-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
Copy path16.py
54 lines (44 loc) · 1.67 KB
/
16.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
TRANSLATION_MATRIX = {
'AAA': 'K', 'AAC': 'N', 'AAG': 'K', 'AAU': 'N',
'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACU': 'T',
'AGA': 'R', 'AGC': 'S', 'AGG': 'R', 'AGU': 'S',
'AUA': 'I', 'AUC': 'I', 'AUG': 'M', 'AUU': 'I',
'CAA': 'Q', 'CAC': 'H', 'CAG': 'Q', 'CAU': 'H',
'CCA': 'P', 'CCC': 'P', 'CCG': 'P', 'CCU': 'P',
'CGA': 'R', 'CGC': 'R', 'CGG': 'R', 'CGU': 'R',
'CUA': 'L', 'CUC': 'L', 'CUG': 'L', 'CUU': 'L',
'GAA': 'E', 'GAC': 'D', 'GAG': 'E', 'GAU': 'D',
'GCA': 'A', 'GCC': 'A', 'GCG': 'A', 'GCU': 'A',
'GGA': 'G', 'GGC': 'G', 'GGG': 'G', 'GGU': 'G',
'GUA': 'V', 'GUC': 'V', 'GUG': 'V', 'GUU': 'V',
'UAA': 'X', 'UAC': 'Y', 'UAG': 'X', 'UAU': 'Y',
'UCA': 'S', 'UCC': 'S', 'UCG': 'S', 'UCU': 'S',
'UGA': 'X', 'UGC': 'C', 'UGG': 'W', 'UGU': 'C',
'UUA': 'L', 'UUC': 'F', 'UUG': 'L', 'UUU': 'F'
}
COMPLEMENT_MATRIX = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
def translate(rna):
res = []
for i in range(0, len(rna), 3):
codon = rna[i:i + 3]
if TRANSLATION_MATRIX[codon] == 'X':
break
res.append(TRANSLATION_MATRIX[codon])
return ''.join(res)
def transcript(dna):
return dna.replace('T', 'U')
def reverse_complement(dna):
return ''.join([COMPLEMENT_MATRIX[ch] for ch in dna][::-1])
def main():
dna = input()
peptide = input()
k = 3 * len(peptide) # pattern len
result = []
for i in range(len(dna) - k + 1):
patterns = [dna[i:i + k], reverse_complement(dna[i:i + k])]
for p in patterns:
if peptide == translate(transcript(p)):
result.append(patterns[0])
print(*result, sep='\n')
if __name__ == '__main__':
main()