From cdb8a9d34f6af1a1411a7bdea825325018c68a24 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Laura Gauthier Date: Wed, 6 Mar 2024 10:39:08 -0500 Subject: [PATCH] Possibly more elegant fix than #8715 --- .../hellbender/utils/GenotypeUtils.java | 2 +- .../walkers/CombineGVCFsIntegrationTest.java | 2 +- .../walkers/GenotypeGVCFsIntegrationTest.java | 83 +- .../GnarlyGenotyperIntegrationTest.java | 33 + ...e.sample.pipeline.1.include_nonvariant.vcf | 3456 ++++++++-------- ...e.sample.pipeline.2.include_nonvariant.vcf | 3540 ++++++++-------- ...e.sample.pipeline.3.include_nonvariant.vcf | 3596 ++++++++--------- ...epairResolution.includeNonVariantSites.vcf | 28 +- .../walkers/GenotypeGVCFs/fake_sample2.vcf | 124 + .../GenotypeGVCFs/fake_sample2.vcf.idx | Bin 0 -> 337 bytes .../multiallelicQualRegression.expected.vcf | 3392 +--------------- .../GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf | 140 + .../GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf.idx | Bin 0 -> 2136 bytes .../GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf | 137 + .../GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf.idx | Bin 0 -> 2049 bytes 15 files changed, 5838 insertions(+), 8695 deletions(-) create mode 100755 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/fake_sample2.vcf create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/fake_sample2.vcf.idx create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf.idx create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf create mode 100644 src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf.idx diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/GenotypeUtils.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/GenotypeUtils.java index 3829c13435b..ad42a2c1104 100644 --- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/GenotypeUtils.java +++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/utils/GenotypeUtils.java @@ -192,6 +192,6 @@ public static double[] makeApproximateDiploidLog10LikelihoodsFromGQ(Genotype g, } public static boolean shouldBeCalled(final Genotype g) { - return !g.isNonInformative() || g.hasGQ(); + return !g.isNonInformative() || (g.hasGQ() && g.getGQ() > 0); } } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/CombineGVCFsIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/CombineGVCFsIntegrationTest.java index beadd00ae9a..36b49dc0ccd 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/CombineGVCFsIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/CombineGVCFsIntegrationTest.java @@ -588,7 +588,7 @@ public void testCombineReblockedGVCFs() { Assert.assertFalse(g0.hasPL()); Assert.assertFalse(g0.hasGQ()); Assert.assertFalse(g0.hasExtendedAttribute(VCFConstants.DEPTH_KEY)); - Assert.assertTrue(g1.isHomRef()); + Assert.assertTrue(g1.isNoCall()); Assert.assertFalse(g1.hasPL()); Assert.assertEquals(g1.getGQ(), 0); Assert.assertEquals(g1.getAnyAttribute(VCFConstants.DEPTH_KEY), 34); diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFsIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFsIntegrationTest.java index f8216cffe62..e1f9a375260 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFsIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFsIntegrationTest.java @@ -822,10 +822,11 @@ public void testWithReblockedGVCF() { Assert.assertEquals(vc0.getAlternateAllele(0).getBaseString(), "G"); Assert.assertTrue(vc0.getGenotypes().stream().allMatch(g -> g.isCalled() && g.hasGQ() && g.hasDP())); + //reblocked GVCFs with no PLs have genotypes that will be assigned as no-calls because of GQ0, so AN and ExcessHet differ here final VariantContext vc1 = outputVCs.get(1); - Assert.assertTrue(vc1.getAttributeAsDouble(GATKVCFConstants.EXCESS_HET_KEY, 1000.0) < 10.0); //will be ~72 if homRefs aren't counted + Assert.assertTrue(vc1.getAttributeAsDouble(GATKVCFConstants.EXCESS_HET_KEY, 0.0) > 50.0); //will be ~72 if homRefs aren't counted Assert.assertTrue(vc1.hasAttribute(GATKVCFConstants.INBREEDING_COEFFICIENT_KEY)); - Assert.assertEquals(vc1.getAttributeAsInt(VCFConstants.ALLELE_NUMBER_KEY, 0), 362); + Assert.assertEquals(vc1.getAttributeAsInt(VCFConstants.ALLELE_NUMBER_KEY, 0), 300); Assert.assertEquals(vc1.getAlternateAlleles().size(), 3); Assert.assertTrue(vc1.isIndel()); Assert.assertTrue(vc0.getGenotypes().stream().allMatch(g -> g.isCalled() && g.hasGQ() && g.hasDP())); @@ -838,7 +839,7 @@ public void testWithReblockedGVCF() { .addOutput(compareICvalues); runCommandLine(args3); - //requires InbreedingCoeff to use isCalledAndDiploidWithLikelihoodsOrWithGQ for sampleNum + //highlight differences with and without PLs final List compareICvariants = VariantContextTestUtils.getVariantContexts(compareICvalues); final VariantContext vcWithPLs = compareICvariants.get(0); final VariantContext vcWithoutPLs = compareICvariants.get(1); @@ -848,8 +849,9 @@ public void testWithReblockedGVCF() { final double ic2 = vcWithoutPLs.getAttributeAsDouble(GATKVCFConstants.INBREEDING_COEFFICIENT_KEY, 0); Assert.assertTrue(ic1 > 0); //make sure lookup worked, otherwise 0 == 0 Assert.assertTrue(ic2 > 0); //if GQ0s with no data are output as hom-ref, then ic2 is ~0.7 - Assert.assertEquals(ic1, ic2, 0.1); //there will be some difference because the old version zeros out low depth hom-refs and makes them no-calls - Assert.assertEquals(vcWithoutPLs.getAttributeAsInt(VCFConstants.ALLELE_NUMBER_KEY, 0), 114); //don't count no-calls that are PL=[0,0,0] in classic VCF + Assert.assertTrue(ic1 - ic2 > .25); //there will be a significant difference because with noPLs, GQ0s become no-calls + Assert.assertEquals(vcWithPLs.getAttributeAsInt(VCFConstants.ALLELE_NUMBER_KEY, 0) - + vcWithoutPLs.getAttributeAsInt(VCFConstants.ALLELE_NUMBER_KEY, 0), 16); //don't count no-calls that are PL=[0,0,0] in classic VCF } @Test @@ -976,4 +978,75 @@ public void dbSNPError() { //make sure it doesn't throw an error runCommandLine(args); } + + @Test + public void testNoReadsOutputAsNoCall() { + //The input data for this test comes from a GVCF produced from an empty region of one of the NA12878 test bams + // and a GVCF that was edited to have a variant so we can force that position to be output. + //note these are b37 data + File no_reads = new File(toolsTestDir, "/walkers/GenotypeGVCFs/combine.single.sample.pipeline.1.vcf"); + File fake_variant = getTestFile("fake_sample2.vcf"); + final SimpleInterval interval = new SimpleInterval("20", 10000000, 10000000); + File tempGdb = GenomicsDBTestUtils.createTempGenomicsDB(Arrays.asList(no_reads, fake_variant), interval); + final String genomicsDBUri = GenomicsDBTestUtils.makeGenomicsDBUri(tempGdb); + + final File output = createTempFile("checkNoCall", ".vcf"); + + final ArgumentsBuilder args = new ArgumentsBuilder(); + args.addReference(b37_reference_20_21) + .addFlag("allow-old-rms-mapping-quality-annotation-data") //old GVCFs have old annotations + .addVCF(genomicsDBUri) + .addInterval(interval) + .addOutput(output); + runCommandLine(args); + + final Pair> outputData = VariantContextTestUtils.readEntireVCFIntoMemory(output.getAbsolutePath()); + Assert.assertEquals(outputData.getRight().size(), 1); + final VariantContext vc = outputData.getRight().get(0); + Assert.assertEquals(vc.getGenotypes().size(), 2); + final Genotype g = vc.getGenotype("GTEX-RVPV-0003"); + Assert.assertTrue(g.isNoCall()); //most importantly! + Assert.assertTrue(g.hasGQ()); + Assert.assertEquals(g.getGQ(), 0); + Assert.assertTrue(g.hasDP()); + Assert.assertEquals(g.getDP(), 0); + Assert.assertTrue(g.hasAD()); + Assert.assertEquals(g.getAD(), new int[2]); + Assert.assertTrue(g.hasPL()); + Assert.assertEquals(g.getPL(), new int[3]); + } + + @Test + public void testNoReadsReblockedOutputAsNoCall() { + //There's a very similar test for Gnarly, but we expect the outputs to be a bit different here + //note these are b37 data + File no_reads = new File(toolsTestDir, "/walkers/GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf"); + //this is an artisanal, hand-crafted VCF with a QUAL approx that's been artificially enhanced + File fake_variant = new File(toolsTestDir, "/walkers/GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf"); + final SimpleInterval interval = new SimpleInterval("20", 10000000, 10000000); + File tempGdb = GenomicsDBTestUtils.createTempGenomicsDB(Arrays.asList(no_reads, fake_variant), interval); + final String genomicsDBUri = GenomicsDBTestUtils.makeGenomicsDBUri(tempGdb); + + final File output = createTempFile("checkNoCall", ".vcf"); + + final ArgumentsBuilder args = new ArgumentsBuilder(); + args.addReference(b37_reference_20_21) + .addVCF(genomicsDBUri) + .addInterval(interval) + .addOutput(output); + runCommandLine(args); + + final Pair> outputData = VariantContextTestUtils.readEntireVCFIntoMemory(output.getAbsolutePath()); + Assert.assertEquals(outputData.getRight().size(), 1); + final VariantContext vc = outputData.getRight().get(0); + Assert.assertEquals(vc.getGenotypes().size(), 2); + final Genotype g = vc.getGenotype("GTEX-RVPV-0003"); + Assert.assertTrue(g.isNoCall()); //most importantly! + Assert.assertTrue(g.hasGQ()); + Assert.assertEquals(g.getGQ(), 0); + Assert.assertTrue(g.hasDP()); + Assert.assertEquals(g.getDP(), 0); + Assert.assertTrue(g.hasAD()); //this is different from Gnarly behavior + Assert.assertFalse(g.hasPL()); + } } diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java index 5f981f1e8da..8133506ecaf 100644 --- a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java +++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GnarlyGenotyperIntegrationTest.java @@ -245,4 +245,37 @@ public void testHaploidInput() { Assert.assertEquals(g.getPL().length, 2); Assert.assertEquals(g.getPL(), new int[]{83,0}); } + + @Test + public void testNoReadsOutputAsNoCall() { + //note these are b37 data + File no_reads = new File(toolsTestDir, "/walkers/GnarlyGenotyper/testNoReads.rb.g.vcf"); + //this is an artisanal, hand-crafted VCF with a QUAL approx that's been artificially enhanced + File fake_variant = new File(toolsTestDir, "/walkers/GnarlyGenotyper/fake_sample2.rb.g.vcf"); + final SimpleInterval interval = new SimpleInterval("20", 10000000, 10000000); + File tempGdb = GenomicsDBTestUtils.createTempGenomicsDB(Arrays.asList(no_reads, fake_variant), interval); + final String genomicsDBUri = GenomicsDBTestUtils.makeGenomicsDBUri(tempGdb); + + final File output = createTempFile("checkNoCall", ".vcf"); + + final ArgumentsBuilder args = new ArgumentsBuilder(); + args.addReference(b37_reference_20_21) + .addVCF(genomicsDBUri) + .addInterval(interval) + .addOutput(output); + runCommandLine(args); + + final Pair> outputData = VariantContextTestUtils.readEntireVCFIntoMemory(output.getAbsolutePath()); + Assert.assertEquals(outputData.getRight().size(), 1); + final VariantContext vc = outputData.getRight().get(0); + Assert.assertEquals(vc.getGenotypes().size(), 2); + final Genotype g = vc.getGenotype("GTEX-RVPV-0003"); + Assert.assertTrue(g.isNoCall()); //most importantly! + Assert.assertTrue(g.hasGQ()); + Assert.assertEquals(g.getGQ(), 0); + Assert.assertTrue(g.hasDP()); + Assert.assertEquals(g.getDP(), 0); + Assert.assertFalse(g.hasAD()); + Assert.assertFalse(g.hasPL()); + } } \ No newline at end of file diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/expected/combine.single.sample.pipeline.1.include_nonvariant.vcf b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/expected/combine.single.sample.pipeline.1.include_nonvariant.vcf index dc1005f77f6..e0359c1e393 100644 --- a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/expected/combine.single.sample.pipeline.1.include_nonvariant.vcf +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/walkers/GenotypeGVCFs/expected/combine.single.sample.pipeline.1.include_nonvariant.vcf @@ -1062,288 +1062,288 @@ 20 10030939 . A . . . DP=2 GT:DP:RGQ 0/0:2:6 20 10030940 . G . . . DP=2 GT:DP:RGQ 0/0:2:6 20 10030941 . T . . . DP=2 GT:DP:RGQ 0/0:2:6 -20 10030942 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030943 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030944 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030945 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030946 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030947 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030948 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030949 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030950 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030951 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030952 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030953 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030954 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030955 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030956 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030957 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030958 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030959 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030960 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030961 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030962 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030963 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030964 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030965 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030966 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030967 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030968 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030969 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030970 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030971 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030972 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030973 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030974 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030975 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030976 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030977 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030978 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030979 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030980 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030981 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030982 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030983 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030984 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030985 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030986 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030987 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030988 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030989 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030990 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030991 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030992 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030993 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030994 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030995 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030996 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030997 . G . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030998 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10030999 . C . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031000 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031001 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031002 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031003 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031004 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031005 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031006 . T . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031007 . A . . . . GT:DP:RGQ 0/0:0:0 -20 10031008 . A . . . . 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GTTTT GTTTTT,GTTTTTTT,G,GTTTTTT 881.67 . AC=3,2,1,3;AF=0.026,0.018,8.772e-03,0.026;AN=114;BaseQRankSum=0.00;DP=2100;ExcessHet=0.1247;FS=2.272;InbreedingCoeff=0.1698;MLEAC=2,2,1,3;MLEAF=0.018,0.018,8.772e-03,0.026;MQ=54.73;MQRankSum=0.00;QD=10.37;ReadPosRankSum=-2.300e-01;SOR=0.483 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22,0,0,0:44:99:239,0,174,338,219,636,338,219,636,636,338,219,636,636,636 0/0:27,0,0,0,0:27:50 0/0:30,0,0,0,0:30:10 0/0:28,0,0,0,0:28:10 ./.:3,0,0,0,0:3:0 0/0:27,0,0,0,0:27:60 0/0:59,0,0,0,0:59:30 0/2:3,0,7,0,0:10:59:132,142,223,0,80,59,142,223,80,223,142,223,80,223,223 0/0:33,0,0,0,0:33:60 0/0:31,0,0,0,0:31:60 .:0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0:27:60 0/0:30,0,0,0,0:30:60 0/0:51,0,0,0,0:51:40 0/0:29,0,0,0,0:29:60 0/0:31,0,0,0,0:31:60 0/3:8,0,0,4,0:14:99:103,160,534,160,534,534,0,437,437,670,160,534,534,437,534 0/0:30,0,0,0,0:30:60 0/0:32,0,0,0,0:32:60 0/0:37,0,0,0,0:37:60 0/0:49,0,0,0,0:49:40 0/0:36,0,0,0,0:36:60 0/2:2,0,2,0,0:4:34:34,42,113,0,71,65,42,113,71,113,42,113,71,113,113 0/0:10,0,0,0,0:14:29:0,29,176,29,176,176,29,176,176,176,29,176,176,176,176 0/0:58,0,0,0,0:58:30 0/0:32,0,0,0,0:32:60 0/0:11,0,0,0,0:13:34:0,34,285,34,285,285,34,285,285,285,34,285,285,285,285 0/0:26,0,0,0,0:26:60 0/0:26,0,0,0,0:26:60 0/0:32,0,0,0,0:32:60 .:0,0,0,0,0 0/0:29,0,0,0,0:29:60 0/4:1,0,0,0,6:11:35:94,175,487,175,487,487,175,487,487,487,0,90,90,90,35 0/0:40,0,0,0,0:40:10 0/0:41,0,0,0,0:41:60 0/0:30,0,0,0,0:30:60 0/4:2,0,0,0,9:11:10:186,193,234,193,234,234,193,234,234,234,0,41,41,41,10 0/0:43,0,0,0,0:43:20 0/4:0,0,0,0,6:8:11:123,146,198,146,198,198,146,198,198,198,0,24,24,24,11 0/0:28,0,0,0,0:28:10 0/0:29,0,0,0,0:29:60 .:0,0,0,0,0 0/0:30,0,0,0,0:30:60 0/0:10,0,0,0,0:14:88:0,88,622,88,622,622,88,622,622,622,88,622,622,622,622 0/0:34,0,0,0,0:34:30 0/0:23,0,0,0,0:23:50 0/0:37,0,0,0,0:37:50 0/0:29,0,0,0,0:29:60 0/0:34,0,0,0,0:34:30 0/0:43,0,0,0,0:43:20 .:0,0,0,0,0 0/0:31,0,0,0,0:31:60 0/0:39,0,0,0,0:39:60 0/0:28,0,0,0,0:28:60 0/0:36,0,0,0,0:36:60 0/0:38,0,0,0,0:38:60 0/0:36,0,0,0,0:36:30 0/0:31,0,0,0,0:31:50 0/0:29,0,0,0,0:29:50 .:0,0,0,0,0 0/0:33,0,0,0,0:33:60 .:0,0,0,0,0 1/1:0,2,0,0,0:2:8:47,8,0,47,8,47,47,8,47,47,47,8,47,47,47 0/0:15,0,0,0,0:15:10 .:0,0,0,0,0 chr1 11055120 . CTTT CTTTT,C,CT,CTT,CTTTTT,CTTTTTT 4503.82 . AC=11,2,7,24,7,1;AF=0.104,0.019,0.066,0.226,0.066,9.434e-03;AN=106;BaseQRankSum=0.238;DP=2097;ExcessHet=13.8161;FS=1.342;InbreedingCoeff=-0.2837;MLEAC=10,2,6,23,7,1;MLEAF=0.094,0.019,0.057,0.217,0.066,9.434e-03;MQ=59.02;MQRankSum=0.00;QD=7.43;ReadPosRankSum=0.085;SOR=1.056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10,0,0,0,0,0:25:99:101,0,197,162,214,410,162,214,410,410,162,214,410,410,410,162,214,410,410,410,410,162,214,410,410,410,410,410 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/2:6,0,2,0,0,0,0:8:66:66,84,235,0,151,144,84,235,151,235,84,235,151,235,235,84,235,151,235,235,235,84,235,151,235,235,235,235 0/3:14,0,0,7,0,0,0:29:99:213,196,598,196,598,598,0,425,425,396,196,598,598,425,598,196,598,598,425,598,598,196,598,598,425,598,598,598 0/4:11,0,0,0,13,0,0:24:99:190,222,421,222,421,421,222,421,421,421,0,199,199,199,161,222,421,421,421,199,421,222,421,421,421,199,421,421 0/3:17,0,0,3,0,0,0:20:40:40,91,501,91,501,501,0,410,410,400,91,501,501,410,501,91,501,501,410,501,501,91,501,501,410,501,501,501 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:8,0,0,7,0,0,0:22:99:152,218,553,218,553,553,0,328,328,375,218,553,553,328,553,218,553,553,328,553,553,218,553,553,328,553,553,553 0/4:16,0,0,0,5,0,0:24:75:75,125,440,125,440,440,125,440,440,440,0,245,245,245,184,125,440,440,440,245,440,125,440,440,440,245,440,440 0/5:5,0,0,0,0,4,0:15:66:66,116,328,116,328,328,116,328,328,328,116,328,328,328,328,0,202,202,202,202,243,116,328,328,328,328,202,328 4/5:3,0,0,0,6,6,0:15:68:174,215,360,215,360,360,215,360,360,360,83,186,186,186,191,68,207,207,207,0,239,215,360,360,360,186,207,360 0/4:3,0,0,0,3,0,0:10:59:59,76,167,76,167,167,76,167,167,167,0,90,90,90,76,76,167,167,167,90,167,76,167,167,167,90,167,167 1/4:2,6,0,0,9,0,0:17:95:225,150,236,273,233,391,273,233,391,391,95,0,199,199,229,273,233,391,391,199,391,273,233,391,391,199,391,391 0/5:5,0,0,0,0,3,0:13:75:75,98,215,98,215,215,98,215,215,215,98,215,215,215,215,0,136,136,136,136,180,98,215,215,215,215,136,215 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AACACAC AACAC,A,AAC,CACACAC,AACACACACAC,ACACACAC 8653.60 . AC=3,19,4,3,1,1;AF=0.023,0.148,0.031,0.023,7.813e-03,7.813e-03;AN=128;BaseQRankSum=0.475;DP=3280;ExcessHet=0.0000;FS=1.486;InbreedingCoeff=0.5165;MLEAC=2,20,4,3,1,1;MLEAF=0.016,0.156,0.031,0.023,7.813e-03,7.813e-03;MQ=57.98;MQRankSum=-2.200e-01;QD=22.25;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:26,0,0,0,0,0,0:51:99:0,200,1864,200,1864,1864,200,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,1864,1864 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:10 0/0:31,0,0,0,0,0,0:31:20 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:0 0/0:7,0,0,0,0,0,0:7:10 0/1:9,3,0,0,0,0,0:13:9:9,0,1124,96,1147,1297,96,1147,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,1297,1297 0/0:69,0,0,0,0,0,0:69:60 2/3:0,0,7,11,0,0,0:18:99:676,559,526,254,258,220,156,154,0,103,559,526,258,154,526,559,526,258,154,526,526,559,526,258,154,526,526,526 0/2:7,0,9,0,0,0,0:18:99:575,480,731,0,301,465,480,731,301,731,480,731,301,731,731,480,731,301,731,731,731,480,731,301,731,731,731,731 2/3:0,0,7,5,0,0,0:14:91:584,462,445,169,171,193,124,137,0,91,462,445,171,137,445,462,445,171,137,445,445,462,445,171,137,445,445,445 0/0:67,0,0,0,0,0,0:67:60 0/2:7,0,2,0,0,0,0:10:99:220,146,534,0,389,364,146,534,389,534,146,534,389,534,534,146,534,389,534,534,534,146,534,389,534,534,534,534 0/0:21,0,0,0,0,0,0:21:20 0/0:25,0,0,0,0,0,0:25:0 0/0:35,0,0,0,0,0,0:35:30 4/5:0,0,0,0,3,5,0:18:99:1113,1143,1292,1143,1292,1292,1143,1292,1292,1292,177,332,332,332,897,859,911,911,911,0,874,1143,1292,1292,1292,332,911,1292 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:50 2/2:1,0,17,0,0,0,0:18:37:736,739,757,37,55,0,739,757,55,757,739,757,55,757,757,739,757,55,757,757,757,739,757,55,757,757,757,757 0/0:29,0,0,0,0,0,0:31:90:0,90,1370,90,1370,1370,90,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,1370,1370 0/0:61,0,0,0,0,0,0:61:60 0/0:61,0,0,0,0,0,0:61:60 0/0:72,0,0,0,0,0,0:72:60 0/2:12,0,7,0,0,0,0:19:99:238,274,759,0,486,462,274,759,486,759,274,759,486,759,759,274,759,486,759,759,759,274,759,486,759,759,759,759 0/0:65,0,0,0,0,0,0:65:50 0/0:59,0,0,0,0,0,0:59:50 0/0:49,0,0,0,0,0,0:49:40 0/0:62,0,0,0,0,0,0:62:60 0/4:11,0,0,0,1,0,0:21:71:71,202,1661,202,1661,1661,202,1661,1661,1661,0,587,587,587,745,202,1661,1661,1661,587,1661,202,1661,1661,1661,587,1661,1661 0/0:57,0,0,0,0,0,0:57:60 0/0:38,0,0,0,0,0,0:38:50 0/0:67,0,0,0,0,0,0:67:60 0/2:3,0,7,0,0,0,0:11:99:213,286,1226,0,942,1038,286,1226,942,1226,286,1226,942,1226,1226,286,1226,942,1226,1226,1226,286,1226,942,1226,1226,1226,1226 0/0:83,0,0,0,0,0,0:83:60 0/0:60,0,0,0,0,0,0:60:40 0/0:56,0,0,0,0,0,0:56:60 0/2:28,0,13,0,0,0,0:41:99:463,547,1661,0,1114,1074,547,1661,1114,1661,547,1661,1114,1661,1661,547,1661,1114,1661,1661,1661,547,1661,1114,1661,1661,1661,1661 0/0:55,0,0,0,0,0,0:55:60 2/6:10,0,8,0,0,0,1:21:99:741,901,1620,418,974,1141,901,1620,974,1620,901,1620,974,1620,1620,901,1620,974,1620,1620,1620,161,773,0,773,773,773,904 0/3:39,0,0,7,0,0,0:50:99:146,221,1589,221,1589,1589,0,1378,1378,1349,221,1589,1589,1378,1589,221,1589,1589,1378,1589,1589,221,1589,1589,1378,1589,1589,1589 0/0:48,0,0,0,0,0,0:48:20 1/2:1,3,9,0,0,0,0:19:88:549,330,307,88,0,321,435,333,171,488,435,333,171,488,488,435,333,171,488,488,488,435,333,171,488,488,488,488 0/0:60,0,0,0,0,0,0:60:60 0/0:23,0,0,0,0,0,0:23:50 0/0:28,0,0,0,0,0,0:28:60 0/0:73,0,0,0,0,0,0:73:60 0/0:8,0,0,0,0,0,0:9:99:0,130,1555,130,1555,1555,130,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,1555,1555 1/2:3,4,9,0,0,0,0:19:43:486,327,340,43,0,238,415,363,174,521,415,363,174,521,521,415,363,174,521,521,521,415,363,174,521,521,521,521 0/0:68,0,0,0,0,0,0:68:40 2/2:0,0,11,0,0,0,0:11:36:478,478,478,36,36,0,478,478,36,478,478,478,36,478,478,478,478,36,478,478,478,478,478,36,478,478,478,478 0/0:62,0,0,0,0,0,0:62:40 0/0:33,0,0,0,0,0,0:33:50 0/0:55,0,0,0,0,0,0:55:40 0/0:58,0,0,0,0,0,0:58:60 0/2:42,0,6,0,0,0,0:52:99:196,255,1702,0,1455,1421,255,1702,1455,1702,255,1702,1455,1702,1702,255,1702,1455,1702,1702,1702,255,1702,1455,1702,1702,1702,1702 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:10 0/0:58,0,0,0,0,0,0:58:60 0/0:59,0,0,0,0,0,0:59:60 0/0:47,0,0,0,0,0,0:47:60 2/4:0,0,4,0,0,0,0:4:99:420,485,1364,245,1124,1229,485,1364,1124,1364,175,244,0,244,569,485,1364,1124,1364,244,1364,485,1364,1124,1364,244,1364,1364 0/0:52,0,0,0,0,0,0:52:20 0/2:24,0,7,0,0,0,0:31:99:129,246,1575,0,911,873,246,1575,911,1575,246,1575,911,1575,1575,246,1575,911,1575,1575,1575,246,1575,911,1575,1575,1575,1575 0/0:44,0,0,0,0,0,0:44:50 2/3:0,0,6,3,0,0,0:9:78:371,303,290,83,94,78,129,129,0,101,303,290,94,129,290,303,290,94,129,290,290,303,290,94,129,290,290,290 .:0,0,0,0,0,0,0 0/2:15,0,14,0,0,0,0:29:99:503,548,1352,0,804,758,548,1352,804,1352,548,1352,804,1352,1352,548,1352,804,1352,1352,1352,548,1352,804,1352,1352,1352,1352 -chr1 11944422 . TACACAC TAC,TACAC,T,TACACACACAC,TACACACACACACAC,TACACACACACACACAC 1350.38 . AC=3,3,4,2,4,2;AF=0.079,0.079,0.105,0.053,0.105,0.053;AN=38;BaseQRankSum=0.00;DP=128;ExcessHet=0.0850;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2137;MLEAC=3,4,5,1,3,2;MLEAF=0.079,0.105,0.132,0.026,0.079,0.053;MQ=58.76;MQRankSum=0.00;QD=19.29;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.768 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:10 0/1:11,4,0,0,0,0,0:18:99:.:.:113,0,617,144,505,604,144,505,604,604,144,505,604,604,604,144,505,604,604,604,604,144,505,604,604,604,604,604 0/2:8,0,3,0,0,0,0:11:57:.:.:57,81,349,0,268,259,81,349,268,349,81,349,268,349,349,81,349,268,349,349,349,81,349,268,349,349,349,349 0/2:8,0,10,0,0,0,0:18:99:.:.:270,294,523,0,229,199,294,523,229,523,294,523,229,523,523,294,523,229,523,523,523,294,523,229,523,523,523,523 1/1:0,2,0,0,0,0,0:2:6:.:.:90,6,0,90,6,90,90,6,90,90,90,6,90,90,90,90,6,90,90,90,90,90,6,90,90,90,90,90 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:1,0,0,4,0,0,0:5:39:.:.:125,128,178,128,178,178,0,50,50,39,128,178,178,50,178,128,178,178,50,178,178,128,178,178,50,178,178,178 4/4:0,0,0,0,1,0,0:1:6:.:.:90,90,90,90,90,90,90,90,90,90,6,6,6,6,0,90,90,90,90,6,90,90,90,90,90,6,90,90 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 5/5:0,0,0,0,0,2,0:2:9:.:.:135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,135,9,9,9,9,9,0,135,135,135,135,135,9,135 3/3:0,0,0,4,0,0,0:4:12:.:.:170,170,170,170,170,170,12,12,12,0,170,170,170,12,170,170,170,170,12,170,170,170,170,170,12,170,170,170 0/0:3,0,0,0,0,0,0:5:12:0|1:11944422_T_TAC:0,12,120,12,120,120,12,120,120,120,12,120,120,120,120,12,120,120,120,120,120,12,120,120,120,120,120,120 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:5,0,0,0,0,0,0:5:10 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:2,0,0,0,0,0,0:2:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 6/6:0,0,0,0,0,0,3:3:12:.:.:155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,155,12,12,12,12,12,12,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 5/5:0,0,0,0,0,3,0:3:11:.:.:130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,130,11,12,12,12,12,0,130,130,130,130,130,12,130 0/0:0,0,0,0,0,0,0:1:0:.:.:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/2:1,0,2,0,0,0,0:3:23:.:.:56,59,87,0,29,23,59,87,29,87,59,87,29,87,87,59,87,29,87,87,87,59,87,29,87,87,87,87 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:2,0,0,2,0,0,0:4:67:.:.:67,73,211,73,211,211,0,137,137,131,73,211,211,137,211,73,211,211,137,211,211,73,211,211,137,211,211,211 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:5,0,0,0,0,0,0:5:10 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:2,0,0,0,0,0,0:2:0 .:0,0,0,0,0,0,0 -chr1 16044378 . C CACACACACACACAT,CACACACACAT,T,CACACACACACAT,CACACACAT,CACACAT 5914.09 . AC=3,20,20,6,8,4;AF=0.033,0.222,0.222,0.067,0.089,0.044;AN=90;BaseQRankSum=0.00;DP=529;ExcessHet=0.0000;FS=3.928;InbreedingCoeff=0.5873;MLEAC=4,21,21,6,7,5;MLEAF=0.044,0.233,0.233,0.067,0.078,0.056;MQ=59.00;MQRankSum=0.566;QD=27.77;ReadPosRankSum=0.366;SOR=0.252 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:53,12,0,0,0,0,0:73:99:.:.:614,0,1646,573,1708,2301,573,1708,2301,2301,573,1708,2301,2301,2301,573,1708,2301,2301,2301,2301,573,1708,2301,2301,2301,2301,2301 0/0:109,0,0,0,0,0,0:109:60 0/0:108,0,0,0,0,0,0:108:60 0/2:28,0,16,0,0,0,0:51:99:.:.:1183,542,1472,0,977,915,542,1472,977,1472,542,1472,977,1472,1472,542,1472,977,1472,1472,1472,542,1472,977,1472,1472,1472,1472 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 3/3:0,0,0,4,0,0,0:4:12:.:.:139,139,139,139,139,139,12,12,12,0,139,139,139,12,139,139,139,139,12,139,139,139,139,139,12,139,139,139 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:2,0,0,2,0,0,0:4:55:.:.:57,63,124,63,124,124,0,61,61,55,63,124,124,61,124,63,124,124,61,124,124,63,124,124,61,124,124,124 .:0,0,0,0,0,0,0 2/2:0,0,4,0,0,0,0:4:12:.:.:180,180,180,12,12,0,180,180,12,180,180,180,12,180,180,180,180,12,180,180,180,180,180,12,180,180,180,180 3/3:0,0,0,2,0,0,0:2:6:1|1:16044356_T_C:80,80,80,80,80,80,6,6,6,0,80,80,80,6,80,80,80,80,6,80,80,80,80,80,6,80,80,80 2/2:0,0,4,0,0,0,0:4:12:.:.:148,148,148,12,12,0,148,148,12,148,148,148,12,148,148,148,148,12,148,148,148,148,148,12,148,148,148,148 3/3:0,0,0,4,0,0,0:4:12:.:.:129,129,129,129,129,129,12,12,12,0,129,129,129,12,129,129,129,129,12,129,129,129,129,129,12,129,129,129 0/0:6,0,0,0,0,0,0:6:10 0/0:5,0,0,0,0,0,0:5:10 3/3:0,0,0,3,0,0,0:3:9:.:.:79,79,79,79,79,79,9,9,9,0,79,79,79,9,79,79,79,79,9,79,79,79,79,79,9,79,79,79 3/3:0,0,0,5,0,0,0:5:15:.:.:173,173,173,173,173,173,15,15,15,0,173,173,173,15,173,173,173,173,15,173,173,173,173,173,15,173,173,173 0/0:5,0,0,0,0,0,0:5:10 4/4:0,0,0,0,3,0,0:3:9:.:.:124,124,124,124,124,124,124,124,124,124,9,9,9,9,0,124,124,124,124,9,124,124,124,124,124,9,124,124 .:0,0,0,0,0,0,0 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GA GAAAA,AA,GAAA,G,GAA 1638.21 . AC=3,3,6,14,1;AF=0.030,0.030,0.060,0.140,0.010;AN=100;BaseQRankSum=0.524;DP=533;ExcessHet=3.0288;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0848;MLEAC=2,2,7,16,1;MLEAF=0.020,0.020,0.070,0.160,0.010;MQ=59.86;MQRankSum=0.00;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.319;SOR=0.306 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 1/1:1,4,0,0,0,0:7:9:.:.:209,9,0,159,19,157,159,19,157,157,159,19,157,157,157,159,19,157,157,157,157 2/2:0,0,2,0,0,0:2:6:1|1:19254948_G_A:52,52,52,6,6,0,52,52,6,52,52,52,6,52,52,52,52,6,52,52,52 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/3:4,0,0,4,0,0:8:99:0|1:19254948_G_GAA:137,149,336,149,336,336,0,187,187,175,149,336,336,187,336,149,336,336,187,336,336 0/4:12,0,0,0,4,0:16:46:.:.:46,82,368,82,368,368,82,368,368,368,0,286,286,286,274,82,368,368,368,286,368 .:0,0,0,0,0,0 0/0:9,0,0,0,0,0:9:10 0/0:5,0,0,0,0,0:5:10 0/3:3,0,0,2,0,0:5:72:0|1:19254948_G_GAA:72,84,251,84,251,251,0,167,167,161,84,251,251,167,251,84,251,251,167,251,251 0/0:4,0,0,0,0,0:4:0 0/4:6,0,0,0,3,0:9:52:.:.:52,70,208,70,208,208,70,208,208,208,0,138,138,138,129,70,208,208,208,138,208 0/0:6,0,0,0,0,0:6:10 0/0:6,0,0,0,0,0:6:10 0/4:4,0,0,0,5,0:9:65:.:.:79,90,169,90,169,169,90,169,169,169,0,79,79,79,65,90,169,169,169,79,169 0/4:3,0,0,0,2,0:5:40:.:.:40,50,122,50,122,122,50,122,122,122,0,72,72,72,66,50,122,122,122,72,122 0/3:5,0,0,5,0,0:10:99:0|1:19254948_G_GAA:116,131,349,131,349,349,0,218,218,201,131,349,349,218,349,131,349,349,218,349,349 0/0:12,0,0,0,0,0:12:20 0/0:17,0,0,0,0,0:17:20 0/0:11,0,0,0,0,0:11:20 0/4:4,0,0,0,2,0:6:38:.:.:38,50,146,50,146,146,50,146,146,146,0,96,96,96,90,50,146,146,146,96,146 0/0:9,0,0,0,0,0:9:10 0/0:12,0,0,0,0,0:16:33:.:.:0,33,385,33,385,385,33,385,385,385,33,385,385,385,385,33,385,385,385,385,385 0/4:6,0,0,0,3,0:9:40:.:.:40,58,185,58,185,185,58,185,185,185,0,127,127,127,118,58,185,185,185,127,185 .:0,0,0,0,0,0 0/0:8,0,0,0,0,0:8:10 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/4:9,0,0,0,2,0:11:23:.:.:23,50,231,50,231,231,50,231,231,231,0,181,181,181,175,50,231,231,231,181,231 0/4:9,0,0,0,3,0:12:48:.:.:48,75,272,75,272,272,75,272,272,272,0,198,198,198,189,75,272,272,272,198,272 0/5:4,0,0,0,0,6:10:99:0|1:19254948_G_GA:116,128,343,128,343,343,128,343,343,343,128,343,343,343,343,0,214,214,214,214,198 0/0:22,0,0,0,0,0:22:20 0/0:8,0,0,0,0,0:8:10 0/0:10,0,0,0,0,0:10:10 0/3:7,0,0,2,0,0:9:54:0|1:19254948_G_GAA:54,75,481,75,481,481,0,405,405,399,75,481,481,405,481,75,481,481,405,481,481 0/4:5,0,0,0,2,0:7:35:.:.:35,50,168,50,168,168,50,168,168,168,0,118,118,118,112,50,168,168,168,118,168 0/0:9,0,0,0,0,0:9:0 0/4:12,0,0,0,2,0:14:14:.:.:14,50,335,50,335,335,50,335,335,335,0,285,285,285,279,50,335,335,335,285,335 0/0:10,0,0,0,0,0:10:10 .:0,0,0,0,0,0 0/0:8,0,0,0,0,0:8:10 .:0,0,0,0,0,0 0/0:10,0,0,0,0,0:10:10 0/4:6,0,0,0,3,0:11:51:.:.:51,78,235,78,235,235,78,235,235,235,0,150,150,150,148,78,235,235,235,150,235 0/0:13,0,0,0,0,0:13:20 0/0:10,0,0,0,0,0:10:0 0/0:2,0,0,0,0,0:2:0 0/0:7,0,0,0,0,0:7:10 0/0:2,0,0,0,0,0:2:0 0/4:9,0,0,0,3,0:12:48:.:.:48,75,287,75,287,287,75,287,287,287,0,213,213,213,204,75,287,287,287,213,287 0/3:5,0,0,2,0,0:9:99:.:.:116,105,345,105,345,345,0,214,214,188,105,345,345,214,345,105,345,345,214,345,345 0/0:9,0,0,0,0,0:9:10 0/4:4,0,0,0,4,0:8:79:.:.:86,98,189,98,189,189,98,189,189,189,0,91,91,91,79,98,189,189,189,91,189 0/0:8,0,0,0,0,0:8:10 1/3:0,2,0,2,0,0:4:36:.:.:201,51,36,168,50,156,74,0,73,59,168,50,156,73,156,168,50,156,73,156,156 .:0,0,0,0,0,0 0/4:4,0,0,0,4,0:8:67:.:.:88,99,178,99,178,178,99,178,178,178,0,79,79,79,67,99,178,178,178,79,178 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/2:7,0,1,0,0,0:8:21:0|1:19254948_G_A:21,42,239,0,197,194,42,239,197,239,42,239,197,239,239,42,239,197,239,239,239 +chr1 11080563 . AACACAC AACAC,A,AAC,CACACAC,AACACACACAC,ACACACAC 8649.16 . AC=3,19,4,3,1,1;AF=0.024,0.153,0.032,0.024,8.065e-03,8.065e-03;AN=124;BaseQRankSum=0.475;DP=3280;ExcessHet=0.0000;FS=1.486;InbreedingCoeff=0.5194;MLEAC=2,19,4,3,1,1;MLEAF=0.016,0.153,0.032,0.024,8.065e-03,8.065e-03;MQ=57.98;MQRankSum=-2.200e-01;QD=22.23;ReadPosRankSum=0.644;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:26,0,0,0,0,0,0:51:99:0,200,1864,200,1864,1864,200,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,1864,200,1864,1864,1864,1864,1864,1864 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:10 0/0:31,0,0,0,0,0,0:31:20 ./.:26,0,0,0,0,0,0:26:0 0/0:7,0,0,0,0,0,0:7:10 0/1:9,3,0,0,0,0,0:13:9:9,0,1124,96,1147,1297,96,1147,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,1297,96,1147,1297,1297,1297,1297,1297 0/0:69,0,0,0,0,0,0:69:60 2/3:0,0,7,11,0,0,0:18:99:676,559,526,254,258,220,156,154,0,103,559,526,258,154,526,559,526,258,154,526,526,559,526,258,154,526,526,526 0/2:7,0,9,0,0,0,0:18:99:575,480,731,0,301,465,480,731,301,731,480,731,301,731,731,480,731,301,731,731,731,480,731,301,731,731,731,731 2/3:0,0,7,5,0,0,0:14:91:584,462,445,169,171,193,124,137,0,91,462,445,171,137,445,462,445,171,137,445,445,462,445,171,137,445,445,445 0/0:67,0,0,0,0,0,0:67:60 0/2:7,0,2,0,0,0,0:10:99:220,146,534,0,389,364,146,534,389,534,146,534,389,534,534,146,534,389,534,534,534,146,534,389,534,534,534,534 0/0:21,0,0,0,0,0,0:21:20 ./.:25,0,0,0,0,0,0:25:0 0/0:35,0,0,0,0,0,0:35:30 4/5:0,0,0,0,3,5,0:18:99:1113,1143,1292,1143,1292,1292,1143,1292,1292,1292,177,332,332,332,897,859,911,911,911,0,874,1143,1292,1292,1292,332,911,1292 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:50 2/2:1,0,17,0,0,0,0:18:37:736,739,757,37,55,0,739,757,55,757,739,757,55,757,757,739,757,55,757,757,757,739,757,55,757,757,757,757 0/0:29,0,0,0,0,0,0:31:90:0,90,1370,90,1370,1370,90,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,1370,90,1370,1370,1370,1370,1370,1370 0/0:61,0,0,0,0,0,0:61:60 0/0:61,0,0,0,0,0,0:61:60 0/0:72,0,0,0,0,0,0:72:60 0/2:12,0,7,0,0,0,0:19:99:238,274,759,0,486,462,274,759,486,759,274,759,486,759,759,274,759,486,759,759,759,274,759,486,759,759,759,759 0/0:65,0,0,0,0,0,0:65:50 0/0:59,0,0,0,0,0,0:59:50 0/0:49,0,0,0,0,0,0:49:40 0/0:62,0,0,0,0,0,0:62:60 0/4:11,0,0,0,1,0,0:21:71:71,202,1661,202,1661,1661,202,1661,1661,1661,0,587,587,587,745,202,1661,1661,1661,587,1661,202,1661,1661,1661,587,1661,1661 0/0:57,0,0,0,0,0,0:57:60 0/0:38,0,0,0,0,0,0:38:50 0/0:67,0,0,0,0,0,0:67:60 0/2:3,0,7,0,0,0,0:11:99:213,286,1226,0,942,1038,286,1226,942,1226,286,1226,942,1226,1226,286,1226,942,1226,1226,1226,286,1226,942,1226,1226,1226,1226 0/0:83,0,0,0,0,0,0:83:60 0/0:60,0,0,0,0,0,0:60:40 0/0:56,0,0,0,0,0,0:56:60 0/2:28,0,13,0,0,0,0:41:99:463,547,1661,0,1114,1074,547,1661,1114,1661,547,1661,1114,1661,1661,547,1661,1114,1661,1661,1661,547,1661,1114,1661,1661,1661,1661 0/0:55,0,0,0,0,0,0:55:60 2/6:10,0,8,0,0,0,1:21:99:741,901,1620,418,974,1141,901,1620,974,1620,901,1620,974,1620,1620,901,1620,974,1620,1620,1620,161,773,0,773,773,773,904 0/3:39,0,0,7,0,0,0:50:99:146,221,1589,221,1589,1589,0,1378,1378,1349,221,1589,1589,1378,1589,221,1589,1589,1378,1589,1589,221,1589,1589,1378,1589,1589,1589 0/0:48,0,0,0,0,0,0:48:20 1/2:1,3,9,0,0,0,0:19:88:549,330,307,88,0,321,435,333,171,488,435,333,171,488,488,435,333,171,488,488,488,435,333,171,488,488,488,488 0/0:60,0,0,0,0,0,0:60:60 0/0:23,0,0,0,0,0,0:23:50 0/0:28,0,0,0,0,0,0:28:60 0/0:73,0,0,0,0,0,0:73:60 0/0:8,0,0,0,0,0,0:9:99:0,130,1555,130,1555,1555,130,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,1555,130,1555,1555,1555,1555,1555,1555 1/2:3,4,9,0,0,0,0:19:43:486,327,340,43,0,238,415,363,174,521,415,363,174,521,521,415,363,174,521,521,521,415,363,174,521,521,521,521 0/0:68,0,0,0,0,0,0:68:40 2/2:0,0,11,0,0,0,0:11:36:478,478,478,36,36,0,478,478,36,478,478,478,36,478,478,478,478,36,478,478,478,478,478,36,478,478,478,478 0/0:62,0,0,0,0,0,0:62:40 0/0:33,0,0,0,0,0,0:33:50 0/0:55,0,0,0,0,0,0:55:40 0/0:58,0,0,0,0,0,0:58:60 0/2:42,0,6,0,0,0,0:52:99:196,255,1702,0,1455,1421,255,1702,1455,1702,255,1702,1455,1702,1702,255,1702,1455,1702,1702,1702,255,1702,1455,1702,1702,1702,1702 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:10 0/0:58,0,0,0,0,0,0:58:60 0/0:59,0,0,0,0,0,0:59:60 0/0:47,0,0,0,0,0,0:47:60 2/4:0,0,4,0,0,0,0:4:99:420,485,1364,245,1124,1229,485,1364,1124,1364,175,244,0,244,569,485,1364,1124,1364,244,1364,485,1364,1124,1364,244,1364,1364 0/0:52,0,0,0,0,0,0:52:20 0/2:24,0,7,0,0,0,0:31:99:129,246,1575,0,911,873,246,1575,911,1575,246,1575,911,1575,1575,246,1575,911,1575,1575,1575,246,1575,911,1575,1575,1575,1575 0/0:44,0,0,0,0,0,0:44:50 2/3:0,0,6,3,0,0,0:9:78:371,303,290,83,94,78,129,129,0,101,303,290,94,129,290,303,290,94,129,290,290,303,290,94,129,290,290,290 .:0,0,0,0,0,0,0 0/2:15,0,14,0,0,0,0:29:99:503,548,1352,0,804,758,548,1352,804,1352,548,1352,804,1352,1352,548,1352,804,1352,1352,1352,548,1352,804,1352,1352,1352,1352 +chr1 11944422 . TACACAC TAC,TACAC,T,TACACACACAC,TACACACACACACAC,TACACACACACACACAC 1342.55 . 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C CACACACACACACAT,CACACACACAT,T,CACACACACACAT,CACACACAT,CACACAT 5888.35 . 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GA GAAAA,AA,GAAA,G,GAA 1624.43 . 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CTT CT,CTTT,C,CTTTT,CTTTTTT,CTTTTT 979.64 . AC=6,4,4,1,1,2;AF=0.107,0.071,0.071,0.018,0.018,0.036;AN=56;BaseQRankSum=-5.810e-01;DP=1154;ExcessHet=0.3017;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.2065;MLEAC=6,3,3,1,1,2;MLEAF=0.107,0.054,0.054,0.018,0.018,0.036;MQ=56.82;MQRankSum=0.769;QD=5.50;ReadPosRankSum=1.04;SOR=0.359 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5,0,0,0,0,0:30:52:52,0,486,137,570,1024,137,570,1024,1024,137,570,1024,1024,1024,137,570,1024,1024,1024,1024,137,570,1024,1024,1024,1024,1024 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 2/2:0,0,2,0,0,0,0:2:6:40,40,40,6,6,0,40,40,6,40,40,40,6,40,40,40,40,6,40,40,40,40,40,6,40,40,40,40 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:50 0/3:20,0,0,5,0,0,0:25:36:36,93,446,93,446,446,0,353,353,337,93,446,446,353,446,93,446,446,353,446,446,93,446,446,353,446,446,446 0/0:63,0,0,0,0,0,0:63:50 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:10,0,0,2,0,0,0:12:27:27,56,228,56,228,228,0,172,172,165,56,228,228,172,228,56,228,228,172,228,228,56,228,228,172,228,228,228 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:52,0,0,0,0,0,0:52:30 0/0:21,0,0,0,0,0,0:21:20 0/4:2,0,0,0,6,0,0:8:9:151,159,198,159,198,198,159,198,198,198,0,40,40,40,9,159,198,198,198,40,198,159,198,198,198,40,198,198 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:58,0,0,0,0,0,0:58:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:22,0,0,0,0,0,0:22:30 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:45,0,0,0,0,0,0:45:40 0/3:18,0,0,2,0,0,0:20:3:3,57,412,57,412,412,0,355,355,348,57,412,412,355,412,57,412,412,355,412,412,57,412,412,355,412,412,412 0/2:3,0,5,0,0,0,0:8:23:81,90,133,0,42,23,90,133,42,133,90,133,42,133,133,90,133,42,133,133,133,90,133,42,133,133,133,133 0/0:25,0,0,0,0,0,0:25:30 1/2:3,7,6,0,0,0,0:16:27:76,39,202,27,0,88,120,162,109,239,120,162,109,239,239,120,162,109,239,239,239,120,162,109,239,239,239,239 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/5:5,0,0,0,0,2,0:7:61:179,197,292,197,292,292,197,292,292,292,197,292,292,292,292,0,95,95,95,95,61,197,292,292,292,292,95,292 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:38,0,0,0,0,0,0:38:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:10,0,0,4,0,0,0:14:62:62,93,294,93,294,294,0,201,201,188,93,294,294,201,294,93,294,294,201,294,294,93,294,294,201,294,294,294 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:8,3,0,0,0,0,0:13:36:36,0,101,77,138,274,77,138,274,274,77,138,274,274,274,77,138,274,274,274,274,77,138,274,274,274,274,274 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 1/6:0,3,0,0,0,0,6:9:36:147,120,181,166,161,217,166,161,217,217,166,161,217,217,217,166,161,217,217,217,217,36,0,72,72,72,72,63 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:8,5,0,0,0,0,0:13:45:45,0,67,66,82,148,66,82,148,148,66,82,148,148,148,66,82,148,148,148,148,66,82,148,148,148,148,148 1/6:0,5,0,0,0,0,6:11:63:199,127,165,208,159,259,208,159,259,259,208,159,259,259,259,208,159,259,259,259,259,63,0,108,108,108,108,111 0/0:18,0,0,0,0,0,0:20:56:0,56,520,56,520,520,56,520,520,520,56,520,520,520,520,56,520,520,520,520,520,56,520,520,520,520,520,520 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:14,0,0,0,0,0,0:17:44:0,44,417,44,417,417,44,417,417,417,44,417,417,417,417,44,417,417,417,417,417,44,417,417,417,417,417,417 0/0:33,0,0,0,0,0,0:33:30 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:11,0,0,0,0,0,0:11:10 chr1 26893529 . CTTTT CTTT,CTTTTT,CTT,CT,C,TTTTT 10052.20 . AC=20,3,25,14,4,1;AF=0.175,0.026,0.219,0.123,0.035,8.772e-03;AN=114;BaseQRankSum=0.049;DP=4474;ExcessHet=46.2033;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.5618;MLEAC=19,3,25,14,4,1;MLEAF=0.167,0.026,0.219,0.123,0.035,8.772e-03;MQ=58.26;MQRankSum=0.502;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.094 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:4,9,8,0,0,0,0:36:99:372,229,445,163,0,283,462,441,332,769,462,441,332,769,769,462,441,332,769,769,769,462,441,332,769,769,769,769 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/3:9,0,0,11,0,0,0:29:99:255,270,524,270,524,524,0,261,261,223,270,524,524,261,524,270,524,524,261,524,524,270,524,524,261,524,524,524 0/3:8,0,0,9,0,0,0:29:99:297,250,444,250,444,444,0,211,211,160,250,444,444,211,444,250,444,444,211,444,444,250,444,444,211,444,444,444 0/3:11,0,0,4,0,0,0:28:99:160,138,446,138,446,446,0,330,330,302,138,446,446,330,446,138,446,446,330,446,446,138,446,446,330,446,446,446 0/4:8,0,0,0,5,0,0:19:99:208,158,485,158,485,485,158,485,485,485,0,347,347,347,316,158,485,485,485,347,485,158,485,485,485,347,485,485 1/4:3,8,0,0,3,0,0:16:70:225,70,79,238,119,435,238,119,435,435,110,0,317,317,300,238,119,435,435,317,435,238,119,435,435,317,435,435 0/3:10,0,0,6,0,0,0:18:99:169,199,544,199,544,544,0,253,253,188,199,544,544,253,544,199,544,544,253,544,544,199,544,544,253,544,544,544 1/5:9,11,0,0,0,7,0:31:77:282,77,148,293,221,534,293,221,534,534,293,221,534,534,534,87,0,375,375,375,786,293,221,534,534,534,375,534 0/1:8,8,0,0,0,0,0:16:75:75,0,76,98,99,197,98,99,197,197,98,99,197,197,197,98,99,197,197,197,197,98,99,197,197,197,197,197 0/3:13,0,0,6,0,0,0:23:82:82,109,356,109,356,356,0,283,283,318,109,356,356,283,356,109,356,356,283,356,356,109,356,356,283,356,356,356 0/1:11,8,0,0,0,0,0:23:96:126,0,96,186,180,531,186,180,531,531,186,180,531,531,531,186,180,531,531,531,531,186,180,531,531,531,531,531 0/1:11,6,0,0,0,0,0:17:64:64,0,120,95,138,233,95,138,233,233,95,138,233,233,233,95,138,233,233,233,233,95,138,233,233,233,233,233 0/3:9,0,0,7,0,0,0:16:99:130,158,376,158,376,376,0,219,219,197,158,376,376,219,376,158,376,376,219,376,376,158,376,376,219,376,376,376 0/1:6,6,0,0,0,0,0:28:83:151,0,83,309,269,1439,309,269,1439,1439,309,269,1439,1439,1439,309,269,1439,1439,1439,1439,309,269,1439,1439,1439,1439,1439 0/3:13,0,0,3,0,0,0:19:96:96,116,489,116,489,489,0,326,326,272,116,489,489,326,489,116,489,489,326,489,489,116,489,489,326,489,489,489 0/3:17,0,0,7,0,0,0:24:99:118,171,554,171,554,554,0,383,383,360,171,554,554,383,554,171,554,554,383,554,554,171,554,554,383,554,554,554 0/4:6,0,0,0,5,0,0:17:99:224,225,564,225,564,564,225,564,564,564,0,356,356,356,325,225,564,564,564,356,564,225,564,564,564,356,564,564 1/5:4,7,0,0,0,5,0:16:18:159,71,114,198,171,448,198,171,448,448,198,171,448,448,448,18,0,313,313,313,469,198,171,448,448,448,313,448 1/4:2,7,0,0,7,0,0:28:82:418,238,246,407,282,560,407,282,560,560,82,0,265,265,237,407,282,560,560,265,560,407,282,560,560,265,560,560 0/3:6,0,0,8,0,0,0:17:99:142,199,449,199,449,449,0,204,204,202,199,449,449,204,449,199,449,449,204,449,449,199,449,449,204,449,449,449 1/4:4,6,0,0,5,0,0:20:7:232,91,150,251,209,501,251,209,501,501,7,0,302,302,437,251,209,501,501,302,501,251,209,501,501,302,501,501 0/3:15,0,0,6,0,0,0:27:99:101,132,448,132,448,448,0,356,356,391,132,448,448,356,448,132,448,448,356,448,448,132,448,448,356,448,448,448 0/4:13,0,0,0,7,0,0:20:99:133,171,521,171,521,521,171,521,521,521,0,350,350,350,328,171,521,521,521,350,521,171,521,521,521,350,521,521 2/4:6,0,10,0,5,0,0:25:34:156,214,443,34,173,160,214,443,173,443,39,315,0,315,685,214,443,173,443,315,443,214,443,173,443,315,443,443 2/3:1,0,3,7,0,0,0:13:25:220,255,497,208,261,287,25,257,0,223,255,497,261,257,497,255,497,261,257,497,497,255,497,261,257,497,497,497 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0/5:15,0,0,0,0,6,0:23:99:194,208,706,208,706,706,208,706,706,706,208,706,706,706,706,0,562,562,562,562,679,208,706,706,706,706,562,706 0/0:6,0,0,0,0,0,0:10:19:0,19,159,19,159,159,19,159,159,159,19,159,159,159,159,19,159,159,159,159,159,19,159,159,159,159,159,159 1/4:10,8,0,0,7,0,0:29:38:250,71,113,213,171,420,213,171,420,420,38,0,295,295,499,213,171,420,420,295,420,213,171,420,420,295,420,420 1/3:5,5,0,7,0,0,0:19:7:190,62,93,209,144,345,7,0,144,117,209,144,345,144,345,209,144,345,144,345,345,209,144,345,144,345,345,345 0/3:11,0,0,5,0,0,0:19:99:126,166,569,166,569,569,0,268,268,193,166,569,569,268,569,166,569,569,268,569,569,166,569,569,268,569,569,569 0/4:13,0,0,0,7,0,0:20:99:176,214,583,214,583,583,214,583,583,583,0,369,369,369,346,214,583,583,583,369,583,214,583,583,583,369,583,583 1/3:4,10,0,5,0,0,0:22:19:218,19,39,228,98,384,96,0,257,237,228,98,384,257,384,228,98,384,257,384,384,228,98,384,257,384,384,384 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0/4:14,0,0,0,4,0,0:18:51:51,92,461,92,461,461,92,461,461,461,0,369,369,369,356,92,461,461,461,369,461,92,461,461,461,369,461,461 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:3,0,0,0,2,0,0:5:52:62,70,129,70,129,129,70,129,129,129,0,59,59,59,52,70,129,129,129,59,129,70,129,129,129,59,129,129 0/3:8,0,0,7,0,0,0:15:99:159,184,382,184,382,382,0,198,198,176,184,382,382,198,382,184,382,382,198,382,382,184,382,382,198,382,382,382 -chr1 30933439 . TACACACACACACACACACACACAC TACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACAC,CACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACAC,T 1724.64 . AC=11,3,1,3,1,1;AF=0.220,0.060,0.020,0.060,0.020,0.020;AN=50;BaseQRankSum=-6.740e-01;DP=859;ExcessHet=0.3892;FS=2.185;InbreedingCoeff=0.1298;MLEAC=11,2,1,2,1,1;MLEAF=0.220,0.040,0.020,0.040,0.020,0.020;MQ=58.89;MQRankSum=0.00;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6,0,0,0,0,0:8:30:134,0,30,141,49,190,141,49,190,190,141,49,190,190,190,141,49,190,190,190,190,141,49,190,190,190,190,190 1/2:3,12,6,0,0,0,0:21:53:354,53,69,190,0,293,343,120,290,425,343,120,290,425,425,343,120,290,425,425,425,343,120,290,425,425,425,425 1/3:5,10,0,7,0,0,0:29:73:293,73,217,328,278,662,171,0,362,387,328,278,662,362,662,328,278,662,362,662,662,328,278,662,362,662,662,662 0/1:3,17,0,0,0,0,0:20:20:342,0,20,351,72,422,351,72,422,422,351,72,422,422,422,351,72,422,422,422,422,351,72,422,422,422,422,422 2/2:0,0,1,0,0,0,0:1:4:47,47,47,4,4,0,47,47,4,47,47,47,4,47,47,47,47,4,47,47,47,47,47,4,47,47,47,47 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:26,0,0,0,7,0,0:33:99:117,192,898,192,898,898,192,898,898,898,0,706,706,706,685,192,898,898,898,706,898,192,898,898,898,706,898,898 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:2,2,0,0,0,0,0:4:12:44,0,12,50,20,69,50,20,69,69,50,20,69,69,69,50,20,69,69,69,69,50,20,69,69,69,69,69 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:33,0,0,0,0,0,0:33:40 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:20 .:0,0,0,0,0,0,0 0/5:13,0,0,0,0,5,0:18:98:98,135,635,135,635,635,135,635,635,635,135,635,635,635,635,0,500,500,500,500,482,135,635,635,635,635,500,635 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:10 0/6:6,0,0,0,0,0,3:11:99:111,121,772,121,772,772,121,772,772,772,121,772,772,772,772,121,772,772,772,772,772,0,682,682,682,682,682,745 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:36,0,0,0,0,0,0:36:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:3,2,0,0,0,0,0:5:31:41,0,31,49,37,86,49,37,86,86,49,37,86,86,86,49,37,86,86,86,86,49,37,86,86,86,86,86 0/4:25,0,0,0,6,0,0:31:47:47,121,864,121,864,864,121,864,864,864,0,743,743,743,725,121,864,864,864,743,864,121,864,864,864,743,864,864 1/1:1,4,0,0,0,0,0:5:10:89,10,0,91,12,93,91,12,93,93,91,12,93,93,93,91,12,93,93,93,93,91,12,93,93,93,93,93 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:20 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:23,0,0,0,0,0,0:23:40 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:26,0,0,0,4,0,0:30:1:1,79,823,79,823,823,79,823,823,823,0,745,745,745,733,79,823,823,823,745,823,79,823,823,823,745,823,823 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:2,3,0,0,0,0,0:5:19:56,0,19,62,29,90,62,29,90,90,62,29,90,90,90,62,29,90,90,90,90,62,29,90,90,90,90,90 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:3,0,0,0,0,0,0:6:9:0,9,533,9,533,533,9,533,533,533,9,533,533,533,533,9,533,533,533,533,533,9,533,533,533,533,533,533 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:10 1/1:1,3,0,0,0,0,0:4:3:52,3,0,56,9,62,56,9,62,62,56,9,62,62,62,56,9,62,62,62,62,56,9,62,62,62,62,62 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 -chr1 32621966 . GA GAA,G,AA,GAAA,GAAAA 5849.16 . AC=27,21,13,1,1;AF=0.221,0.172,0.107,8.197e-03,8.197e-03;AN=122;BaseQRankSum=-1.760e-01;DP=3646;ExcessHet=56.4101;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.6254;MLEAC=28,20,13,1,1;MLEAF=0.230,0.164,0.107,8.197e-03,8.197e-03;MQ=59.27;MQRankSum=0.00;QD=5.27;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3,0,0,0,0:9:31:31,0,90,49,98,147,49,98,147,147,49,98,147,147,147,49,98,147,147,147,147 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/2:4,0,3,0,0,0:10:42:42,68,180,0,109,119,68,180,109,180,68,180,109,180,180,68,180,109,180,180,180 2/3:7,0,8,9,0,0:35:38:216,352,860,133,657,810,38,304,0,1052,352,860,657,304,860,352,860,657,304,860,860 0/2:35,0,7,0,0,0:47:37:37,154,1061,0,764,660,154,1061,764,1061,154,1061,764,1061,1061,154,1061,764,1061,1061,1061 0/1:14,9,0,0,0,0:29:76:76,0,293,160,320,542,160,320,542,542,160,320,542,542,542,160,320,542,542,542,542 0/0:6,0,0,0,0,0:16:50:0,50,367,50,367,367,50,367,367,367,50,367,367,367,367,50,367,367,367,367,367 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TTC T,TTCTC,TTCTCTCTCTC,TTCTCTCTC,TTCTCTC,TTCTCTCTCTCTC 3677.40 . AC=5,17,11,4,1,1;AF=0.040,0.137,0.089,0.032,8.065e-03,8.065e-03;AN=124;BaseQRankSum=0.00;DP=829;ExcessHet=4.1650;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0653;MLEAC=4,18,12,3,1,1;MLEAF=0.032,0.145,0.097,0.024,8.065e-03,8.065e-03;MQ=56.72;MQRankSum=-4.310e-01;QD=15.92;ReadPosRankSum=-4.540e-01;SOR=0.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:40 0/1:13,3,0,0,0,0,0:18:76:76,0,544,132,560,769,132,560,769,769,132,560,769,769,769,132,560,769,769,769,769,132,560,769,769,769,769,769 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:7,4,0,0,0,0,0:15:99:155,0,349,196,370,570,196,370,570,570,196,370,570,570,570,196,370,570,570,570,570,196,370,570,570,570,570,570 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:50 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 0/2:10,0,3,0,0,0,0:13:39:39,94,550,0,451,561,94,550,451,550,94,550,451,550,550,94,550,451,550,550,550,94,550,451,550,550,550,550 0/0:17,0,0,0,0,0,0:17:30 0/2:6,0,2,0,0,0,0:8:45:45,63,270,0,208,201,63,270,208,270,63,270,208,270,270,63,270,208,270,270,270,63,270,208,270,270,270,270 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0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:50 0/0:12,0,0,0,0,0,0:12:20 0/0:10,0,0,0,0,0,0:10:20 0/2:9,0,2,0,0,0,0:11:30:30,57,329,0,272,266,57,329,272,329,57,329,272,329,329,57,329,272,329,329,329,57,329,272,329,329,329,329 2/5:0,0,3,0,0,8,0:11:64:491,413,388,228,223,187,413,388,223,388,413,388,223,388,388,94,96,0,96,96,64,413,388,223,388,388,96,388 0/0:11,0,0,0,0,0,0:11:30 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:60 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:40 0/2:2,0,4,0,0,0,0:6:40:88,112,253,0,62,40,112,253,62,253,112,253,62,253,253,112,253,62,253,253,253,112,253,62,253,253,253,253 0/3:5,0,0,0,0,0,0:7:99:114,131,362,131,362,362,0,201,201,178,131,362,362,201,362,131,362,362,201,362,362,131,362,362,201,362,362,362 0/2:5,0,4,0,0,0,0:9:85:85,124,395,0,195,193,124,395,195,395,124,395,195,395,395,124,395,195,395,395,395,124,395,195,395,395,395,395 0/6:8,0,0,0,0,0,2:10:99:178,220,766,220,766,766,220,766,766,766,220,766,766,766,766,220,766,766,766,766,766,0,507,507,507,507,507,487 0/1:0,3,0,0,0,0,0:4:99:221,0,180,236,199,435,236,199,435,435,236,199,435,435,435,236,199,435,435,435,435,236,199,435,435,435,435,435 0/0:2,0,0,0,0,0,0:2:0 0/0:9,0,0,0,0,0,0:9:0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:5,0,0,0,4,0,0:10:99:202,230,588,230,588,588,230,588,588,588,0,359,359,359,345,230,588,588,588,359,588,230,588,588,588,359,588,588 0/2:13,0,3,0,0,0,0:16:42:42,107,865,0,614,629,107,865,614,865,107,865,614,865,865,107,865,614,865,865,865,107,865,614,865,865,865,865 0/0:10,0,0,0,0,0,0:10:20 0/0:9,0,0,0,0,0,0:9:30 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:40 0/2:3,0,4,0,0,0,0:7:56:108,117,185,0,68,56,117,185,68,185,117,185,68,185,185,117,185,68,185,185,185,117,185,68,185,185,185,185 0/2:8,0,1,0,0,0,0:9:8:8,32,333,0,300,296,32,333,300,333,32,333,300,333,333,32,333,300,333,333,333,32,333,300,333,333,333,333 2/3:1,0,2,3,0,0,0:6:24:136,137,198,72,104,92,24,94,0,117,137,198,104,94,198,137,198,104,94,198,198,137,198,104,94,198,198,198 0/2:4,0,6,0,0,0,0:10:99:165,177,295,0,118,100,177,295,118,295,177,295,118,295,295,177,295,118,295,295,295,177,295,118,295,295,295,295 0/0:10,0,0,0,0,0,0:10:30 0/0:9,0,0,0,0,0,0:9:30 0/3:3,0,0,1,0,0,0:6:99:132,168,582,168,582,582,0,403,403,388,168,582,582,403,582,168,582,582,403,582,582,168,582,582,403,582,582,582 0/0:7,0,0,0,0,0,0:7:30 0/1:9,3,0,0,0,0,0:12:25:25,0,389,66,367,486,66,367,486,486,66,367,486,486,486,66,367,486,486,486,486,66,367,486,486,486,486,486 0/2:12,0,3,0,0,0,0:15:43:43,98,622,0,453,466,98,622,453,622,98,622,453,622,622,98,622,453,622,622,622,98,622,453,622,622,622,622 0/0:7,0,0,0,0,0,0:7:20 +chr1 30933439 . TACACACACACACACACACACACAC TACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACAC,CACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACAC,T 1714.30 . AC=11,3,1,3,1,1;AF=0.250,0.068,0.023,0.068,0.023,0.023;AN=44;BaseQRankSum=-6.740e-01;DP=859;ExcessHet=0.8282;FS=2.185;InbreedingCoeff=0.1009;MLEAC=10,2,1,2,1,1;MLEAF=0.227,0.045,0.023,0.045,0.023,0.023;MQ=58.89;MQRankSum=0.00;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.674;SOR=0.308 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6,0,0,0,0,0:8:30:134,0,30,141,49,190,141,49,190,190,141,49,190,190,190,141,49,190,190,190,190,141,49,190,190,190,190,190 1/2:3,12,6,0,0,0,0:21:53:354,53,69,190,0,293,343,120,290,425,343,120,290,425,425,343,120,290,425,425,425,343,120,290,425,425,425,425 1/3:5,10,0,7,0,0,0:29:73:293,73,217,328,278,662,171,0,362,387,328,278,662,362,662,328,278,662,362,662,662,328,278,662,362,662,662,662 0/1:3,17,0,0,0,0,0:20:20:342,0,20,351,72,422,351,72,422,422,351,72,422,422,422,351,72,422,422,422,422,351,72,422,422,422,422,422 2/2:0,0,1,0,0,0,0:1:4:47,47,47,4,4,0,47,47,4,47,47,47,4,47,47,47,47,4,47,47,47,47,47,4,47,47,47,47 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:26,0,0,0,7,0,0:33:99:117,192,898,192,898,898,192,898,898,898,0,706,706,706,685,192,898,898,898,706,898,192,898,898,898,706,898,898 ./.:27,0,0,0,0,0,0:27:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:2,2,0,0,0,0,0:4:12:44,0,12,50,20,69,50,20,69,69,50,20,69,69,69,50,20,69,69,69,69,50,20,69,69,69,69,69 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:33,0,0,0,0,0,0:33:40 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:20 .:0,0,0,0,0,0,0 0/5:13,0,0,0,0,5,0:18:98:98,135,635,135,635,635,135,635,635,635,135,635,635,635,635,0,500,500,500,500,482,135,635,635,635,635,500,635 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:10 0/6:6,0,0,0,0,0,3:11:99:111,121,772,121,772,772,121,772,772,772,121,772,772,772,772,121,772,772,772,772,772,0,682,682,682,682,682,745 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 ./.:36,0,0,0,0,0,0:36:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:3,2,0,0,0,0,0:5:31:41,0,31,49,37,86,49,37,86,86,49,37,86,86,86,49,37,86,86,86,86,49,37,86,86,86,86,86 0/4:25,0,0,0,6,0,0:31:47:47,121,864,121,864,864,121,864,864,864,0,743,743,743,725,121,864,864,864,743,864,121,864,864,864,743,864,864 1/1:1,4,0,0,0,0,0:5:10:89,10,0,91,12,93,91,12,93,93,91,12,93,93,93,91,12,93,93,93,93,91,12,93,93,93,93,93 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:20 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:23,0,0,0,0,0,0:23:40 .:0,0,0,0,0,0,0 0/4:26,0,0,0,4,0,0:30:1:1,79,823,79,823,823,79,823,823,823,0,745,745,745,733,79,823,823,823,745,823,79,823,823,823,745,823,823 .:0,0,0,0,0,0,0 ./.:14,0,0,0,0,0,0:14:0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:2,3,0,0,0,0,0:5:19:56,0,19,62,29,90,62,29,90,90,62,29,90,90,90,62,29,90,90,90,90,62,29,90,90,90,90,90 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:3,0,0,0,0,0,0:6:9:0,9,533,9,533,533,9,533,533,533,9,533,533,533,533,9,533,533,533,533,533,9,533,533,533,533,533,533 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:26,0,0,0,0,0,0:26:10 1/1:1,3,0,0,0,0,0:4:3:52,3,0,56,9,62,56,9,62,62,56,9,62,62,62,56,9,62,62,62,62,56,9,62,62,62,62,62 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 +chr1 32621966 . GA GAA,G,AA,GAAA,GAAAA 5837.69 . AC=27,21,13,1,1;AF=0.229,0.178,0.110,8.475e-03,8.475e-03;AN=118;BaseQRankSum=-1.760e-01;DP=3646;ExcessHet=66.2762;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.6582;MLEAC=27,20,13,1,1;MLEAF=0.229,0.169,0.110,8.475e-03,8.475e-03;MQ=59.27;MQRankSum=0.00;QD=5.26;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3,0,0,0,0:9:31:31,0,90,49,98,147,49,98,147,147,49,98,147,147,147,49,98,147,147,147,147 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/2:4,0,3,0,0,0:10:42:42,68,180,0,109,119,68,180,109,180,68,180,109,180,180,68,180,109,180,180,180 2/3:7,0,8,9,0,0:35:38:216,352,860,133,657,810,38,304,0,1052,352,860,657,304,860,352,860,657,304,860,860 0/2:35,0,7,0,0,0:47:37:37,154,1061,0,764,660,154,1061,764,1061,154,1061,764,1061,1061,154,1061,764,1061,1061,1061 0/1:14,9,0,0,0,0:29:76:76,0,293,160,320,542,160,320,542,542,160,320,542,542,542,160,320,542,542,542,542 0/0:6,0,0,0,0,0:16:50:0,50,367,50,367,367,50,367,367,367,50,367,367,367,367,50,367,367,367,367,367 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TTC T,TTCTC,TTCTCTCTCTC,TTCTCTCTC,TTCTCTC,TTCTCTCTCTCTC 3668.26 . AC=5,17,11,4,1,1;AF=0.042,0.144,0.093,0.034,8.475e-03,8.475e-03;AN=118;BaseQRankSum=0.00;DP=829;ExcessHet=5.0232;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0948;MLEAC=4,17,11,3,1,1;MLEAF=0.034,0.144,0.093,0.025,8.475e-03,8.475e-03;MQ=56.72;MQRankSum=-4.310e-01;QD=15.88;ReadPosRankSum=-4.540e-01;SOR=0.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:40 0/1:13,3,0,0,0,0,0:18:76:76,0,544,132,560,769,132,560,769,769,132,560,769,769,769,132,560,769,769,769,769,132,560,769,769,769,769,769 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:7,4,0,0,0,0,0:15:99:155,0,349,196,370,570,196,370,570,570,196,370,570,570,570,196,370,570,570,570,570,196,370,570,570,570,570,570 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:50 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 0/2:10,0,3,0,0,0,0:13:39:39,94,550,0,451,561,94,550,451,550,94,550,451,550,550,94,550,451,550,550,550,94,550,451,550,550,550,550 0/0:17,0,0,0,0,0,0:17:30 0/2:6,0,2,0,0,0,0:8:45:45,63,270,0,208,201,63,270,208,270,63,270,208,270,270,63,270,208,270,270,270,63,270,208,270,270,270,270 0/3:2,0,0,1,0,0,0:3:18:18,24,77,24,77,77,0,53,53,50,24,77,77,53,77,24,77,77,53,77,77,24,77,77,53,77,77,77 2/4:0,0,3,0,4,0,0:7:99:311,293,296,171,170,154,293,296,170,296,102,113,0,113,105,293,296,170,296,113,296,293,296,170,296,113,296,296 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:30 0/3:1,0,0,1,0,0,0:3:61:61,83,355,83,355,355,0,271,271,262,83,355,355,271,355,83,355,355,271,355,355,83,355,355,271,355,355,355 0/2:1,0,2,0,0,0,0:5:5:48,58,114,0,17,5,58,114,17,114,58,114,17,114,114,58,114,17,114,114,114,58,114,17,114,114,114,114 0/0:16,0,0,0,0,0,0:16:30 0/0:7,0,0,0,0,0,0:7:10 0/2:3,0,1,0,0,0,0:4:14:14,49,283,0,138,158,49,283,138,283,49,283,138,283,283,49,283,138,283,283,283,49,283,138,283,283,283,283 0/0:8,0,0,0,0,0,0:8:10 0/3:6,0,0,2,0,0,0:8:71:71,92,359,92,359,359,0,267,267,258,92,359,359,267,359,92,359,359,267,359,359,92,359,359,267,359,359,359 0/2:6,0,3,0,0,0,0:9:76:76,94,309,0,214,205,94,309,214,309,94,309,214,309,309,94,309,214,309,309,309,94,309,214,309,309,309,309 ./.:12,0,0,0,0,0,0:12:0 0/3:2,0,0,2,0,0,0:6:99:186,196,451,196,451,451,0,257,257,242,196,451,451,257,451,196,451,451,257,451,451,196,451,451,257,451,451,451 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:40 4/4:0,0,0,0,3,0,0:3:12:166,166,166,166,166,166,166,166,166,166,12,12,12,12,0,166,166,166,166,12,166,166,166,166,166,12,166,166 0/1:3,0,0,0,0,0,0:7:0:6,0,169,0,169,169,0,169,169,169,0,169,169,169,169,0,169,169,169,169,169,0,169,169,169,169,169,169 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:30 0/3:7,0,0,3,0,0,0:10:99:111,132,468,132,468,468,0,333,333,320,132,468,468,333,468,132,468,468,333,468,468,132,468,468,333,468,468,468 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:50 3/3:0,0,0,6,0,0,0:6:21:312,312,313,312,313,313,21,21,21,0,312,313,313,21,313,312,313,313,21,313,313,312,313,313,21,313,313,313 0/0:16,0,0,0,0,0,0:16:40 0/2:5,0,3,0,0,0,0:8:70:70,85,206,0,121,112,85,206,121,206,85,206,121,206,206,85,206,121,206,206,206,85,206,121,206,206,206,206 0/3:6,0,0,1,0,0,0:7:99:102,102,411,102,411,411,0,313,313,304,102,411,411,313,411,102,411,411,313,411,411,102,411,411,313,411,411,411 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T A,TCACACACACACACACA,TCACACACACACACACACA,TCACACACACACACACACACA,TCACACACACACACA 3478.51 . AC=25,5,3,2,3;AF=0.219,0.044,0.026,0.018,0.026;AN=114;BaseQRankSum=0.00;DP=1154;ExcessHet=8.2174;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.1471;MLEAC=5,5,3,1,3;MLEAF=0.044,0.044,0.026,8.772e-03,0.026;MQ=57.15;MQRankSum=0.00;QD=33.13;ReadPosRankSum=1.15;SOR=0.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:0,0,0,0,0,0:16:0:30,0,89,0,89,89,0,89,89,89,0,89,89,89,89,0,89,89,89,89,89 1/2:1,10,9,0,0,0:20:99:1120,248,200,431,0,556,767,254,589,921,767,254,589,921,921,767,254,589,921,921,921 2/3:0,0,4,6,0,0:11:51:1298,404,321,242,169,153,143,89,0,51,404,321,169,89,321,404,321,169,89,321,321 0/1:13,2,0,0,0,0:17:24:24,0,513,60,492,684,60,492,684,684,60,492,684,684,684,60,492,684,684,684,684 0/0:4,0,0,0,0,0:14:13:0,13,259,13,259,259,13,259,259,259,13,259,259,259,259,13,259,259,259,259,259 0/1:1,0,0,0,0,0:6:0:85,0,189,0,189,189,0,189,189,189,0,189,189,189,189,0,189,189,189,189,189 0/0:10,0,0,0,0,0:16:61:0,61,495,61,495,495,61,495,495,495,61,495,495,495,495,61,495,495,495,495,495 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AC=5,1,1,2,1,1;AF=0.054,0.011,0.011,0.022,0.011,0.011;AN=92;BaseQRankSum=0.452;DP=1139;ExcessHet=0.4741;FS=11.709;InbreedingCoeff=0.1050;MLEAC=5,1,1,1,1,1;MLEAF=0.054,0.011,0.011,0.011,0.011,0.011;MQ=47.34;MQRankSum=1.33;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3,0,0,0,0,0:7:94:122,0,94,133,112,252,133,112,252,252,133,112,252,252,252,133,112,252,252,252,252,133,112,252,252,252,252,252 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:5,2,0,0,0,0,0:9:95:95,0,137,95,172,300,95,172,300,300,95,172,300,300,300,95,172,300,300,300,300,95,172,300,300,300,300,300 0/2:2,0,2,0,0,0,0:4:94:94,100,209,0,109,100,100,209,109,209,100,209,109,209,209,100,209,109,209,209,209,100,209,109,209,209,209,209 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/0:41,0,0,0,0,0,0:41:50 0/0:35,0,0,0,0,0,0:35:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:39,0,0,0,0,0,0:39:60 0/0:42,0,0,0,0,0,0:42:60 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:19,0,0,0,0,0,0:19:40 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:50 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:30 0/0:17,0,0,0,0,0,0:17:30 0/3:14,0,0,3,0,0,0:17:77:77,121,590,121,590,590,0,469,469,459,121,590,590,469,590,121,590,590,469,590,590,121,590,590,469,590,590,590 0/0:32,0,0,0,0,0,0:32:60 0/4:25,0,0,0,2,0,0:27:2:2,85,825,85,825,825,85,825,825,825,0,740,740,740,733,85,825,825,825,740,825,85,825,825,825,740,825,825 0/1:14,5,0,0,0,0,0:19:99:129,0,285,175,301,476,175,301,476,476,175,301,476,476,476,175,301,476,476,476,476,175,301,476,476,476,476,476 0/1:18,4,0,0,0,0,0:22:54:54,0,348,109,360,469,109,360,469,469,109,360,469,469,469,109,360,469,469,469,469,109,360,469,469,469,469,469 0/0:36,0,0,0,0,0,0:36:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:25,0,0,0,0,0,0:25:40 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:0 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:60 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:22,0,0,0,0,0,0:24:67:0,67,798,67,798,798,67,798,798,798,67,798,798,798,798,67,798,798,798,798,798,67,798,798,798,798,798,798 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:20 0/0:30,0,0,0,0,0,0:30:50 0/0:29,0,0,0,0,0,0:29:50 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:30 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 0/0:1,0,0,0,0,0,0:2:3:0,3,11,3,11,11,3,11,11,11,3,11,11,11,11,3,11,11,11,11,11,3,11,11,11,11,11,11 1/5:0,3,0,0,0,4,0:7:74:143,74,334,183,225,307,183,225,307,307,183,225,307,307,307,85,0,118,118,118,84,183,225,307,307,307,118,307 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:20 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:40 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:10 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/4:13,0,0,0,3,0,0:16:60:60,101,469,101,469,469,101,469,469,469,0,369,369,369,359,101,469,469,469,369,469,101,469,469,469,369,469,469 0/6:5,0,0,0,0,0,3:8:55:55,71,154,71,154,154,71,154,154,154,71,154,154,154,154,71,154,154,154,154,154,0,83,83,83,83,83,74 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:20 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:19,0,0,0,0,0,0:19:20 0/0:12,0,0,0,0,0,0:12:30 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:30 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:10 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:11,0,0,0,0,0,0:11:20 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 -chr1 45531041 . GTTTT GT,GTT,GTTT,G,GTTTTTT 2369.21 . 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TAAA TAAAA,T,TA,TAA,TAAAAA 11967.53 . AC=26,18,1,19,3;AF=0.220,0.153,8.475e-03,0.161,0.025;AN=118;BaseQRankSum=0.117;DP=1689;ExcessHet=36.3084;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.5016;MLEAC=27,18,1,19,3;MLEAF=0.229,0.153,8.475e-03,0.161,0.025;MQ=59.66;MQRankSum=0.00;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5,0,0,0,0:18:88:88,0,221,115,253,393,115,253,393,393,115,253,393,393,393,115,253,393,393,393,393 0/1:3,15,0,0,0,0:18:6:299,0,6,308,51,359,308,51,359,359,308,51,359,359,359,308,51,359,359,359,359 0/1:4,6,0,0,0,0:10:55:86,0,55,97,72,169,97,72,169,169,97,72,169,169,169,97,72,169,169,169,169 0/1:7,6,0,0,0,0:13:99:106,0,131,127,149,275,127,149,275,275,127,149,275,275,275,127,149,275,275,275,275 2/3:0,0,9,3,0,0:12:62:473,406,386,78,87,62,233,232,0,197,406,386,87,232,386,406,386,87,232,386,386 0/2:9,0,9,0,0,0:26:99:338,338,808,0,490,457,338,808,490,808,338,808,490,808,808,338,808,490,808,808,808 0/1:8,6,0,0,0,0:19:90:90,0,182,137,194,358,137,194,358,358,137,194,358,358,358,137,194,358,358,358,358 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C CAAAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAA,CAAAAAAAA 29677.15 . 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CAAAAAA CAAA,CAAAAAAAAAAAAAAAA,C,CAA,CAAAAAAAA,CAAAA 697.52 . AC=5,1,1,2,1,1;AF=0.056,0.011,0.011,0.022,0.011,0.011;AN=90;BaseQRankSum=0.452;DP=1139;ExcessHet=0.4951;FS=11.709;InbreedingCoeff=0.0687;MLEAC=5,1,1,1,1,1;MLEAF=0.056,0.011,0.011,0.011,0.011,0.011;MQ=47.34;MQRankSum=1.33;QD=5.28;ReadPosRankSum=0.00;SOR=2.891 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3,0,0,0,0,0:7:94:122,0,94,133,112,252,133,112,252,252,133,112,252,252,252,133,112,252,252,252,252,133,112,252,252,252,252,252 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:5,2,0,0,0,0,0:9:95:95,0,137,95,172,300,95,172,300,300,95,172,300,300,300,95,172,300,300,300,300,95,172,300,300,300,300,300 0/2:2,0,2,0,0,0,0:4:94:94,100,209,0,109,100,100,209,109,209,100,209,109,209,209,100,209,109,209,209,209,100,209,109,209,209,209,209 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/0:41,0,0,0,0,0,0:41:50 0/0:35,0,0,0,0,0,0:35:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:39,0,0,0,0,0,0:39:60 0/0:42,0,0,0,0,0,0:42:60 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:19,0,0,0,0,0,0:19:40 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:50 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:30 0/0:17,0,0,0,0,0,0:17:30 0/3:14,0,0,3,0,0,0:17:77:77,121,590,121,590,590,0,469,469,459,121,590,590,469,590,121,590,590,469,590,590,121,590,590,469,590,590,590 0/0:32,0,0,0,0,0,0:32:60 0/4:25,0,0,0,2,0,0:27:2:2,85,825,85,825,825,85,825,825,825,0,740,740,740,733,85,825,825,825,740,825,85,825,825,825,740,825,825 0/1:14,5,0,0,0,0,0:19:99:129,0,285,175,301,476,175,301,476,476,175,301,476,476,476,175,301,476,476,476,476,175,301,476,476,476,476,476 0/1:18,4,0,0,0,0,0:22:54:54,0,348,109,360,469,109,360,469,469,109,360,469,469,469,109,360,469,469,469,469,109,360,469,469,469,469,469 0/0:36,0,0,0,0,0,0:36:30 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:25,0,0,0,0,0,0:25:40 ./.:13,0,0,0,0,0,0:13:0 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:60 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:22,0,0,0,0,0,0:24:67:0,67,798,67,798,798,67,798,798,798,67,798,798,798,798,67,798,798,798,798,798,67,798,798,798,798,798,798 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:27,0,0,0,0,0,0:27:60 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:20 0/0:30,0,0,0,0,0,0:30:50 0/0:29,0,0,0,0,0,0:29:50 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:30 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 0/0:1,0,0,0,0,0,0:2:3:0,3,11,3,11,11,3,11,11,11,3,11,11,11,11,3,11,11,11,11,11,3,11,11,11,11,11,11 1/5:0,3,0,0,0,4,0:7:74:143,74,334,183,225,307,183,225,307,307,183,225,307,307,307,85,0,118,118,118,84,183,225,307,307,307,118,307 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:20 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:40 0/0:13,0,0,0,0,0,0:13:10 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:18,0,0,0,0,0,0:18:30 0/4:13,0,0,0,3,0,0:16:60:60,101,469,101,469,469,101,469,469,469,0,369,369,369,359,101,469,469,469,369,469,101,469,469,469,369,469,469 0/6:5,0,0,0,0,0,3:8:55:55,71,154,71,154,154,71,154,154,154,71,154,154,154,154,71,154,154,154,154,154,0,83,83,83,83,83,74 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:20 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:19,0,0,0,0,0,0:19:20 0/0:12,0,0,0,0,0,0:12:30 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:30 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:10 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:11,0,0,0,0,0,0:11:20 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 +chr1 45531041 . GTTTT GT,GTT,GTTT,G,GTTTTTT 2361.84 . AC=10,15,11,2,2;AF=0.096,0.144,0.106,0.019,0.019;AN=104;BaseQRankSum=-2.530e-01;DP=992;ExcessHet=3.1415;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.0875;MLEAC=9,16,10,2,1;MLEAF=0.087,0.154,0.096,0.019,9.615e-03;MQ=59.07;MQRankSum=0.674;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.619;SOR=0.566 GT:AD:DP:GQ:PL .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/1:2,2,0,0,0,0:6:24:91,0,24,84,39,134,84,39,134,134,84,39,134,134,134,84,39,134,134,134,134 .:0,0,0,0,0,0 0/2:3,0,2,0,0,0:5:51:51,61,126,0,65,59,61,126,65,126,61,126,65,126,126,61,126,65,126,126,126 1/3:1,2,0,2,0,0:5:23:86,23,137,96,99,156,38,0,65,45,96,99,156,65,156,96,99,156,65,156,156 0/1:12,3,0,0,0,0:15:84:84,0,290,125,300,424,125,300,424,424,125,300,424,424,424,125,300,424,424,424,424 0/3:2,0,0,4,0,0:6:25:58,64,101,64,101,101,0,37,37,25,64,101,101,37,101,64,101,101,37,101,101 0/3:2,0,0,2,0,0:7:21:54,66,155,66,155,155,0,52,52,21,66,155,155,52,155,66,155,155,52,155,155 0/2:1,0,2,0,0,0:3:21:57,60,88,0,28,21,60,88,28,88,60,88,28,88,88,60,88,28,88,88,88 0/2:4,0,4,0,0,0:8:67:93,108,187,0,79,67,108,187,79,187,108,187,79,187,187,108,187,79,187,187,187 0/2:2,0,6,0,0,0:8:37:135,141,196,0,55,37,141,196,55,196,141,196,55,196,196,141,196,55,196,196,196 0/2:3,0,3,0,0,0:6:47:67,78,134,0,56,47,78,134,56,134,78,134,56,134,134,78,134,56,134,134,134 0/1:10,7,0,0,0,0:17:99:224,0,228,256,250,506,256,250,506,506,256,250,506,506,506,256,250,506,506,506,506 0/0:20,0,0,0,0,0:20:20 0/1:5,2,0,0,0,0:7:66:66,0,123,83,130,213,83,130,213,213,83,130,213,213,213,83,130,213,213,213,213 0/0:18,0,0,0,0,0:18:10 1/3:3,4,0,3,0,0:10:3:117,3,274,137,189,289,40,0,116,74,137,189,289,116,289,137,189,289,116,289,289 1/1:0,3,0,0,0,0:3:9:99,9,0,99,9,99,99,9,99,99,99,9,99,99,99,99,9,99,99,99,99 1/3:2,2,0,2,0,0:6:2:51,2,263,76,169,213,5,0,64,28,76,169,213,64,213,76,169,213,64,213,213 0/0:21,0,0,0,0,0:21:10 3/4:1,0,0,4,3,0:8:29:104,154,381,154,381,381,29,87,87,33,67,342,342,0,540,154,381,381,87,342,381 0/4:10,0,0,0,2,0:12:44:44,74,337,74,337,337,74,337,337,337,0,263,263,263,256,74,337,337,337,263,337 0/0:21,0,0,0,0,0:21:10 0/2:5,0,4,0,0,0:9:93:93,108,236,0,128,116,108,236,128,236,108,236,128,236,236,108,236,128,236,236,236 0/0:18,0,0,0,0,0:18:10 0/1:5,3,0,0,0,0:8:75:75,0,125,90,135,225,90,135,225,225,90,135,225,225,225,90,135,225,225,225,225 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 0/0:13,0,0,0,0,0:13:10 0/2:10,0,3,0,0,0:13:48:48,78,287,0,210,200,78,287,210,287,78,287,210,287,287,78,287,210,287,287,287 0/3:1,0,0,4,0,0:5:6:50,53,70,53,70,70,0,17,17,6,53,70,70,17,70,53,70,70,17,70,70 0/2:3,0,3,0,0,0:6:62:76,91,162,0,72,62,91,162,72,162,91,162,72,162,162,91,162,72,162,162,162 0/0:18,0,0,0,0,0:18:20 0/2:3,0,3,0,0,0:6:67:80,91,168,0,77,67,91,168,77,168,91,168,77,168,168,91,168,77,168,168,168 0/0:14,0,0,0,0,0:14:10 0/3:2,0,0,3,0,0:5:28:38,45,82,45,82,82,0,37,37,28,45,82,82,37,82,45,82,82,37,82,82 0/3:2,0,0,2,0,0:4:29:32,38,73,38,73,73,0,35,35,29,38,73,73,35,73,38,73,73,35,73,73 0/2:2,0,2,0,0,0:6:45:45,53,113,0,73,91,53,113,73,113,53,113,73,113,113,53,113,73,113,113,113 0/0:21,0,0,0,0,0:21:20 0/2:4,0,4,0,0,0:8:70:81,93,175,0,82,70,93,175,82,175,93,175,82,175,175,93,175,82,175,175,175 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 0/3:1,0,0,3,0,0:4:9:42,45,63,45,63,63,0,18,18,9,45,63,63,18,63,45,63,63,18,63,63 0/0:18,0,0,0,0,0:18:20 5/5:0,0,0,0,0,2:2:6:60,60,61,60,61,61,60,61,61,61,60,61,61,61,61,6,6,6,6,6,0 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 0/0:16,0,0,0,0,0:16:20 .:0,0,0,0,0,0 0/2:5,0,2,0,0,0:7:44:44,61,166,0,105,99,61,166,105,166,61,166,105,166,166,61,166,105,166,166,166 0/0:10,0,0,0,0,0:10:10 2/3:1,0,3,2,0,0:9:28:158,125,162,28,79,62,80,83,0,67,125,162,79,83,162,125,162,79,83,162,162 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 0/0:1,0,0,0,0,0:2:4:0,4,52,4,52,52,4,52,52,52,4,52,52,52,52,4,52,52,52,52,52 0/0:16,0,0,0,0,0:16:20 .:0,0,0,0,0,0 0/0:15,0,0,0,0,0:15:10 0/2:3,0,4,0,0,0:7:61:112,121,194,0,74,61,121,194,74,194,121,194,74,194,194,121,194,74,194,194,194 ./.:13,0,0,0,0,0:13:0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 ./.:2,0,0,0,0,0:2:0 0/2:2,0,2,0,0,0:4:46:49,58,111,0,52,46,58,111,52,111,58,111,52,111,111,58,111,52,111,111,111 +chr1 46658226 . TAAA TAAAA,T,TA,TAA,TAAAAA 11960.88 . AC=26,18,1,19,3;AF=0.224,0.155,8.621e-03,0.164,0.026;AN=116;BaseQRankSum=0.117;DP=1689;ExcessHet=40.7701;FS=0.000;InbreedingCoeff=-0.5171;MLEAC=26,17,1,19,3;MLEAF=0.224,0.147,8.621e-03,0.164,0.026;MQ=59.66;MQRankSum=0.00;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.073;SOR=0.589 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5,0,0,0,0:18:88:88,0,221,115,253,393,115,253,393,393,115,253,393,393,393,115,253,393,393,393,393 0/1:3,15,0,0,0,0:18:6:299,0,6,308,51,359,308,51,359,359,308,51,359,359,359,308,51,359,359,359,359 0/1:4,6,0,0,0,0:10:55:86,0,55,97,72,169,97,72,169,169,97,72,169,169,169,97,72,169,169,169,169 0/1:7,6,0,0,0,0:13:99:106,0,131,127,149,275,127,149,275,275,127,149,275,275,275,127,149,275,275,275,275 2/3:0,0,9,3,0,0:12:62:473,406,386,78,87,62,233,232,0,197,406,386,87,232,386,406,386,87,232,386,386 0/2:9,0,9,0,0,0:26:99:338,338,808,0,490,457,338,808,490,808,338,808,490,808,808,338,808,490,808,808,808 0/1:8,6,0,0,0,0:19:90:90,0,182,137,194,358,137,194,358,358,137,194,358,358,358,137,194,358,358,358,358 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CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,CTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,C 9710.84 . 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0/5:8,0,0,0,0,4,0:12:67:0|1:51440277_CTG_C:67,91,294,91,294,294,91,294,294,294,91,294,294,294,294,0,203,203,203,203,191,91,294,294,294,294,203,294 0/1:4,3,0,0,0,0,0:7:99:.:.:109,0,134,121,143,265,121,143,265,265,121,143,265,265,265,121,143,265,265,265,265,121,143,265,265,265,265,265 .:0,0,0,0,0,0,0 0/5:10,0,0,0,0,4,0:14:70:.:.:70,99,299,99,299,299,99,299,299,299,99,299,299,299,299,0,200,200,200,200,188,99,299,299,299,299,200,299 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:50 0/5:7,0,0,0,0,4,0:11:88:.:.:88,109,273,109,273,273,109,273,273,273,109,273,273,273,273,0,164,164,164,164,152,109,273,273,273,273,164,273 0/0:14,0,0,0,0,0,0:14:20 0/4:3,0,0,0,17,0,0:20:20:0|1:51440277_C_CTG:531,540,614,540,614,614,540,614,614,614,0,74,74,74,20,540,614,614,614,74,614,540,614,614,614,74,614,614 0/4:2,0,0,0,4,0,0:6:40:.:.:65,71,123,71,123,123,71,123,123,123,0,51,51,51,40,71,123,123,123,51,123,71,123,123,123,51,123,123 0/0:11,0,0,0,0,0,0:11:30 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CAAAAA CAAAA,CAAA,CAA,CAAAAAA,CA,C 3200.27 . AC=29,12,4,7,1,1;AF=0.242,0.100,0.033,0.058,8.333e-03,8.333e-03;AN=120;BaseQRankSum=0.00;DP=1307;ExcessHet=27.8008;FS=4.422;InbreedingCoeff=-0.4148;MLEAC=29,12,4,7,1,1;MLEAF=0.242,0.100,0.033,0.058,8.333e-03,8.333e-03;MQ=58.92;MQRankSum=0.00;QD=6.43;ReadPosRankSum=0.00;SOR=0.166 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2,0,0,0,0,0:6:29:29,0,49,43,49,96,43,49,96,96,43,49,96,96,96,43,49,96,96,96,96,43,49,96,96,96,96,96 .:0,0,0,0,0,0,0 0/2:6,0,4,0,0,0,0:13:99:129,124,288,0,147,114,124,288,147,288,124,288,147,288,288,124,288,147,288,288,288,124,288,147,288,288,288,288 0/1:7,5,0,0,0,0,0:17:66:66,0,164,106,161,276,106,161,276,276,106,161,276,276,276,106,161,276,276,276,276,106,161,276,276,276,276,276 1/1:0,7,0,0,0,0,0:7:21:149,21,0,149,21,149,149,21,149,149,149,21,149,149,149,149,21,149,149,149,149,149,21,149,149,149,149,149 0/3:15,0,0,3,0,0,0:23:54:54,80,534,80,534,534,0,512,512,772,80,534,534,512,534,80,534,534,512,534,534,80,534,534,512,534,534,534 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0/1:5,8,0,0,0,0,0:13:47:121,0,47,135,70,205,135,70,205,205,135,70,205,205,205,135,70,205,205,205,205,135,70,205,205,205,205,205 0/1:5,4,0,0,0,0,0:11:65:80,0,65,97,97,226,97,97,226,226,97,97,226,226,226,97,97,226,226,226,226,97,97,226,226,226,226,226 1/4:3,3,0,0,4,0,0:10:5:58,23,137,85,117,178,85,117,178,178,5,0,78,78,70,85,117,178,178,78,178,85,117,178,178,78,178,178 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:30 0/1:5,9,0,0,0,0,0:14:57:138,0,57,154,84,239,154,84,239,239,154,84,239,239,239,154,84,239,239,239,239,154,84,239,239,239,239,239 0/0:12,0,0,0,0,0,0:12:20 0/0:7,0,0,0,0,0,0:9:22:0,22,196,22,196,196,22,196,196,196,22,196,196,196,196,22,196,196,196,196,196,22,196,196,196,196,196,196 0/2:14,0,4,0,0,0,0:18:69:69,111,480,0,369,357,111,480,369,480,111,480,369,480,480,111,480,369,480,480,480,111,480,369,480,480,480,480 0/5:5,0,0,0,0,3,0:11:47:47,96,434,96,434,434,96,434,434,434,96,434,434,434,434,0,389,389,389,389,624,96,434,434,434,434,389,434 0/0:19,0,0,0,0,0,0:19:30 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0/1:12,2,0,0,0,0,0:16:20:20,0,180,64,226,354,64,226,354,354,64,226,354,354,354,64,226,354,354,354,354,64,226,354,354,354,354,354 0/3:3,0,0,3,0,0,0:8:73:73,101,295,101,295,295,0,236,236,363,101,295,295,236,295,101,295,295,236,295,295,101,295,295,236,295,295,295 0/0:25,0,0,0,0,0,0:25:40 0/1:5,6,0,0,0,0,0:14:69:121,0,69,133,104,258,133,104,258,258,133,104,258,258,258,133,104,258,258,258,258,133,104,258,258,258,258,258 0/0:24,0,0,0,0,0,0:24:20 0/2:5,0,2,0,0,0,0:9:40:40,55,177,0,139,167,55,177,139,177,55,177,139,177,177,55,177,139,177,177,177,55,177,139,177,177,177,177 0/1:4,4,0,0,0,0,0:8:51:68,0,51,80,63,143,80,63,143,143,80,63,143,143,143,80,63,143,143,143,143,80,63,143,143,143,143,143 0/0:15,0,0,0,0,0,0:15:10 2/4:1,0,2,0,3,0,0:6:37:83,105,192,41,137,190,105,192,137,192,37,75,0,75,62,105,192,137,192,75,192,105,192,137,192,75,192,192 0/0:12,0,0,0,0,0,0:12:20 0/6:6,0,0,0,0,0,2:8:66:66,84,320,84,320,320,84,320,320,320,84,320,320,320,320,84,320,320,320,320,320,0,236,236,236,236,236,230 .:0,0,0,0,0,0,0 0/1:7,2,0,0,0,0,0:9:20:20,0,114,40,120,160,40,120,160,160,40,120,160,160,160,40,120,160,160,160,160,40,120,160,160,160,160,160 chr1 54733747 . ATTTTTTTTTTTT ATTTT,A,ATTT,AT,ATT 4989.14 . AC=18,2,14,1,5;AF=0.145,0.016,0.113,8.065e-03,0.040;AN=124;BaseQRankSum=-3.190e-01;DP=1537;ExcessHet=0.0002;FS=7.011;InbreedingCoeff=0.4339;MLEAC=7,2,13,1,5;MLEAF=0.056,0.016,0.105,8.065e-03,0.040;MQ=59.22;MQRankSum=0.792;QD=22.58;ReadPosRankSum=0.489;SOR=2.429 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/0:6,0,0,0,0,0:6:10 0/1:9,7,0,0,0,0:16:99:.:.:236,0,365,262,386,648,262,386,648,648,262,386,648,648,648,262,386,648,648,648,648 0/2:9,0,3,0,0,0:12:99:.:.:102,126,523,0,396,387,126,523,396,523,126,523,396,523,523,126,523,396,523,523,523 0/1:3,10,0,0,0,0:13:36:.:.:375,0,36,384,67,451,384,67,451,451,384,67,451,451,451,384,67,451,451,451,451 0/0:2,0,0,0,0,0:5:6:0|1:54733747_A_T:0,6,93,6,93,93,6,93,93,93,6,93,93,93,93,6,93,93,93,93,93 0/0:22,0,0,0,0,0:22:20 0/0:9,0,0,0,0,0:32:40:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,40,609,40,609,609,40,609,609,609,40,609,609,609,609,40,609,609,609,609,609 0/0:18,0,0,0,0,0:18:10 0/0:0,0,0,0,0,0:36:0:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 1/2:0,2,5,0,0,0:7:94:.:.:369,173,153,94,0,333,338,191,234,449,338,191,234,449,449,338,191,234,449,449,449 0/0:5,0,0,0,0,0:17:15:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,15,233,15,233,233,15,233,233,233,15,233,233,233,233,15,233,233,233,233,233 0/0:18,0,0,0,0,0:18:10 0/0:0,0,0,0,0,0:40:0:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 0/0:5,0,0,0,0,0:22:27:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,27,405,27,405,405,27,405,405,405,27,405,405,405,405,27,405,405,405,405,405 0/3:3,0,0,12,0,0:15:30:.:.:448,459,528,459,528,528,0,69,69,30,459,528,528,69,528,459,528,528,69,528,528 0/0:5,0,0,0,0,0:22:18:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,18,250,18,250,250,18,250,250,250,18,250,250,250,250,18,250,250,250,250,250 1/1:0,5,0,0,0,0:23:17:.:.:208,17,0,225,39,369,225,39,369,369,225,39,369,369,369,225,39,369,369,369,369 0/1:13,0,0,0,0,0:26:0:.:.:163,0,652,0,652,652,0,652,652,652,0,652,652,652,652,0,652,652,652,652,652 0/1:10,0,0,0,0,0:21:0:.:.:258,0,413,0,413,413,0,413,413,413,0,413,413,413,413,0,413,413,413,413,413 0/0:20,0,0,0,0,0:20:20 0/4:3,0,0,0,5,0:20:53:.:.:204,241,502,241,502,502,241,502,502,502,0,105,105,105,53,241,502,502,502,105,502 0/1:14,0,0,0,0,0:20:0:.:.:176,0,556,0,556,556,0,556,556,556,0,556,556,556,556,0,556,556,556,556,556 0/0:25,0,0,0,0,0:25:30 3/3:1,0,0,5,0,0:27:8:.:.:298,274,326,274,326,326,8,35,35,0,274,326,326,35,326,274,326,326,35,326,326 .:0,0,0,0,0,0 3/5:2,0,0,6,0,5:13:45:.:.:387,306,359,306,359,359,45,106,106,64,306,359,359,106,359,82,170,170,0,170,161 0/0:11,0,0,0,0,0:30:36:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,36,612,36,612,612,36,612,612,612,36,612,612,612,612,36,612,612,612,612,612 0/3:1,0,0,7,0,0:8:9:.:.:248,256,286,256,286,286,0,31,31,9,256,286,286,31,286,256,286,286,31,286,286 3/5:3,0,0,7,0,4:19:73:.:.:433,381,547,381,547,547,76,137,137,73,381,547,547,137,547,95,234,234,0,234,167 0/0:10,0,0,0,0,0:20:36:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,36,528,36,528,528,36,528,528,528,36,528,528,528,528,36,528,528,528,528,528 0/0:5,0,0,0,0,0:21:15:.:.:0,15,200,15,200,200,15,200,200,200,15,200,200,200,200,15,200,200,200,200,200 1/1:0,0,0,0,0,0:29:0:.:.:299,51,0,51,0,0,51,0,0,0,51,0,0,0,0,51,0,0,0,0,0 0/5:15,0,0,0,0,3:18:84:.:.:84,129,1013,129,1013,1013,129,1013,1013,1013,129,1013,1013,1013,1013,0,885,885,885,885,873 0/1:11,0,0,0,0,0:19:0:.:.:155,0,631,0,631,631,0,631,631,631,0,631,631,631,631,0,631,631,631,631,631 1/3:2,5,0,6,0,0:18:61:.:.:516,149,135,298,159,325,61,0,128,84,298,159,325,128,325,298,159,325,128,325,325 1/1:0,0,0,0,0,0:16:0:.:.:415,72,0,72,0,0,72,0,0,0,72,0,0,0,0,72,0,0,0,0,0 0/0:14,0,0,0,0,0:18:42:.:.:0,42,1036,42,1036,1036,42,1036,1036,1036,42,1036,1036,1036,1036,42,1036,1036,1036,1036,1036 0/0:17,0,0,0,0,0:42:55:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,55,1208,55,1208,1208,55,1208,1208,1208,55,1208,1208,1208,1208,55,1208,1208,1208,1208,1208 0/0:0,0,0,0,0,0:29:0:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0 0/0:22,0,0,0,0,0:22:20 0/0:0,0,0,0,0,0:6:0:.:.:0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0 0/0:19,0,0,0,0,0:19:10 1/3:2,6,0,6,0,0:14:54:.:.:458,63,54,335,97,353,78,0,134,118,335,97,353,134,353,335,97,353,134,353,353 0/1:3,4,0,0,0,0:7:99:.:.:158,0,163,170,177,346,170,177,346,346,170,177,346,346,346,170,177,346,346,346,346 3/5:2,0,0,5,0,5:12:50:.:.:372,287,315,287,315,315,50,91,91,56,287,315,315,91,315,76,136,136,0,136,122 0/0:14,0,0,0,0,0:26:44:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,44,614,44,614,614,44,614,614,614,44,614,614,614,614,44,614,614,614,614,614 0/5:8,0,0,0,0,5:15:99:.:.:192,175,417,175,417,417,175,417,417,417,175,417,417,417,417,0,200,200,200,200,150 0/3:4,0,0,4,0,0:10:68:.:.:158,180,399,180,399,399,0,104,104,68,180,399,399,104,399,180,399,399,104,399,399 0/0:11,0,0,0,0,0:11:10 0/0:6,0,0,0,0,0:16:18:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,18,271,18,271,271,18,271,271,271,18,271,271,271,271,18,271,271,271,271,271 0/0:21,0,0,0,0,0:21:20 0/0:25,0,0,0,0,0:25:10 0/0:7,0,0,0,0,0:26:39:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,39,547,39,547,547,39,547,547,547,39,547,547,547,547,39,547,547,547,547,547 3/3:0,0,0,9,0,0:9:24:.:.:385,387,392,387,392,392,24,29,29,0,387,392,392,29,392,387,392,392,29,392,392 0/0:11,0,0,0,0,0:24:36:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,36,870,36,870,870,36,870,870,870,36,870,870,870,870,36,870,870,870,870,870 0/0:14,0,0,0,0,0:27:42:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,42,781,42,781,781,42,781,781,781,42,781,781,781,781,42,781,781,781,781,781 0/0:10,0,0,0,0,0:25:36:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,36,585,36,585,585,36,585,585,585,36,585,585,585,585,36,585,585,585,585,585 3/3:1,0,0,9,0,0:10:10:.:.:346,349,368,349,368,368,10,28,28,0,349,368,368,28,368,349,368,368,28,368,368 0/0:11,0,0,0,0,0:22:44:0|1:54733746_AATTTTTTTTT_A:0,44,576,44,576,576,44,576,576,576,44,576,576,576,576,44,576,576,576,576,576 0/0:8,0,0,0,0,0:18:25:0|1:54733746_AATTTTTTTTTT_A:0,25,528,25,528,528,25,528,528,528,25,528,528,528,528,25,528,528,528,528,528 0/0:5,0,0,0,0,0:12:15:0|1:54733747_A_T:0,15,301,15,301,301,15,301,301,301,15,301,301,301,301,15,301,301,301,301,301 0/0:4,0,0,0,0,0:6:12:.:.:0,12,253,12,253,253,12,253,253,253,12,253,253,253,253,12,253,253,253,253,253 .:0,0,0,0,0,0 1/1:0,0,0,0,0,0:24:0:.:.:284,67,0,67,0,0,67,0,0,0,67,0,0,0,0,67,0,0,0,0,0 chr1 61884451 . GTTTTTT G,GT,GTT,GTTTT,GTTT,GTTTTT 17206.49 . AC=25,28,10,2,6,4;AF=0.208,0.233,0.083,0.017,0.050,0.033;AN=120;BaseQRankSum=-6.970e-01;DP=2366;ExcessHet=1.2830;FS=0.000;InbreedingCoeff=0.0207;MLEAC=26,29,9,2,6,4;MLEAF=0.217,0.242,0.075,0.017,0.050,0.033;MQ=58.90;MQRankSum=1.16;QD=27.84;ReadPosRankSum=0.253;SOR=3.614 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,2,0,0,0,0,0:3:31:81,0,31,84,38,122,84,38,122,122,84,38,122,122,122,84,38,122,122,122,122,84,38,122,122,122,122,122 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 .:0,0,0,0,0,0,0 0/0:4,0,0,0,0,0,0:7:12:0,12,185,12,185,185,12,185,185,185,12,185,185,185,185,12,185,185,185,185,185,12,185,185,185,185,185,185 1/2:1,9,9,0,0,0,0:23:99:817,197,193,246,0,182,544,255,222,545,544,255,222,545,545,544,255,222,545,545,545,544,255,222,545,545,545,545 1/2:2,8,12,0,0,0,0:30:99:867,242,273,216,0,176,694,377,240,842,694,377,240,842,842,694,377,240,842,842,842,694,377,240,842,842,842,842 0/1:11,4,0,0,0,0,0:25:99:291,0,458,176,492,637,176,492,637,637,176,492,637,637,637,176,492,637,637,637,637,176,492,637,637,637,637,637 0/3:5,0,0,4,0,0,0:20:99:269,195,473,195,473,473,0,249,249,186,195,473,473,249,473,195,473,473,249,473,473,195,473,473,249,473,473,473 1/2:2,5,7,0,0,0,0:20:99:526,122,192,135,0,113,410,261,160,559,410,261,160,559,559,410,261,160,559,559,559,410,261,160,559,559,559,559 0/0:20,0,0,0,0,0,0:20:10 1/2:0,11,6,0,0,0,0:17:99:674,142,188,213,0,160,545,194,221,543,545,194,221,543,543,545,194,221,543,543,543,545,194,221,543,543,543,543 1/4:0,8,0,0,2,0,0:29:83:655,83,290,562,319,732,562,319,732,732,555,0,470,470,532,562,319,732,732,470,732,562,319,732,732,470,732,732 5/6:1,0,0,0,0,3,2:6:21:99,113,203,113,203,203,113,203,203,203,113,203,203,203,203,21,139,139,139,139,204,39,76,76,76,76,0,40 0/2:5,0,5,0,0,0,0:10:76:160,176,268,0,92,76,176,268,92,268,176,268,92,268,268,176,268,92,268,268,268,176,268,92,268,268,268,268 2/6:0,0,5,0,0,0,2:9:46:225,233,385,46,220,503,233,385,220,385,233,385,220,385,385,233,385,220,385,385,385,175,188,0,188,188,188,163 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T TAAA,TA,TTAAA,TTAA,TAA,TTA 22320.99 . 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CAAAA CAAAAA,C,CAA,CAAAAAA,CAAA,CAAAAAAAA 1557.32 . 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GT GTT,G,GTTT,GTTTTTT,GTTTT 6096.03 . AC=20,15,3,1,1;AF=0.161,0.121,0.024,8.065e-03,8.065e-03;AN=124;BaseQRankSum=0.00;DP=2091;ExcessHet=29.1493;FS=1.168;InbreedingCoeff=-0.3843;MLEAC=20,16,3,1,1;MLEAF=0.161,0.129,0.024,8.065e-03,8.065e-03;MQ=59.14;MQRankSum=0.00;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.460e-01;SOR=0.862 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:7,15,0,0,0,0:24:99:.:.:311,0,141,363,182,591,363,182,591,591,363,182,591,591,591,363,182,591,591,591,591 1/2:2,6,2,0,0,0:11:23:.:.:187,23,137,130,0,191,202,94,206,304,202,94,206,304,304,202,94,206,304,304,304 0/2:10,0,3,0,0,0:13:23:0|1:64634018_GT_G:23,52,280,0,228,219,52,280,228,280,52,280,228,280,280,52,280,228,280,280,280 0/0:6,0,0,0,0,0:14:17:.:.:0,17,214,17,214,214,17,214,214,214,17,214,214,214,214,17,214,214,214,214,214 .:0,0,0,0,0,0 0/1:23,9,0,0,0,0:35:97:.:.:97,0,454,162,504,717,162,504,717,717,162,504,717,717,717,162,504,717,717,717,717 0/0:30,0,0,0,0,0:30:60 0/0:15,0,0,0,0,0:15:0 0/2:25,0,7,0,0,0:34:99:.:.:102,191,848,0,514,420,191,848,514,848,191,848,514,848,848,191,848,514,848,848,848 0/0:28,0,0,0,0,0:28:60 0/1:11,15,0,0,0,0:26:99:0|1:64634018_G_GT:300,0,166,332,209,540,332,209,540,540,332,209,540,540,540,332,209,540,540,540,540 0/0:34,0,0,0,0,0:34:20 0/0:32,0,0,0,0,0:32:60 0/0:43,0,0,0,0,0:43:30 0/1:7,22,0,0,0,0:34:76:.:.:499,0,76,575,146,828,575,146,828,828,575,146,828,828,828,575,146,828,828,828,828 0/1:9,17,0,0,0,0:26:99:0|1:64634018_G_GT:325,0,128,352,174,526,352,174,526,526,352,174,526,526,526,352,174,526,526,526,526 0/1:15,7,0,0,0,0:22:79:.:.:79,0,281,124,302,426,124,302,426,426,124,302,426,426,426,124,302,426,426,426,426 0/1:17,6,0,0,0,0:25:24:.:.:24,0,375,92,403,575,92,403,575,575,92,403,575,575,575,92,403,575,575,575,575 0/3:8,0,0,11,0,0:35:99:.:.:264,334,632,334,632,632,0,288,288,449,334,632,632,288,632,334,632,632,288,632,632 0/1:12,23,0,0,0,0:42:99:.:.:567,0,226,638,286,976,638,286,976,976,638,286,976,976,976,638,286,976,976,976,976 0/0:24,0,0,0,0,0:24:30 0/1:17,7,0,0,0,0:28:90:.:.:90,0,444,154,458,613,154,458,613,613,154,458,613,613,613,154,458,613,613,613,613 0/0:33,0,0,0,0,0:33:50 0/3:14,0,0,14,0,0:30:99:.:.:274,342,851,342,851,851,0,486,486,579,342,851,851,486,851,342,851,851,486,851,851 0/0:39,0,0,0,0,0:39:60 0/0:26,0,0,0,0,0:39:99:.:.:0,105,1113,105,1113,1113,105,1113,1113,1113,105,1113,1113,1113,1113,105,1113,1113,1113,1113,1113 0/0:33,0,0,0,0,0:33:10 0/4:12,0,0,0,10,0:27:99:.:.:280,354,891,354,891,891,354,891,891,891,0,518,518,518,674,354,891,891,891,518,891 0/2:31,0,10,0,0,0:43:97:.:.:97,221,1092,0,855,881,221,1092,855,1092,221,1092,855,1092,1092,221,1092,855,1092,1092,1092 .:0,0,0,0,0,0 0/2:28,0,5,0,0,0:36:23:.:.:23,108,979,0,768,701,108,979,768,979,108,979,768,979,979,108,979,768,979,979,979 0/2:18,0,10,0,0,0:36:99:.:.:143,232,1037,0,788,750,232,1037,788,1037,232,1037,788,1037,1037,232,1037,788,1037,1037,1037 0/1:16,8,0,0,0,0:24:68:.:.:68,0,260,114,280,394,114,280,394,394,114,280,394,394,394,114,280,394,394,394,394 0/0:41,0,0,0,0,0:41:50 0/2:14,0,3,0,0,0:17:31:.:.:31,70,312,0,242,233,70,312,242,312,70,312,242,312,312,70,312,242,312,312,312 0/2:15,0,3,0,0,0:18:21:.:.:21,65,343,0,278,269,65,343,278,343,65,343,278,343,343,65,343,278,343,343,343 0/2:23,0,5,0,0,0:29:40:.:.:40,123,787,0,670,698,123,787,670,787,123,787,670,787,787,123,787,670,787,787,787 0/0:37,0,0,0,0,0:37:40 0/1:17,5,0,0,0,0:22:65:.:.:65,0,303,115,320,436,115,320,436,436,115,320,436,436,436,115,320,436,436,436,436 0/0:25,0,0,0,0,0:25:60 0/0:34,0,0,0,0,0:34:20 0/1:18,10,0,0,0,0:28:99:0|1:64634018_G_GT:216,0,248,267,279,546,267,279,546,546,267,279,546,546,546,267,279,546,546,546,546 0/2:27,0,6,0,0,0:37:24:.:.:24,130,917,0,790,843,130,917,790,917,130,917,790,917,917,130,917,790,917,917,917 0/0:38,0,0,0,0,0:38:0 0/0:30,0,0,0,0,0:30:60 0/2:15,0,5,0,0,0:20:70:.:.:70,115,556,0,441,426,115,556,441,556,115,556,441,556,556,115,556,441,556,556,556 0/5:10,0,0,0,0,18:32:99:.:.:501,561,1230,561,1230,1230,561,1230,1230,1230,561,1230,1230,1230,1230,0,626,626,626,626,608 0/2:13,0,4,0,0,0:24:31:.:.:31,106,844,0,664,619,106,844,664,844,106,844,664,844,844,106,844,664,844,844,844 0/0:28,0,0,0,0,0:33:84:0|1:64634018_GTT_G:0,84,1005,84,1005,1005,84,1005,1005,1005,84,1005,1005,1005,1005,84,1005,1005,1005,1005,1005 0/1:9,17,0,0,0,0:26:98:0|1:64634018_G_GT:395,0,98,421,148,569,421,148,569,569,421,148,569,569,569,421,148,569,569,569,569 0/2:15,0,6,0,0,0:23:62:.:.:62,132,599,0,469,526,132,599,469,599,132,599,469,599,599,132,599,469,599,599,599 0/1:9,12,0,0,0,0:26:99:.:.:313,0,119,287,185,477,287,185,477,477,287,185,477,477,477,287,185,477,477,477,477 0/1:7,13,0,0,0,0:24:99:.:.:220,0,114,280,157,503,280,157,503,503,280,157,503,503,503,280,157,503,503,503,503 0/0:33,0,0,0,0,0:33:10 0/2:29,0,5,0,0,0:34:18:.:.:18,102,684,0,581,567,102,684,581,684,102,684,581,684,684,102,684,581,684,684,684 0/3:8,0,0,13,0,0:35:99:.:.:450,491,710,491,710,710,0,211,211,208,491,710,710,211,710,491,710,710,211,710,710 0/1:25,5,0,0,0,0:32:2:.:.:2,0,737,110,759,1029,110,759,1029,1029,110,759,1029,1029,1029,110,759,1029,1029,1029,1029 0/2:35,0,6,0,0,0:41:21:0|1:64634018_GT_G:21,125,1079,0,954,936,125,1079,954,1079,125,1079,954,1079,1079,125,1079,954,1079,1079,1079 0/0:17,0,0,0,0,0:20:48:.:.:0,48,467,48,467,467,48,467,467,467,48,467,467,467,467,48,467,467,467,467,467 0/1:13,4,0,0,0,0:17:22:0|1:64634018_G_GT:22,0,290,60,302,361,60,302,361,361,60,302,361,361,361,60,302,361,361,361,361 0/1:19,5,0,0,0,0:24:32:.:.:32,0,467,89,483,573,89,483,573,573,89,483,573,573,573,89,483,573,573,573,573 .:0,0,0,0,0,0 0/1:2,0,0,0,0,0:9:0:.:.:27,0,69,0,69,69,0,69,69,69,0,69,69,69,69,0,69,69,69,69,69 0/0:5,0,0,0,0,0:5:0 0/0:28,0,0,0,0,0:28:30 +chr1 64634018 . GT GTT,G,GTTT,GTTTTTT,GTTTT 6086.45 . AC=20,15,3,1,1;AF=0.169,0.127,0.025,8.475e-03,8.475e-03;AN=118;BaseQRankSum=0.00;DP=2091;ExcessHet=32.0677;FS=1.168;InbreedingCoeff=-0.4330;MLEAC=19,15,3,1,1;MLEAF=0.161,0.127,0.025,8.475e-03,8.475e-03;MQ=59.14;MQRankSum=0.00;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.460e-01;SOR=0.862 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0/1:7,15,0,0,0,0:24:99:.:.:311,0,141,363,182,591,363,182,591,591,363,182,591,591,591,363,182,591,591,591,591 1/2:2,6,2,0,0,0:11:23:.:.:187,23,137,130,0,191,202,94,206,304,202,94,206,304,304,202,94,206,304,304,304 0/2:10,0,3,0,0,0:13:23:0|1:64634018_GT_G:23,52,280,0,228,219,52,280,228,280,52,280,228,280,280,52,280,228,280,280,280 0/0:6,0,0,0,0,0:14:17:.:.:0,17,214,17,214,214,17,214,214,214,17,214,214,214,214,17,214,214,214,214,214 .:0,0,0,0,0,0 0/1:23,9,0,0,0,0:35:97:.:.:97,0,454,162,504,717,162,504,717,717,162,504,717,717,717,162,504,717,717,717,717 0/0:30,0,0,0,0,0:30:60 ./.:15,0,0,0,0,0:15:0 0/2:25,0,7,0,0,0:34:99:.:.:102,191,848,0,514,420,191,848,514,848,191,848,514,848,848,191,848,514,848,848,848 0/0:28,0,0,0,0,0:28:60 0/1:11,15,0,0,0,0:26:99:0|1:64634018_G_GT:300,0,166,332,209,540,332,209,540,540,332,209,540,540,540,332,209,540,540,540,540 0/0:34,0,0,0,0,0:34:20 0/0:32,0,0,0,0,0:32:60 0/0:43,0,0,0,0,0:43:30 0/1:7,22,0,0,0,0:34:76:.:.:499,0,76,575,146,828,575,146,828,828,575,146,828,828,828,575,146,828,828,828,828 0/1:9,17,0,0,0,0:26:99:0|1:64634018_G_GT:325,0,128,352,174,526,352,174,526,526,352,174,526,526,526,352,174,526,526,526,526 0/1:15,7,0,0,0,0:22:79:.:.:79,0,281,124,302,426,124,302,426,426,124,302,426,426,426,124,302,426,426,426,426 0/1:17,6,0,0,0,0:25:24:.:.:24,0,375,92,403,575,92,403,575,575,92,403,575,575,575,92,403,575,575,575,575 0/3:8,0,0,11,0,0:35:99:.:.:264,334,632,334,632,632,0,288,288,449,334,632,632,288,632,334,632,632,288,632,632 0/1:12,23,0,0,0,0:42:99:.:.:567,0,226,638,286,976,638,286,976,976,638,286,976,976,976,638,286,976,976,976,976 0/0:24,0,0,0,0,0:24:30 0/1:17,7,0,0,0,0:28:90:.:.:90,0,444,154,458,613,154,458,613,613,154,458,613,613,613,154,458,613,613,613,613 0/0:33,0,0,0,0,0:33:50 0/3:14,0,0,14,0,0:30:99:.:.:274,342,851,342,851,851,0,486,486,579,342,851,851,486,851,342,851,851,486,851,851 0/0:39,0,0,0,0,0:39:60 0/0:26,0,0,0,0,0:39:99:.:.:0,105,1113,105,1113,1113,105,1113,1113,1113,105,1113,1113,1113,1113,105,1113,1113,1113,1113,1113 0/0:33,0,0,0,0,0:33:10 0/4:12,0,0,0,10,0:27:99:.:.:280,354,891,354,891,891,354,891,891,891,0,518,518,518,674,354,891,891,891,518,891 0/2:31,0,10,0,0,0:43:97:.:.:97,221,1092,0,855,881,221,1092,855,1092,221,1092,855,1092,1092,221,1092,855,1092,1092,1092 .:0,0,0,0,0,0 0/2:28,0,5,0,0,0:36:23:.:.:23,108,979,0,768,701,108,979,768,979,108,979,768,979,979,108,979,768,979,979,979 0/2:18,0,10,0,0,0:36:99:.:.:143,232,1037,0,788,750,232,1037,788,1037,232,1037,788,1037,1037,232,1037,788,1037,1037,1037 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