bacteria.tex

% Bact
\newbact{myx}{genus=Myxococcus}
\newbact{ecoli}{genus=Escherichia,epithet=coli}
\newbact{bsub}{genus=Bacillus,epithet=subtilis}
\newbact{saur}{genus=Staphylococcus,epithet=aureus}
\newbact{shyicus}{genus=Staphylococcus,epithet=hyicus}
\newbact{ypest}{genus=Yersinia,epithet=pestis}
\newbact{sdysen}{genus=Shigella,epithet=dysenteriae}
\newbact{sflex}{genus=Shigella,epithet=flexneri}
\newbact{sson}{genus=Shigella,epithet=sonnei}
\newbact{ccre}{genus=Caulobacter,epithet=crescentus}
\newbact{msmeg}{genus=Mycobacterium,epithet=smegmatis}
\newbact{pcaro}{genus=Pectobacterium,epithet=carotovorum}
\newbact{cfre}{genus=Citrobacter,epithet=freundii}
\newbact{eaero}{genus=Enterobacter,epithet=aerogenes}
\newbact{ecloa}{genus=Enterobacter,epithet=cloacae}
\newbact{celegans}{genus=Caenorhabditis,epithet=elegans}
\newbact{sari}{genus=Salmonella,epithet=arizonae}
\newbact{stherm}{genus=Streptococcus,epithet=thermophilus}

% Genus
\newbact{enterobacter}{genus=Enterobacter}
\newbact{erwinia}{genus=Erwinia}
\newbact{shigella}{genus=Shigella}
\newbact{salmonella}{genus=Salmonella}
\newbact{strep}{genus=Streptococcus}
\newbact{lacto}{genus=Lactobacillus}
\newbact{phyco}{genus=Phycomyces}
\newbact{dros}{genus=Drosophila}
\newbact{bdello}{genus=Bdellovibrio}

% Bact + Strain
\newtaxon{strain}
% Salmonella
\newtaxastyle{Subsp}{\taxit{\taxonfirst{!genus!.}\taxon{ !epithet!}}\taxon{ subsp. !strain!}}
\newbact{styp}{genus=Salmonella, epithet=enterica,strain=typhi}
\newbact{smar}{genus=Salmonella, epithet=enterica,strain=marcescens}
% Standard
\newtaxastyle{WithStrain}{\taxit{\taxonfirst{!genus!.}\taxon{ !epithet!}}\taxon{ !strain!}}
\newbact{ecolik12}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=K-12}
\newbact{ecolib}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=B}
\newbact{ecolik}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=K}
\newbact{ecolic}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=C}
\newbact{ecolio157h7}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=O157:H7}
\newbact{ecolibi16142}{genus=Escherichia,epithet=coli,strain=Bi161/42}

% Genes
\usepackage{xspace}
\newcommand{\gene}[1]{\textit{#1}\xspace}

\newbact{trex}{genus=Tyrannosaurus,epithet=rex}