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paplot_older_genomon.rst

File metadata and controls

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Raw

過去バージョンの解析結果でレポート出力

※paplotのインストールに関しては paplot-doc を参照ください

paplot 設定ファイル

過去バージョンのGenomon-pipelineの解析結果に対して，設定ファイルを用意しています．

{paplotをダウンロードしたディレクトリ}/config_template

file name version
genomon_v2_0_0.cfg Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3
genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg Genomon 2.0.4 ～ 2.0.5
genomon_v2_2_0_merge.cfg Genomon 2.2.0
genomon_v2_3_0_merge.cfg Genomon 2.3.0
genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg Genomon 2.4.0 (dna)
genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg Genomon 2.4.0 (rna)

※ Genomon 2.4.0 よりrna結果のpaplot出力に対応しました．

Genomonバージョンの見分け方

Genomon-pipeline の結果ファイルをもとにして，Genomonのバージョンを判断します

version mutation sv qc post-analysis
Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3 ヘッダなし ヘッダなし 結果なし 結果なし
Genomon 2.0.4 ～ 2.0.5 ヘッダあり ヘッダなし 結果あり 結果なし
Genomon 2.2.0 ヘッダあり ヘッダあり 結果あり 結果あり

※genomon 2.3.0 以降はpaplot/{サンプルファイル名}/index.html にGenomon-pipeline のバージョン名を出力しています．

paplot実行例

Genomon 2.4.0

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ, 任意}
paplot_dir={paplotをダウンロードしたディレクトリ}

### dna
# QC
paplot qc \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg

# SV
paplot ca \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg

# mutation
paplot mutation \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_dna_merge.cfg

### rna

# star-QC
paplot qc \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_starqc.txt \
${output_dir} \
Genomon_RNA \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg

# fusion
paplot ca \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_fusionfusion_filt.txt \
${output_dir} \
Genomon_RNA \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_4_0_rna_merge.cfg

Genomon 2.3.0 (DNAのみ)

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ, 任意}
paplot_dir={paplotをダウンロードしたディレクトリ}

# QC
paplot qc \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg

# SV
paplot ca \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg

# mutation
paplot mutation \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_3_0_merge.cfg

Genomon 2.2.0 (DNAのみ)

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ, 任意}
paplot_dir={paplotをダウンロードしたディレクトリ}

# QC
paplot qc ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_qc.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg

# SV
paplot ca ${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_sv_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg

# mutation
paplot mutation \
${genomon_root}/post_analysis/${sample}/merge_mutation_filt_pair_controlpanel.txt \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_2_0_merge.cfg

Genomon 2.0.4 or Genomon 2.0.5 (DNAのみ)

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ, 任意}
paplot_dir={paplotをダウンロードしたディレクトリ}

# QC
paplot qc \
"${genomon_root}/summary/*/*.tsv" \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg

# SV
paplot ca \
"${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg

# mutation
paplot mutation \
"${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_0_5_v2_0_4.cfg

Genomon 2.0.0 ～ 2.0.3 (DNAのみ)

genomon_root={Genomonを実行したディレクトリ}
sample={Genomon実行時のサンプルファイル名}
output_dir={paplotの出力ディレクトリ, 任意}
paplot_dir={paplotをダウンロードしたディレクトリ}

# SV
paplot ca \
"${genomon_root}/sv/*/*.genomonSV.result.txt" \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg

# mutation
paplot mutation \
"${genomon_root}/mutation/*/*_genomon_mutations.result.txt" \
${output_dir} \
Genomon \
--config_file ${paplot_dir}/config_template/genomon_v2_0_0.cfg

過去の変異結果でsignature出力

Genomon最新版で再度実行するのが最も簡単ですが，手動で行うこともできます．

以下を参照ください．