3-callvariants.sh

$JAVA \
        -Djava.io.tmpdir=/mnt/lustre/users/zhaoe/ \
        -Xmx84g -jar $GATK \
        -nt 12 \
        -R /mnt/isilon/devoto_lab/GrCh37/hs37d5.fa \
        -T GenotypeGVCFs \
        --dbsnp /mnt/isilon/cbmi/variome/reference/human/dbsnp137.vcf \
        -L /mnt/isilon/devoto_lab/ItalianExomes/SureSelect_V5_50bp.interval_list \
        -o NA04_GATK3_Calls.vcf \
        -V /mnt/isilon/devoto_lab/ItalianExomes/Nov2016/NA04COAN.gVCF \
        -V /mnt/isilon/devoto_lab/ItalianExomes/Nov2016/NA04COGI.gVCF \
        -V /mnt/isilon/devoto_lab/ItalianExomes/Nov2016/NA04COVI.gVCF \
        -V /mnt/isilon/devoto_lab/ItalianExomes/Nov2016/NA04GIFI.gVCF \