BioMAD

#Load libraries
library(shiny)
library(leaflet)
library(mapview)
library(sp)
library(rgdal)
library(raster)

ui <- fluidPage(
  # App title ----
    titlePanel("BioMAD"),
    sidebarPanel(
  p(),
    h1("Ingrese puntos:"),
  p(),
    numericInput("long", label = h3("Longitud:"), value = -73.839222),
    numericInput("lat", label = h3("Latitud:"), value = 4.721806),
    actionButton("locality", "Mapear"),
  p(),
   # Button
  downloadButton("downloadData", "Download"),
  p(),
  p("BioMAD -BioModelos Apoya Decisiones-, es una herramienta desarrollada para generar 
    listados preliminares de especies a partir de la consulta de los mapas validados
    disponibles en BioModelos."),
  p(" Se sugiere usar con prudencia los listados generados. Si desea
    conocer las distribuciones de las especies listadas, por favor consulte", 
    a("BioModelos.", href = "http://biomodelos.humboldt.org.co/")), 
  "Creado por Elkin A. Noguera-Urbano usando", a("Shiny.",
                          href = "http://shiny.rstudio.com")), 
  img(
    src = "humboldt.png",
    width = "850px", height = "100px"
  ),
  

mainPanel(
    leafletOutput("mymap"),
    p(),
    fluidRow(
      column(4,
             DT::dataTableOutput('table')
      )
    )
    )
)

server <- function(input, output, session) {
  
  # Crea formato para los datos de la lacalidad ingresados por el usuario. 
  points <- eventReactive(input$locality, {
    loc_user<-cbind(input$long, input$lat)
    print(loc_user)
    }, ignoreNULL = FALSE)
  
  # Dibuja el mapa en el panel principal.
  output$mymap <- renderLeaflet({
    leaflet() %>%
      setView(lat = 4.721806, lng = -73.839222, zoom = 7) %>%
      addTiles() %>%
      addEasyButton(easyButton(
        icon="fa-globe", title="Zoom to Level 5",
        onClick=JS("function(btn, map){ map.setZoom(5); }"))) %>%
        addMarkers(data = points())
  })
  
  # Dibuja la localidad base en el mapa.
  observeEvent(input$locality,{
    isolate({
      new_zoom <- 10
      if(!is.null(input$map_zoom)) new_zoom <- input$map_zoom
      leafletProxy('mymap') %>%
        setView(lng = input$long, lat = input$lat, zoom = new_zoom)
    })
  })
  
  # Carga la localidad y cruza con shapefiles BioModelos. 
  # spec_cross representa la tabla producto del cruce BioModelos * localidad.
 spec_cross <-eventReactive(input$locality, {
    temp<-cbind(input$long, input$lat)
    temp<-as.data.frame(temp)
    colnames(temp)<-c("x","y")
    temp <- SpatialPointsDataFrame(temp,temp)
    crs(temp) <- "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs"
    maps<-readOGR("./appData/Biom_UICN.shp") # Cargar archivo shapefile BioModelos.
    as.data.frame(over(temp,maps,returnList = TRUE))
    })
  
  # Muestra la tabla en el panel principal.
  # Table of selected dataset ----
  output$table <- DT::renderDataTable({
    spec_cross()
  })
 
 # Permite descargar la tabla "Downloadable csv" resultante.
 output$downloadData <- downloadHandler(
   filename = function() {
     paste("Especies sugeridas",date(),".csv", sep = " ")
   },
   content = function(file) {
     write.table(spec_cross(), file, row.names = FALSE,sep = ",")
   }
 )
 
}

shinyApp(ui, server)