rna_command.rst

RNA 解析コマンドを実行する

コマンドの使用方法です．

# Genomonを実行する
genomon_pipeline {解析タイプ} {サンプル設定ファイル} {出力ルートディレクトリ} {パイプライン設定ファイル}

解析タイプ:	dna / rna rna を指定します．
サンプル設定ファイル:	/path/to/sample_config.csv 解析対象のファイル（FASTQやBAM）のパスなどを記載したファイルです．ファイル名は任意です． Genomonコマンドを実行するには，まずこのファイルを作成する必要があります． 作成方法は :doc:`rna_sample_csv` を参照してください．
出力ルートディレクトリ:	/path/to/output_root_directory Genomonの結果を出力するディレクトリです． Genomonの結果はこのディレクトリ配下にすべて出力されます．
パイプライン設定ファイル:	/path/to/genomon.cfg GenomonのRNA解析用のパイプライン設定ファイルです．ファイル名は任意です． 詳しくは :doc:`rna_config_info` を参照してください．