extract_by_mask

library("dismo")
library("rgdal")
#------------Accesos carpetas almacenamiento y shape mascaras
opath1 <- "Dir_M/" # Directorio para guardar las capas recortadas.
pname1 <- raster("./msk.tif")  # Nombre del archivo raster de las mascara.

#-----------------------------------------------------Especie
#Seleccionar directorio de trabaja.
setwd("Dir/") # Definir el directorio de la carpeta en donde se encuentran las capas a recortar.
ipath <- "Dir/"  # Cargar el directorio de las capas a recortar. 
#
opath <- opath1 # Renombrar mascara de trabajo.

#Read your polygon boundary
ppoly <- pname1 #if this doesn't work theyn maybe you do not have the package loaded? 

#Identificar extensión espacial de la mascara.
e <- extent(ppoly)

#Identificar la lista de imagenes que se desean recortar.
files <- list.files(ipath, pattern=".tif$", full.names=FALSE) # tif si las capas estan en tif, o asc si las capas son ascii.
stopifnot(length(files)>0)

#Incluir directorio de salida.
outfiles <- paste0(opath, files) #

#Change extension
extension(outfiles) <- "tif" # .tif o asc. 

for (f in 1:length(files)){
  r <- raster(files[f])
  rc <- crop(r, e)
  rm <- mask(rc, ppoly)
  rw <- writeRaster(rm,outfiles[f],overwrite=TRUE)
}