diff --git a/lineage_notes.txt b/lineage_notes.txt index 8330c46c..dc04340f 100644 --- a/lineage_notes.txt +++ b/lineage_notes.txt @@ -1149,6 +1149,7 @@ JN.1.17 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.17, S:A222V, USA JN.1.18 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18, S:R346T, directly on JN.1 polytomy, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1089 JN.1.18.1 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.1, S:T250N, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1414 JN.1.18.2 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.2, S:F59S, after C4331T, T22321C, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1441 +JN.1.18.3 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.18.3, S:F456V JN.1.19 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.19, ORF8:I71V JN.1.20 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.20, S:S31F, directly on JN.1 polytomy JN.1.21 Alias of B.1.1.529.2.86.1.1.21, S:H1058Y, from sars-cov-2-variants/lineage-proposals#1162 diff --git a/lineages.csv b/lineages.csv index 46493941..646c7cd8 100644 --- a/lineages.csv +++ b/lineages.csv @@ -2524789,8 +2524789,6 @@ SouthAfrica/CERI-KRISP-K060855/2024,JN.1.16.1 England/CLIMB-CM7YG8ZK/2024,JN.1.16.1 Nigeria/NCDC-NRL-GL-000193/2024,JN.1.16.1 Singapore/R10MQ22/2024,JN.1.16.1 -BGD/9850683/2024,JN.1.16.1 -Singapore/R14MQ17/2024,JN.1.16.1 England/WSI-331E4612/2024,JN.1.16.1 USA/NY-GBW-H20-360-2748/2024,JN.1.16.1 USA/AZ-CDC-QDX93093017/2024,JN.1.16.1 @@ -2549232,3 +2549230,119 @@ Canada/ON-PHL-202405316-v2/2024,JN.1.29.1 Brazil/SP-IAL-357625014/2024,JN.1.29.1 USA/TX-HMH-M-140533/2024,JN.1.29.1 USA/AZ-CDC-QDX95028437/2024,JN.1.29.1 +Australia/VIC-VIDRL-00013645/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YMGE3/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-SEARCH-140067/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YGYUY/2024,JN.1.18.3 +India/KA-RFNB-21344/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YJ9JC/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-NYULH-19465/2024,JN.1.18.3 +BGD/9850683/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-LACPHL-AY05873/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YRZ6K/2024,JN.1.18.3 +India/MH_BJCOG_INSACOG_6529/2024,JN.1.18.3 +Singapore/R21MQ43/2024,JN.1.18.3 +Singapore/R19MQ2/2024,JN.1.18.3 +USA/NJ-GBW-GKISBBBC63939/2024,JN.1.18.3 +Sweden/AB-01_SE100_24CS100323/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YES33/2024,JN.1.18.3 +Wales/CLIMB-CM7YGYDE/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YKHZO/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-GBW-GKISBBBB95818/2024,JN.1.18.3 +USA/OH-ODH-SC4031265/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-GBW-H10-020-3591/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP002164/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP002196/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP002237/2024,JN.1.18.3 +USA/IL-CDC-LC1103217/2024,JN.1.18.3 +USA/IL-RIPHL_122897_G/2024,JN.1.18.3 +USA/VA-GBW-GKISBBBB57137/2024,JN.1.18.3 +USA/VA-GBW-GKPLAAAA10980/2024,JN.1.18.3 +USA/VA-GBW-H20-357-9154/2024,JN.1.18.3 +USA/VA-GBW-H10-016-5437/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-GBW-GKISBBBC29449/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-GBW-GKPLAAAA13882/2024,JN.1.18.3 +Thailand/NIC_YST_1039/2024,JN.1.18.3 +Thailand/NIC_YST_1037/2024,JN.1.18.3 +Qatar/NIC-24-VI-0028296/2024,JN.1.18.3 +Canada/ON-PHL-202406568/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YRXHA/2024,JN.1.18.3 +Japan/TKYnat16954/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-CDPH-500136746/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YEEDY/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1380743/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1389879/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1384733/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1474987/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1387645/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1469150/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1389965/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1390015/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YJZPS/2024,JN.1.18.3 +Singapore/R14MQ17/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YFB1Z/2024,JN.1.18.3 +USA/NJ-GBW-GKPLAAAA23522/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YGNHO/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YMI54/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YMOYI/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YFP3R/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YJN3N/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YG97H/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YE9BN/2024,JN.1.18.3 +Norway/2738/2024,JN.1.18.3 +Australia/TAS007402/2024,JN.1.18.3 +Singapore/R18MQ60/2024,JN.1.18.3 +Sweden/AB-01_SE100_24CS500491/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7Y8PDJ/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YMD4H/2024,JN.1.18.3 +Norway/2804/2024,JN.1.18.3 +USA/NJ-PHEL-V24004675/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53457/2024,JN.1.18.3 +USA/TX-KVI400585/2024,JN.1.18.3 +SouthKorea/KDCA292567/2024,JN.1.18.3 +SouthKorea/KDCA292111/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-PRL-240521_81A12/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-CDC-LC1104016/2024,JN.1.18.3 +Oman/CPHL_52410789/2024,JN.1.18.3 +Qatar/NIC-47-VI-0027838/2024,JN.1.18.3 +USA/UT-UPHL-240502304202/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP002075/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-PRL-240430_81A07/2024,JN.1.18.3 +USA/NY-NYULH-19030/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YK7BC/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YMBAB/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YE5RW/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YE5N9/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7YG3KS/2024,JN.1.18.3 +Japan/FR302-0313/2024,JN.1.18.3 +Australia/TAS007183/2024,JN.1.18.3 +Australia/TAS007167/2024,JN.1.18.3 +Australia/TAS007166/2024,JN.1.18.3 +Japan/TKYnat16825/2024,JN.1.18.3 +Japan/FR302-0351/2024,JN.1.18.3 +Australia/QLD0x0142FD/2024,JN.1.18.3 +Japan/TKYnat16887/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53595/2024,JN.1.18.3 +Australia/SA1453847/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24ZA1317/2024,JN.1.18.3 +USA/NC-CDC-LC1104260/2024,JN.1.18.3 +Germany/NW-RKI-I-1143385/2024,JN.1.18.3 +USA/MIS-L374646164/2024,JN.1.18.3 +USA/MN-MDH-41557/2024,JN.1.18.3 +Australia/QLD0x0142DC/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA2699/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA3036/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA3346/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA3252/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53833/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53769/2024,JN.1.18.3 +USA/CO-CDPHE-41888039/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP001797/2024,JN.1.18.3 +USA/CA-KP001798/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24ZA1691/2024,JN.1.18.3 +England/CLIMB-CM7Y8J6A/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA3661/2024,JN.1.18.3 +NewZealand/24YA3520/2024,JN.1.18.3 +Japan/6GA-099/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53721/2024,JN.1.18.3 +Australia/NSW-ICPMR-53651/2024,JN.1.18.3