_fraction_query --outs=$adv.output.output_score_least + $adv.output.output_translated_protein + $adv.output.output_no_cs $adv.output.output_residue_alignment #end if #if str($db.dbtype) == 'fasta' @@ -58,6 +60,7 @@ #end if '$protein_fasta' > '$output_alignment' ]]> + @@ -65,19 +68,19 @@ - - - - - + + + + + - + - - + + @@ -89,34 +92,34 @@
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@@ -147,7 +151,7 @@ - + @@ -156,40 +160,40 @@ - + - + - - + + - - + + - - + + - + - + - + - + @@ -197,7 +201,6 @@ - @@ -212,13 +215,139 @@ - + + + + + + + + + + + + + +
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