Basic_shotgun_metagenome

Shotgun Metagenome data handling practise

해당 코드는 Linux(Ubuntu)를 바탕으로 진행됩니다.

[0. Git bash]

Git bash 활용

Git bash 설치 후,
$ git config --global user.name "깃허브이름"
$ git config --global user.email "깃허브아이디"
$ git clone https://github.com/WoobeenJeong/Basic_shotgun_metagenome.git #깃허브 주소
위 방식으로 작성하면 수정이 용이합니다.

[1. 기본 설정]
대부분의 유전체 분석 Tools은 Window 버전을 지원안하므로, 가상환경 필요

• AWS (Amazon Web service)
• WLS (Window subsytem for Linux)
• VirtualBox
• Docker

[2. 예시 데이터 출처]
https://diabimmune.broadinstitute.org/diabimmune/t1d-cohort/resources/metagenomic-sequence-data
(These data are processed using kneadData v0.4 for quality trimming and human DNA depletion.)

해당 데이터는 위 DIABIMMUNE에서 발췌한 fastq.gz 샘플입니다.